PDB-7q3i: Human Transthyretin expressed in Vibrio natriegens

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q3i

タイトル

Human Transthyretin expressed in Vibrio natriegens

要素

Transthyretin

キーワード

TRANSPORT PROTEIN / hormone binding / Transthyretin

機能・相同性

機能・相同性情報

Retinoid cycle disease events / thyroid hormone binding / The canonical retinoid cycle in rods (twilight vision) / purine nucleobase metabolic process / Non-integrin membrane-ECM interactions / Retinoid metabolism and transport / hormone activity / azurophil granule lumen / Amyloid fiber formation / Neutrophil degranulation ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.55 Å

データ登録者

Hild Walett, O. / Hammarstrom, P.

資金援助

スウェーデン, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Human Transthyretin expressed in Vibrio natriegens
著者: Hild Walett, O. / Hammarstrom, P.

履歴

登録	2021年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年11月16日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年5月1日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q3i.cif.gz	99.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q3i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q3i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q3i_validation.pdf.gz	427.3 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q3i_full_validation.pdf.gz	427.8 KB	表示
XML形式データ	7q3i_validation.xml.gz	11.7 KB	表示
CIF形式データ	7q3i_validation.cif.gz	16.4 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#37 - 2003年1月血清アルブミン (Serum Albumin) 類似性 (14) #189 - 2015年9月アミロイド (Amyloids) 類似性 (9) #267 - 2022年3月血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF) 類似性 (1) #237 - 2019年9月ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL) 類似性 (1) #92 - 2007年8月タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#37 - 2003年1月
血清アルブミン (Serum Albumin)
類似性 (14)
#189 - 2015年9月
アミロイド (Amyloids)
類似性 (9)
#267 - 2022年3月
血管内皮増殖因子と血管新生 (Vascular Endothelial Growth Factor (VegF)
類似性 (1)
#237 - 2019年9月
ナノディスクと高密度リポタンパク質 (Nanodiscs and HDL)
類似性 (1)
#92 - 2007年8月
タンパク質同化性ステロイド (Anabolic Steroids)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Transthyretin

BBB: Transthyretin

27.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Transthyretin

BBB: Transthyretin

AAA: Transthyretin

BBB: Transthyretin

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration, mass spectrometry
55.5 kDa, 4 ポリマー

単位格子

Length a, b, c (Å)	42.439, 62.896, 85.593
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	18
Space group name H-M	P2₁22₁

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-237- HOH
2	1	BBB-241- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	AAA
2	1	BBB

NCSドメイン領域:

Component-ID: 1 / Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: CYS / Beg label comp-ID: CYS / End auth comp-ID: ASN / End label comp-ID: ASN / Auth seq-ID: 10 - 124 / Label seq-ID: 11 - 125

Dom-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	AAA	A
2	BBB	B

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

#1: タンパク質	Transthyretin / ATTR / Prealbumin / TBPA 分子量: 13864.438 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Evidence for an ill-defined ligand in the t4 binding pocket. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: TTR, PALB / 発現宿主: Vibrio natriegens (バクテリア) / 参照: UniProt: P02766
#2: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 164 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.06 Å³/Da / 溶媒含有率: 40.29 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.4 詳細: 11.6 mg/mL protein in PBS pH 7.4 mixed 1:1 with MgFormate 0.1 M, 24 % PEG1000.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.979499 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月6日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.979499 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.55→50.683 Å / Num. obs: 33691 / % possible obs: 99 % / 冗長度: 11.5 % / B_iso Wilson estimate: 20.267 Å² / CC_1/2: 1 / R_merge(I) obs: 0.045 / R_pim(I) all: 0.019 / R_rim(I) all: 0.048 / Χ²: 0.78 / Net I/σ(I): 21.7
反射シェル	解像度: 1.55→8.49 Å / 冗長度: 5 % / R_merge(I) obs: 0.605 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 1472 / CC_1/2: 0.772 / R_pim(I) all: 0.437 / R_rim(I) all: 0.751 / Χ²: 0.53 / % possible all: 89.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: In-house E. coli TTR structure

解像度: 1.55→50.683 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.94 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.099 / ESU R Free: 0.086 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.227	1666	4.954 %
R_work	0.1819	31966	-
all	0.184	-	-
obs	-	33632	98.848 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 5 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 23.007 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.95 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-0.461 Å²	0 Å²
3-	-	-	-1.49 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.55→50.683 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1666	0	0	164	1830

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.013	1711
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.037	0.017	1517
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.985	1.641	2348
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	2.53	1.561	3483
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.152	5	228
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.538	22.321	56
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	11.05	15	219
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	14.417	15	4
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.114	0.2	244
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.014	0.02	1940
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.023	0.02	366
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.187	0.2	268
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.218	0.2	1263
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.18	0.2	837
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.089	0.2	761
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.142	0.2	119
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.061	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.252	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.173	0.2	48
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.188	0.2	11
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	1.706	1.795	918
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	1.703	1.792	917
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	1.858	2.689	1144
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	1.858	2.691	1145
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.174	1.998	793
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.176	2	794
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	2.265	2.903	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	2.261	2.902	1204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	2.383	36.009	6753
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	2.277	35.258	6608
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr	7.864	3	3228
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.112	0.05	3000

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	AAA	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11214	0.05007
1	2	BBB	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.11214	0.05007

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
1.55-1.59	0.252	105	0.27	2105	0.269	2460	0.835	0.825	89.8374	0.246
1.59-1.634	0.29	125	0.22	2188	0.224	2427	0.828	0.866	95.3028	0.196
1.634-1.681	0.254	119	0.193	2226	0.196	2353	0.897	0.903	99.66	0.168
1.681-1.733	0.254	112	0.18	2148	0.184	2261	0.911	0.924	99.9558	0.154
1.733-1.79	0.2	99	0.163	2122	0.165	2221	0.929	0.942	100	0.138
1.79-1.852	0.216	122	0.138	2048	0.142	2171	0.937	0.961	99.9539	0.116
1.852-1.922	0.206	97	0.14	1945	0.143	2043	0.954	0.963	99.951	0.119
1.922-2	0.181	101	0.135	1910	0.137	2011	0.957	0.967	100	0.116
2-2.089	0.206	92	0.142	1813	0.146	1906	0.954	0.962	99.9475	0.126
2.089-2.191	0.197	94	0.135	1742	0.138	1837	0.955	0.97	99.9456	0.12
2.191-2.309	0.182	95	0.135	1663	0.138	1759	0.949	0.968	99.9431	0.124
2.309-2.449	0.255	88	0.151	1587	0.156	1676	0.931	0.956	99.9403	0.14
2.449-2.618	0.204	73	0.161	1491	0.164	1565	0.946	0.955	99.9361	0.149
2.618-2.827	0.205	66	0.159	1403	0.161	1470	0.951	0.962	99.932	0.149
2.827-3.096	0.232	68	0.171	1294	0.174	1363	0.944	0.955	99.9266	0.164
3.096-3.459	0.184	44	0.179	1188	0.179	1233	0.962	0.957	99.9189	0.173
3.459-3.992	0.192	50	0.181	1049	0.181	1100	0.956	0.953	99.9091	0.178
3.992-4.881	0.238	51	0.174	893	0.177	946	0.941	0.958	99.7886	0.176
4.881-6.871	0.263	36	0.254	720	0.254	757	0.906	0.909	99.8679	0.253
6.871-50.683	0.401	28	0.416	431	0.415	463	0.859	0.779	99.1361	0.411

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.7654	0.024	0.5043	0.537	0.2033	1.1121	-0.0497	-0.0694	0.0434	-0.0524	0.0683	-0.0041	-0.0741	-0.0349	-0.0185	0.0092	-0.0061	-0.0016	0.0744	-0.013	0.0379	20.804	25.151	12.972
2	0.3025	0.2723	-0.1125	0.4621	-0.4522	1.0076	-0.0185	-0.0266	-0.0544	-0.0435	0.0335	0.01	0.0667	0.0672	-0.015	0.0079	-0.006	0.0079	0.0915	0.0191	0.0682	24.184	6.549	12.493

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	AAA	10 - 124
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	BBB	10 - 124

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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