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- PDB-7q3k: Computationally designed thioredoxin subjected to stability optim... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3k
タイトルComputationally designed thioredoxin subjected to stability optimizing mutations.
要素eMM9
キーワードDE NOVO PROTEIN / De-novo protein design / Deep mutational scanning / Stability / Screening
機能・相同性Glutaredoxin / Glutaredoxin / 3-Layer(aba) Sandwich / Alpha Beta
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.25 Å
データ登録者Norrild, R.K. / Johansson, K.E. / O'Shea, C. / Lindorff-Larsen, K. / Winther, J.R. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Danish Council for Independent Research デンマーク
引用ジャーナル: Cell Rep Methods / 年: 2022
タイトル: Increasing protein stability by inferring substitution effects from high-throughput experiments.
著者: Norrild, R.K. / Johansson, K.E. / O'Shea, C. / Morth, J.P. / Lindorff-Larsen, K. / Winther, J.R.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月1日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD ..._citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: eMM9
B: eMM9
C: eMM9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,2525
ポリマ－39,0603
非ポリマー1922
水00
1
A: eMM9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1162
ポリマ－13,0201
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: eMM9
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,1162
ポリマ－13,0201
非ポリマー961
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: eMM9


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)13,0201
ポリマ－13,0201
非ポリマー00
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)70.850, 70.850, 75.320
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number144
Space group name H-MP31
Space group name HallP31
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x-y,z+1/3
#3: -x+y,-x,z+2/3
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1chain "A"
d_2ens_1chain "B"
d_3ens_1chain "C"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1VALLEUA1 - 104
d_21ens_1VALLEUD1 - 104
d_31ens_1VALLEUC1 - 104

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(0.999993323344, 0.00201447681362, 0.0030487948079), (0.00200352682687, -0.999991547485, 0.00359038141372), (0.00305600177802, -0.00358424909979, -0.999988906944)-0.0125151641586, 41.4520167913, 26.9483795914
2given(-0.365423991336, 0.421674262471, 0.829853073095), (0.847623332035, 0.519191049971, 0.109431899463), (-0.384707672845, 0.743391868397, -0.547145809136)17.0902334169, -8.60222997315, 20.59881198

-
要素

#1: タンパク質 eMM9


分子量: 13020.090 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) synthetic construct (人工物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物 ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.84 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.73 %
結晶化温度: 295 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.2 M Ammonium sulfate, 0.1 M Sodium acetate trihydrate pH 4.6, 25% w/v Polyethylene glycol 4,000 (PEG4000)

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年12月17日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.25→47.57 Å / Num. obs: 20043 / % possible obs: 99.86 % / 冗長度: 7.4 % / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.07346 / Rpim(I) all: 0.02929 / Rrim(I) all: 0.07915 / Net I/σ(I): 14.14
反射 シェル解像度: 2.25→2.33 Å / 冗長度: 7.1 % / Rmerge(I) obs: 0.5328 / Mean I/σ(I) obs: 2.9 / Num. unique obs: 1984 / CC1/2: 0.974 / CC star: 0.994 / Rpim(I) all: 0.2148 / Rrim(I) all: 0.575 / % possible all: 99.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5j7d

5j7d


解像度: 2.25→47.57 Å / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 47.82 / 位相誤差: 44.2488
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3007 1050 5.24 %
Rwork0.2861 18993 -
obs0.3055 20043 99.87 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 62 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.25→47.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2541 0 10 0 2551
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.01082597
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d1.14333516
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0557414
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0096435
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.6774330
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.384241000555
ens_1d_3AX-RAY DIFFRACTIONTorsion NCS0.470182953831
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.25-2.350.37961800.39612355X-RAY DIFFRACTION92.72
2.35-2.480.43151320.39862307X-RAY DIFFRACTION94.36
2.48-2.630.49071020.40532427X-RAY DIFFRACTION95.66
2.63-2.830.40831120.39922402X-RAY DIFFRACTION95.32
2.84-3.120.3681060.37592407X-RAY DIFFRACTION95.78
3.12-3.570.34631340.33532361X-RAY DIFFRACTION94.63
3.57-4.50.29551380.26892382X-RAY DIFFRACTION94.45
4.5-47.570.25871460.23262352X-RAY DIFFRACTION94.16
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.574432050421-0.04585331062830.08165154838490.370888544117-0.03530136412441.025191101590.01406893833360.08732676061680.112969558557-0.0466204186479-0.0470260258335-0.0257266288011-0.1331047804010.039791703152-0.1441122309430.629143862521-0.1205613804040.1009702505850.601141832491-0.0484013956567-0.3945794926445.119270446811.019764070627.2214162079
20.0257580871672-8.0086902998E-5-0.05121612589780.0006200137623310.02845035839380.05930824198010.0590498020385-0.0596935128560.1344440611130.06652758161330.0076078760915-0.0945604789966-0.04185468971550.09837056160850.3149535348440.641499860409-0.1375290079480.01220496022530.625345776305-0.190327296297-0.7092213817555.9802268275510.798568861319.9786271196
30.1187712709980.04820993323-0.1862520620660.0487857082711-0.04133952714430.3266198927340.00547355853047-0.06084761630210.007254845327940.02303668427090.0407817130355-0.004979557608720.01204456968470.03473290347440.09502477987220.450248507624-0.02237566931140.1094735352940.504181172749-0.05043417760260.0042267154765810.83394654064.1036837241223.4486164671
40.04406559277430.006277488501210.005072546542760.0385051768339-0.04055955536620.04661227600050.0219499591603-0.06094598461-0.008217369846720.0665998582218-0.0195422275843-0.02721590767450.02584613262540.0109698333192-0.04966977041640.5251317306550.0713150161029-0.01651737724480.437469624958-0.0156961108104-0.37522568745210.6653438839-0.24246073433818.4550066973
50.231540009772-0.04726452786450.007836306731260.1712038080060.0390241363130.129366698461-0.01258400722740.00512273781390.02662946846060.0535333551139-0.0172024319510.103656885424-0.0171198533665-0.0114529522088-0.1215655501520.430294104271-0.03644685762410.0006907249254690.6119067989360.121056455454-0.48578508644423.413989197521.6575372119-3.75132214435
60.07882925694030.00835674603518-0.1499901063030.070129257175-0.05710565675470.299965803982-0.03390463468330.0924906291356-0.00857643180107-0.03722923030530.0523983050860.1817765995380.0404276101023-0.1338776014410.2349310488420.450947031727-0.0468866402254-0.08450185763940.6650997768160.0775207092828-0.65915024276223.157906482820.80484033393.44585451881
70.0826678827583-0.0566366867330.0190308162420.1186092782990.08369593831880.1213082335760.003327479081360.00567781286111-0.00909723622936-0.02467270102240.008410928891580.0074479671335-0.07866895324330.03574302743970.1327278464950.530534204193-0.0188001172847-0.06064899005490.5058663392270.06522025138150.060842680721726.719217790313.2931275384-0.170041237511
80.03137785713950.0326886795669-0.03044722104380.0432905191908-0.002641916627150.105268574658-0.03130927624320.0827092111492-0.0296293087404-0.02051496719490.0215074649987-0.01449224014870.05560401499070.0455884686264-0.09034014090460.5484892951910.113181425666-0.05902305062060.5662678785720.00304701308352-0.39074313098630.389271814511.37406701194.74096748978
90.07893911112960.04649004728090.01873223355360.1343968448480.01694853699580.00706427137339-0.000607699342223-0.03980278882990.0285717728913-0.000885968916026-0.00560683462959-0.0314913015174-0.1041281370430.0532472042659-0.0004293303845320.700914211114-0.0357339806990.09749268268150.7362261525940.0278946173630.0804507888295-6.3724046510616.0014745765-1.34392597777
100.0940848624984-0.0178016712508-0.009926600099210.0345762496745-0.04564354069130.0979990432164-0.00380576458981-0.01107423101680.07992451490860.00540742745564-0.0505573257355-0.06329072212970.01915132473830.000504543861084-0.3778053660.596306749244-0.07948647853350.1255682836310.6567261394170.0076199351366-0.391418024908-9.2541387399122.01903921352.06962248376
110.002114184337010.0003796343216940.005319898930150.01932499831060.02883093437450.0545829207520.0193898321348-0.009113047759760.0102682595717-0.006034642486050.002406519360740.003712544670380.000507999380868-0.01191129099040.01924689200870.630070669846-0.05273254362450.1747979974940.768933637360.08077387283120.288356044756-15.526679576918.8261359756-3.68806750601
120.00477258624928-0.00724037179008-0.0180428518080.01026268733980.02361641684730.0573732945929-0.0813179852930.05238353732530.0161381932157-0.00424177046998-0.01692501645540.01690211777670.00594621646418-0.043329023925-0.2601541882860.6626914905250.08291955920920.05891422735330.719967381393-0.001544383857420.0385555673699-21.319863966520.737072071-0.764728199456
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 30 )AA2 - 301 - 29
22chain 'A' and (resid 31 through 74 )AA31 - 7430 - 73
33chain 'A' and (resid 75 through 80 )AA75 - 8074 - 79
44chain 'A' and (resid 81 through 105 )AA81 - 10580 - 104
55chain 'B' and (resid 2 through 30 )BB2 - 301 - 29
66chain 'B' and (resid 31 through 74 )BB31 - 7430 - 73
77chain 'B' and (resid 75 through 80 )BB75 - 8074 - 79
88chain 'B' and (resid 81 through 105 )BB81 - 10580 - 104
99chain 'C' and (resid 2 through 30 )CC2 - 301 - 29
1010chain 'C' and (resid 31 through 74 )CC31 - 7430 - 73
1111chain 'C' and (resid 75 through 80 )CC75 - 8074 - 79
1212chain 'C' and (resid 81 through 105 )CC81 - 10580 - 104

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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