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- PDB-7q3s: Crystal structure of UGT706F8 from Zea mays -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3s
タイトルCrystal structure of UGT706F8 from Zea mays
要素Glycosyltransferase
キーワードTRANSFERASE / UGT / silibinin / glycosyltransferase
機能・相同性
機能・相同性情報


UDP-glycosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの / nucleotide binding
類似検索 - 分子機能
: / UDP-glycosyltransferase family, conserved site / UDP-glycosyltransferases signature. / UDP-glucoronosyl and UDP-glucosyl transferase / UDP-glucuronosyl/UDP-glucosyltransferase
類似検索 - ドメイン・相同性
URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / Glycosyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Zea mays (トウモロコシ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.59 Å
データ登録者Fredslund, F. / Bidart, G.N. / Welner, D.H.
資金援助 デンマーク, 3件
組織認可番号国
Novo Nordisk FoundationNNF18OC0034744 デンマーク
Novo Nordisk FoundationNNF10CC1016517 デンマーク
Danish Agency for Science Technology and Innovation7129-00003B デンマーク
引用ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2022
タイトル: Family 1 Glycosyltransferase UGT706F8 from Zea mays Selectively Catalyzes the Synthesis of Silibinin 7- O -beta-d-Glucoside.
著者: Bidart, G.N. / Putkaradze, N. / Fredslund, F. / Kjeldsen, C. / Ruiz, A.G. / Duus, J.O. / Teze, D. / Welner, D.H.
履歴
登録2021年10月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年5月4日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Glycosyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)53,6272
ポリマ－53,2231
非ポリマー4041
水7,476415
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area720 Å2
ΔGint-9 kcal/mol
Surface area18620 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.188, 64.874, 76.502
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 93.789, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
Space group name HallP2yb
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y+1/2,-z

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要素

#1: タンパク質 Glycosyltransferase


分子量: 53222.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Zea mays (トウモロコシ) / 遺伝子: 100193773, ZEAMMB73_Zm00001d047504 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: B4FG90, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 六炭糖残基を移すもの
#2: 化合物 ChemComp-UDP / URIDINE-5'-DIPHOSPHATE / UDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 404.161 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C9H14N2O12P2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: UDP*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 415 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.32 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.1
詳細: PEG 6000 (20%), Tris 100mM, NaCl 200mM, pH 8.1 12 mg/ml 2:1 drops

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Ambient temp details: cryojet / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.97625 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年7月13日 / 詳細: KB-mirrors
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97625 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→43.2 Å / Num. obs: 62014 / % possible obs: 94.89 % / Observed criterion σ(I): -3 / 冗長度: 6.9 % / Biso Wilson estimate: 24.5 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.0623 / Rpim(I) all: 0.02555 / Net I/σ(I): 17.56
反射 シェル解像度: 1.6→1.65 Å / 冗長度: 1.4 % / Rmerge(I) obs: 1.001 / Num. unique obs: 4725 / CC1/2: 0.631 / CC star: 0.88 / Rpim(I) all: 0.4238 / % possible all: 72.97

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.16_3549精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5NLM

5nlm


解像度: 1.59→43.2 Å / SU ML: 0.2072 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 21.6419
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1879 2098 3.38 %
Rwork0.167 59898 -
obs0.1678 61996 94.89 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 31.92 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.59→43.2 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3501 0 25 415 3941
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01723688
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.54635035
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0793566
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0113660
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.22012215
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.59-1.630.3368970.29652785X-RAY DIFFRACTION66.99
1.63-1.670.28481330.28793790X-RAY DIFFRACTION89.18
1.67-1.720.26491410.2674014X-RAY DIFFRACTION97.08
1.72-1.770.29891420.24964058X-RAY DIFFRACTION96.75
1.77-1.830.24421420.23434047X-RAY DIFFRACTION96.72
1.83-1.890.26381430.21834062X-RAY DIFFRACTION97
1.89-1.970.21981420.20824057X-RAY DIFFRACTION96.71
1.97-2.060.22371420.19364078X-RAY DIFFRACTION96.9
2.06-2.160.191440.17124105X-RAY DIFFRACTION97.52
2.16-2.30.19361420.16044095X-RAY DIFFRACTION97.83
2.3-2.480.18961450.15774129X-RAY DIFFRACTION97.92
2.48-2.730.1911440.15864120X-RAY DIFFRACTION97.89
2.73-3.120.17451460.15694143X-RAY DIFFRACTION98.35
3.12-3.930.16991470.1444204X-RAY DIFFRACTION98.71
3.93-43.20.15391480.14544211X-RAY DIFFRACTION97.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.49839062496-0.843596433834-0.1213374621661.536174461460.115788071110.948018417829-0.04679464404280.161018195714-0.262219516079-0.104060009037-0.06122041404870.6727388014940.124451628755-0.08183141783860.06712673120340.161137738587-0.0110415024699-0.03419438733820.215880301096-0.01137129355930.344378074583-18.398492493-11.5764650185-17.8943307981
20.765125809462-0.0679782866968-0.1969231904612.569102143990.3552622378140.787805306083-0.0341872227249-0.1516090966530.02966684821550.2920333676530.06837667435940.199999181966-0.0362863258878-0.0268453973027-0.02293097868910.1439687251920.0167233388259-0.005169176167120.185188626309-0.000766666225670.13616909473-6.627681222170.219844078561-9.3510940646
30.570043803880.178045938601-0.3086495144992.23035667745-0.3979597252231.57289553113-0.01564419238870.04032080624950.0442123675898-0.3811111306420.0741970062804-0.0905667620652-0.123122585561-0.00380636195079-0.03971786382110.178699296105-0.00671883725073-0.0001162258576470.140520938735-0.01260624179920.1214371026961.50277156517.08311219336-27.0049645617
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 6 through 119 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 120 through 280 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 281 through 479 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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