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- PDB-7q3a: Crystal structure of MAB_4324 a tandem repeat GNAT from Mycobacte... -
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Open data
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Basic information
Entry | Database: PDB / ID: 7q3a | ||||||
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Title | Crystal structure of MAB_4324 a tandem repeat GNAT from Mycobacterium abscessus | ||||||
![]() | Putative acetyltransferase, GNAT | ||||||
![]() | TRANSFERASE / N-acetyltransferase / acetyl-CoA | ||||||
Function / homology | ![]() | ||||||
Biological species | ![]() | ||||||
Method | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Blaise, M. / Alsarraf, M.A.B. | ||||||
Funding support | ![]()
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![]() | ![]() Title: Biochemical, structural, and functional studies reveal that MAB_4324c from Mycobacterium abscessus is an active tandem repeat N-acetyltransferase. Authors: Alsarraf, H.M.A.B. / Ung, K.L. / Johansen, M.D. / Dimon, J. / Olieric, V. / Kremer, L. / Blaise, M. | ||||||
History |
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Structure visualization
Structure viewer | Molecule: ![]() ![]() |
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PDBx/mmCIF format | ![]() | 373.7 KB | Display | ![]() |
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PDB format | ![]() | 251.8 KB | Display | ![]() |
PDBx/mmJSON format | ![]() | Tree view | ![]() | |
Others | ![]() |
-Validation report
Summary document | ![]() | 3 MB | Display | ![]() |
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Full document | ![]() | 3 MB | Display | |
Data in XML | ![]() | 35.9 KB | Display | |
Data in CIF | ![]() | 55.3 KB | Display | |
Arichive directory | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-Related structure data
Similar structure data | Similarity search - Function & homology ![]() |
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Links
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Assembly
Deposited unit | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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Unit cell |
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Components
-Protein , 1 types, 2 molecules AB
#1: Protein | Mass: 39170.125 Da / Num. of mol.: 2 Source method: isolated from a genetically manipulated source Source: (gene. exp.) ![]() Strain: ATCC 19977 / DSM 44196 / CIP 104536 / JCM 13569 / NCTC 13031 / TMC 1543 Gene: MAB_4324c / Production host: ![]() ![]() |
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-Non-polymers , 8 types, 871 molecules ![](data/chem/img/NDP.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
![](data/chem/img/COA.gif)
![](data/chem/img/ACO.gif)
![](data/chem/img/ACT.gif)
![](data/chem/img/SO4.gif)
![](data/chem/img/NAI.gif)
![](data/chem/img/EPE.gif)
![](data/chem/img/HOH.gif)
#2: Chemical | ChemComp-NDP / | ||||||||||||
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#3: Chemical | #4: Chemical | #5: Chemical | #6: Chemical | #7: Chemical | ChemComp-NAI / | #8: Chemical | ChemComp-EPE / | #9: Water | ChemComp-HOH / | |
-Details
Has ligand of interest | Y |
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-Experimental details
-Experiment
Experiment | Method: ![]() |
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-
Sample preparation
Crystal | Density Matthews: 3.8 Å3/Da / Density % sol: 67.62 % |
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Crystal grow | Temperature: 291 K / Method: vapor diffusion, sitting drop / pH: 7.5 Details: 2 M Ammonium sulphate, 0.1 M HEPES pH 7.5 and 2% w/v polyethylene glycol (PEG) 400. |
-Data collection
Diffraction | Mean temperature: 100 K / Serial crystal experiment: N |
---|---|
Diffraction source | Source: ![]() ![]() ![]() |
Detector | Type: DECTRIS PILATUS 2M-F / Detector: PIXEL / Date: Jan 31, 2019 |
Radiation | Protocol: SINGLE WAVELENGTH / Monochromatic (M) / Laue (L): M / Scattering type: x-ray |
Radiation wavelength | Wavelength: 1 Å / Relative weight: 1 |
Reflection | Resolution: 2→50 Å / Num. obs: 80802 / % possible obs: 98.3 % / Redundancy: 38.3 % / Biso Wilson estimate: 26.2 Å2 / CC1/2: 1 / Rrim(I) all: 0.1 / Net I/σ(I): 37.4 |
Reflection shell | Resolution: 2→2.1 Å / Num. unique obs: 8058 / CC1/2: 0.95 / Rrim(I) all: 0.87 / % possible all: 100 |
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Processing
Software |
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Refinement | Method to determine structure: ![]() Stereochemistry target values: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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Solvent computation | Shrinkage radii: 0.9 Å / VDW probe radii: 1.11 Å / Solvent model: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Displacement parameters | Biso mean: 31.62 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
Refinement step | Cycle: LAST / Resolution: 2→49.09 Å
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Refine LS restraints |
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LS refinement shell |
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Refinement TLS params. | Method: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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Refinement TLS group | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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