PDB-7q3c: Ribonucleotide Reductase AaR2 protein from Aquifex aeolicus

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q3c

タイトル

Ribonucleotide Reductase AaR2 protein from Aquifex aeolicus

要素

Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

キーワード

OXIDOREDUCTASE / ribonucleotide reductase / R2 subunit

機能・相同性

:

機能・相同性情報

生物種

Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.15 Å

データ登録者

Scaletti, E.R. / Rehling, D. / Stenmark, P.

資金援助

スウェーデン, 2件

引用

ジャーナル: Biochemistry / 年: 2022
タイトル: Structural and Biochemical Investigation of Class I Ribonucleotide Reductase from the Hyperthermophile Aquifex aeolicus.
著者: Rehling, D. / Scaletti, E.R. / Rozman Grinberg, I. / Lundin, D. / Sahlin, M. / Hofer, A. / Sjoberg, B.M. / Stenmark, P.

履歴

登録	2021年10月27日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q3c.cif.gz	86 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q3c.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q3c.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3c ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q3c	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7agjC 7aikC 7ailSC 7q39C S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#238 - 2019年10月リボヌクレオチド還元酵素 (Ribonucleotide Reductase) 類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

42.2 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

AAA: Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
84.3 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	69.183, 69.183, 177.500
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	96
Space group name H-M	P4₃2₁2

#1: タンパク質	Ribonucleoside-diphosphate reductase subunit beta 分子量: 42113.910 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Aquifex aeolicus VF5 (バクテリア) 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 84 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.52 Å³/Da / 溶媒含有率: 51.22 %
結晶化	温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 0.1 M citrate pH 4.0, 1.0 M lithium chloride, 20 % PEG6000

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.976 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年9月21日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.15→48.968 Å / Num. obs: 24392 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 25.1 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 24.6
反射シェル	解像度: 2.15→2.22 Å / Num. unique obs: 2058 / CC_1/2: 0.69

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
DIALS		データ削減
Aimless		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 7AIL

7ail

解像度: 2.15→48.968 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.95 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.894 / WR_factor R_free: 0.279 / WR_factor R_work: 0.217 / SU B: 9.207 / SU ML: 0.229 / Average fsc free: 0.8158 / Average fsc work: 0.8352 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.259 / ESU R Free: 0.238 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3145	1203	4.948 %
R_work	0.2471	23110	-
all	0.25	-	-
obs	-	24313	99.975 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 61.901 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	1.08 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	1.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	-2.16 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.15→48.968 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	2667	0	1	84	2752

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.003	0.013	2743
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.016	2544
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.194	1.646	3720
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.118	1.575	5827
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.752	5	321
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.617	22.892	166
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.717	15	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.513	15	17
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.05	0.2	354
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	3128
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	694
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.19	0.2	647
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.17	0.2	2452
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.167	0.2	1362
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.073	0.2	1261
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.17	0.2	112
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.186	0.2	21
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.181	0.2	69
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.157	0.2	10
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.072	6.559	1284
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.069	6.558	1283
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.602	9.828	1605
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.601	9.83	1606
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.868	6.727	1458
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.867	6.728	1459
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.557	10.009	2115
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.556	10.011	2116
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.996	75.685	3274
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.924	75.654	3266

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.15-2.206	0.41	81	0.362	1662	X-RAY DIFFRACTION	100
2.206-2.266	0.371	67	0.369	1630	X-RAY DIFFRACTION	100
2.266-2.332	0.369	85	0.346	1606	X-RAY DIFFRACTION	99.8819
2.332-2.403	0.422	83	0.327	1520	X-RAY DIFFRACTION	99.9377
2.403-2.482	0.362	92	0.3	1481	X-RAY DIFFRACTION	99.9365
2.482-2.569	0.25	76	0.25	1466	X-RAY DIFFRACTION	100
2.569-2.666	0.331	72	0.287	1402	X-RAY DIFFRACTION	100
2.666-2.775	0.363	56	0.293	1367	X-RAY DIFFRACTION	100
2.775-2.898	0.365	79	0.298	1281	X-RAY DIFFRACTION	100
2.898-3.039	0.413	75	0.287	1250	X-RAY DIFFRACTION	100
3.039-3.203	0.372	59	0.309	1178	X-RAY DIFFRACTION	100
3.203-3.397	0.406	60	0.29	1140	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.63	0.282	63	0.267	1065	X-RAY DIFFRACTION	100
3.63-3.92	0.313	39	0.232	1009	X-RAY DIFFRACTION	100
3.92-4.293	0.269	60	0.206	927	X-RAY DIFFRACTION	100
4.293-4.797	0.25	46	0.178	836	X-RAY DIFFRACTION	100
4.797-5.534	0.28	43	0.208	755	X-RAY DIFFRACTION	100
5.534-6.765	0.255	26	0.226	670	X-RAY DIFFRACTION	100
6.765-9.515	0.26	30	0.178	526	X-RAY DIFFRACTION	100
9.515-48.968	0.397	11	0.237	340	X-RAY DIFFRACTION	99.4334

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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