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- PDB-7q3v: Re-refined structure of a type III antifreeze protein isoform HPLC 12 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3v
タイトルRe-refined structure of a type III antifreeze protein isoform HPLC 12
要素Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
キーワードANTIFREEZE PROTEIN / restrained MD refinement scheme / Amber / crystal unit cell model / ensemble refinement
機能・相同性Antifreeze, type III / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal / Antifreeze protein-like domain profile. / Antifreeze-like/N-acetylneuraminic acid synthase C-terminal domain superfamily / extracellular region / Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
機能・相同性情報
生物種Zoarces americanus (魚類)
手法X線回折 / 分子置換 / 解像度: 1.9 Å
データ登録者Mikhailovskii, O. / Xue, Y. / Jia, Z. / Skrynnikov, N.R.
資金援助 ロシア, 中国, 3件
組織認可番号国
Russian Science Foundation21-44-00033 ロシア
St. Petersburg State University72777155 ロシア
National Science Foundation (NSF, China)32061133011 中国
引用ジャーナル: Iucrj / 年: 2022
タイトル: Modeling a unit cell: crystallographic refinement procedure using the biomolecular MD simulation platform Amber.
著者: Mikhailovskii, O. / Xue, Y. / Skrynnikov, N.R.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
B: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
C: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12
D: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)28,2264
ポリマ－28,2264
非ポリマー00
水2,792155
1
A: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0561
ポリマ－7,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0561
ポリマ－7,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0561
ポリマ－7,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: Type-3 ice-structuring protein HPLC 12


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,0561
ポリマ－7,0561
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)33.270, 39.890, 44.540
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number1
Space group name H-MP1

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要素

#1: タンパク質
Type-3 ice-structuring protein HPLC 12 / Antifreeze protein QAE(HPLC 12) / ISP type III HPLC 12


分子量: 7056.444 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zoarces americanus (魚類) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): JM 83 / 参照: UniProt: P19614
#2: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 155 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.09 Å3/Da / 溶媒含有率: 30 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法
詳細: 50-55% AMMONIUM SULFATE, 0.1 M SODIUM ACETATE PH 4-4.5

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データ収集

回折平均測定温度: 295 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: 回転陽極 / タイプ: RIGAKU / 波長: 1.5418 Å
検出器タイプ: MARRESEARCH / 検出器: IMAGE PLATE / 日付: 1996年7月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.5418 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.9→14.86 Å / Num. obs: 19230 / % possible obs: 99.1 % / 冗長度: 3.8 % / Rsym value: 0.077 / Net I/σ(I): 7.8
反射 シェル解像度: 1.9→1.97 Å / Rsym value: 0.306 / % possible all: 98.3

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解析

ソフトウェア
名称分類
AMBER精密化
DENZOデータ削減
SCALEPACKデータスケーリング
X-PLOR位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 1MSI

1msi


解像度: 1.9→14.86 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 21.18
詳細: The original structure, 2MSI, has been expanded into a crystal unit cell (containing four protein chains); the resulting model was subsequently refined through a specially designed ...詳細: The original structure, 2MSI, has been expanded into a crystal unit cell (containing four protein chains); the resulting model was subsequently refined through a specially designed constrained MD run using a customized version of the program Amber. Note: ordered water molecules are added after the refinement using the standard water-picking facility of phenix.refine.
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1943 1749 9.87 %random
Rwork0.1597 ---
obs0.1632 17720 99.27 %-
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å
原子変位パラメータBiso max: 61.39 Å2 / Biso mean: 20.1134 Å2 / Biso min: 6.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.9→14.86 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1952 0 0 155 2107
LS精密化 シェル解像度: 1.9→1.96 Å
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2499 134 -
Rwork0.1904 1284 -
obs--98 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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