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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q3c | |||||||||
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タイトル | Ribonucleotide Reductase AaR2 protein from Aquifex aeolicus | |||||||||
要素 | Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta | |||||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / R2 subunit | |||||||||
機能・相同性 | : 機能・相同性情報 | |||||||||
生物種 | Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) | |||||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å | |||||||||
データ登録者 | Scaletti, E.R. / Rehling, D. / Stenmark, P. | |||||||||
資金援助 | スウェーデン, 2件
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引用 | ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022 タイトル: Structural and Biochemical Investigation of Class I Ribonucleotide Reductase from the Hyperthermophile Aquifex aeolicus. 著者: Rehling, D. / Scaletti, E.R. / Rozman Grinberg, I. / Lundin, D. / Sahlin, M. / Hofer, A. / Sjoberg, B.M. / Stenmark, P. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q3c.cif.gz | 86 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q3c.ent.gz | 表示 | PDB形式 | |
PDBx/mmJSON形式 | 7q3c.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3c | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 42113.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) |
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#2: 化合物 | ChemComp-FE / |
#3: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.52 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.22 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: 0.1 M citrate pH 4.0, 1.0 M lithium chloride, 20 % PEG6000 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.976 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.15→48.968 Å / Num. obs: 24392 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / CC1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.6 |
反射 シェル | 解像度: 2.15→2.22 Å / Num. unique obs: 2058 / CC1/2: 0.69 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 7AIL 解像度: 2.15→48.968 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.95 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.894 / WRfactor Rfree: 0.279 / WRfactor Rwork: 0.217 / SU B: 9.207 / SU ML: 0.229 / Average fsc free: 0.8158 / Average fsc work: 0.8352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 61.901 Å2
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精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.968 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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