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- PDB-7q3e: Structure of the mouse CPLANE-RSG1 complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q3e
タイトルStructure of the mouse CPLANE-RSG1 complex
要素
  • Ciliogenesis and planar polarity effector 2
  • Protein fuzzy homolog
  • Protein inturned
  • WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
キーワードPROTEIN TRANSPORT / ciliogenesis / ciliopathies / longin / lipid binding
機能・相同性
機能・相同性情報


axonemal basal plate / tongue morphogenesis / respiratory system development / regulation of embryonic cell shape / digestive system development / septin cytoskeleton organization / regulation of vesicle fusion / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / podocyte cell migration ...axonemal basal plate / tongue morphogenesis / respiratory system development / regulation of embryonic cell shape / digestive system development / septin cytoskeleton organization / regulation of vesicle fusion / regulation of ruffle assembly / regulation of fibroblast migration / podocyte cell migration / spinal cord dorsal/ventral patterning / protein localization to organelle / establishment of planar polarity / intraciliary transport / regulation of cilium assembly / axoneme assembly / auditory receptor cell morphogenesis / ciliary transition zone / motile cilium assembly / endocardial cushion fusion / cilium organization / Hedgehog 'off' state / negative regulation of cell division / regulation of exocytosis / cranial skeletal system development / positive regulation of cilium assembly / camera-type eye development / non-motile cilium assembly / regulation of smoothened signaling pathway / positive regulation of smoothened signaling pathway / circulatory system development / limb development / neural tube development / regulation of establishment of cell polarity / motile cilium / regulation of focal adhesion assembly / embryonic digit morphogenesis / hair follicle morphogenesis / smoothened signaling pathway / ciliary base / exocytosis / roof of mouth development / axoneme / regulation of ossification / cilium assembly / negative regulation of keratinocyte proliferation / embryonic organ development / keratinocyte differentiation / vesicle-mediated transport / centriole / phosphatidylinositol binding / negative regulation of cell migration / neural tube closure / kidney development / establishment of protein localization / protein processing / intracellular protein localization / nervous system development / protein transport / regulation of protein localization / cytoskeleton / cilium / ciliary basal body / cell division / intracellular membrane-bounded organelle / GTPase activity / GTP binding / cell surface / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / Fuzzy protein / Protein inturned / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain ...Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein Fritz / Fuzzy protein / Protein inturned / CCZ1/INTU, second Longin domain / CCZ1/INTU/HPS4, third Longin domain / Intu longin-like domain 2 / Intu longin-like domain 3 / CCZ1/INTU/HSP4, first Longin domain / First Longin domain of INTU, CCZ1 and HPS4 / FUZ/MON1/HPS1, third Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, second Longin domain / FUZ/MON1/HPS1, first Longin domain / First Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Second Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / Third Longin domain of FUZ, MON1 and HPS1 / PDZ domain profile. / Domain present in PSD-95, Dlg, and ZO-1/2. / PDZ domain / PDZ superfamily / Small GTPase / Ras family / WD40-repeat-containing domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / Fuzzy planar cell polarity protein / Protein inturned / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.35 Å
データ登録者Langousis, G. / Cavadini, S. / Kempf, G. / Matthias, P.
資金援助2件
組織認可番号国
Swiss National Science Foundation
Other private
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structure of the ciliogenesis-associated CPLANE complex.
著者: Gerasimos Langousis / Simone Cavadini / Niels Boegholm / Esben Lorentzen / Georg Kempf / Patrick Matthias /
要旨: Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ...Dysfunctional cilia cause pleiotropic human diseases termed ciliopathies. These hereditary maladies are often caused by defects in cilia assembly, a complex event that is regulated by the ciliogenesis and planar polarity effector (CPLANE) proteins Wdpcp, Inturned, and Fuzzy. CPLANE proteins are essential for building the cilium and are mutated in multiple ciliopathies, yet their structure and molecular functions remain elusive. Here, we show that mammalian CPLANE proteins comprise a bona fide complex and report the near-atomic resolution structures of the human Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex and of the mouse Wdpcp-Inturned-Fuzzy complex bound to the small guanosine triphosphatase Rsg1. Notably, the crescent-shaped CPLANE complex binds phospholipids such as phosphatidylinositol 3-phosphate via multiple modules and a CPLANE ciliopathy mutant exhibits aberrant lipid binding. Our study provides critical structural and functional insights into an enigmatic ciliogenesis-associated complex as well as unexpected molecular rationales for ciliopathies.
履歴
登録2021年10月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog
B: Protein inturned
C: Protein fuzzy homolog
D: Ciliogenesis and planar polarity effector 2
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)268,1435
ポリマ－267,6204
非ポリマー5231
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area14130 Å2
ΔGint-61 kcal/mol
Surface area66400 Å2

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要素

#1: タンパク質 WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein fritz homolog / mFrtz / Homolog-13 / WD repeat-containing and planar cell polarity effector protein


分子量: 86286.477 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Wdpcp
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8C456
#2: タンパク質 Protein inturned / Inturned planar cell polarity effector homolog / PDZ domain-containing protein 6


分子量: 107330.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Intu, Kiaa1284, Pdzd6
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q059U7
#3: タンパク質 Protein fuzzy homolog


分子量: 45542.906 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Fuz
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: E9QL29
#4: タンパク質 Ciliogenesis and planar polarity effector 2 / REM2- and Rab-like small GTPase 1


分子量: 28459.801 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Cplane2, Gm723, Rsg1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A2A825
#5: 化合物 ChemComp-GTP / GUANOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 523.180 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O14P3 / コメント: GTP, エネルギー貯蔵分子*YM
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: CPLANE complex / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#4 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Mus musculus (ハツカネズミ)
由来(組換発現)生物種: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
緩衝液pH: 8
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: SPOT SCAN
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 1.04 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)

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解析

CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 3.35 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 94157 / 対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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