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万見
- PDB-7q34: Crystal structure of the multidrug binding transcriptional regula... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q34
タイトルCrystal structure of the multidrug binding transcriptional regulator LmrR in complex squaraine dye
要素Helix-turn-helix transcriptional regulator
キーワードFLUORESCENT PROTEIN / artificial fluorescent proteins / color down-conversion / deep-red biophosphors / bio-hybrid light emitting diodes
機能・相同性Transcription regulator PadR, N-terminal / Transcriptional regulator PadR-like family / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / Chem-8TF / NICKEL (II) ION / Helix-turn-helix transcriptional regulator
機能・相同性情報
生物種Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.6 Å
データ登録者Liutkus, M. / Mejias, S.H. / Barolo, C. / Cortajarena, A.L.
資金援助 スペイン, 3件
組織認可番号国
European Union (EU)863170 スペイン
European Research Council (ERC)ERC-CoG-648071-ProNANO スペイン
Spanish National Research CouncilPID2019-111649RB-I00 スペイン
引用ジャーナル: Adv Funct Mater / 年: 2022
タイトル: Designing Artificial Fluorescent Proteins: Squaraine-LmrR Biophosphors for High Performance Deep-Red Biohybrid Light-Emitting Diodes
著者: Ferrara, S. / Mejias, S.H. / Liutkus, M. / Renno, G. / Stella, F. / Kociolek, I. / Fuenzalida-Werner, J.P. / Barolo, C. / Coto, P.B. / Cortajarena, A.L. / Costa, R.D.
履歴
登録2021年10月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月1日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Helix-turn-helix transcriptional regulator
B: Helix-turn-helix transcriptional regulator
C: Helix-turn-helix transcriptional regulator
D: Helix-turn-helix transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)60,71110
ポリマ－59,5674
非ポリマー1,1446
水00
1
A: Helix-turn-helix transcriptional regulator
B: Helix-turn-helix transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,4737
ポリマ－29,7832
非ポリマー6895
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2910 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area12480 Å2
手法PISA
2
C: Helix-turn-helix transcriptional regulator
D: Helix-turn-helix transcriptional regulator
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)30,2383
ポリマ－29,7832
非ポリマー4551
水0
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2730 Å2
ΔGint-20 kcal/mol
Surface area12080 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)44.658, 68.019, 200.858
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121

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要素

#1: タンパク質
Helix-turn-helix transcriptional regulator / PadR family transcriptional regulator / Predicted transcriptional regulators / Transcriptional ...PadR family transcriptional regulator / Predicted transcriptional regulators / Transcriptional regulator PadR family / Transcriptional regulator / Acidobacterial / PadR-family


分子量: 14891.720 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Lactococcus lactis subsp. lactis (乳酸菌)
遺伝子: CYU10_001323, D4M07_02500, E34_1323, FEZ45_05535, FIB48_07105, GJI88_04795, HPC60_09780, JCM5805K_2657, KF282_0527, LKF24_1179, LKF67_0238, LL14B4_01620, LL275_0346, LLUC06_0422, LLUC08_ ...遺伝子: CYU10_001323, D4M07_02500, E34_1323, FEZ45_05535, FIB48_07105, GJI88_04795, HPC60_09780, JCM5805K_2657, KF282_0527, LKF24_1179, LKF67_0238, LL14B4_01620, LL275_0346, LLUC06_0422, LLUC08_0288, LLUC11_0290, LMG8520_0357, LMG9449_1101, N42_0245, VN91_0116
プラスミド: pET-17b / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): C41 / 参照: UniProt: A0A0A7SZD7
#2: 化合物
ChemComp-NI / NICKEL (II) ION


分子量: 58.693 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ni
#3: 化合物 ChemComp-8TF / 2,4-bis[(E)-(1-ethyl-3,3-dimethyl-indol-2-ylidene)methyl]cyclobutane-1,3-dione / Dye with squaraine-scaffold


分子量: 454.603 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H34N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.56 Å3/Da / 溶媒含有率: 51.97 % / 解説: blue cubes
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 100 mM Hepes, pH 7.5, 5 mM NiCl2, 5 mM MgCl2, 5 mM CdCl2, 12% PEG 3350

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 1.48459 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年9月18日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.48459 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.6→100.429 Å / Num. all: 19703 / Num. obs: 19703 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 11.5 % / Rpim(I) all: 0.047 / Rrim(I) all: 0.159 / Rsym value: 0.144 / Net I/av σ(I): 1.7 / Net I/σ(I): 9.4 / Num. measured all: 226610
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured allNum. unique obsRpim(I) allRrim(I) allRsym valueNet I/σ(I) obs% possible all
2.6-2.7411.62.6670.23259228070.8342.8632.6671.3100
2.74-2.9111.91.4470.43183226690.4461.5521.4472.3100
2.91-3.1111.60.6720.92928225210.210.7250.6724100
3.11-3.3610.60.3212.12471623310.1070.350.3216.5100
3.36-3.6812.40.1833.72713921960.0560.1980.18310.9100
3.68-4.1112.10.1294.72384519750.040.140.12915.5100
4.11-4.7510.30.1344.41811617510.0450.1450.13417.1100
4.75-5.8111.90.1154.81803615190.0370.1280.11518.2100
5.81-8.2211.10.0871333711980.0290.0960.0819100
8.22-66.95310.50.093477157360.0310.1040.09321.399.8

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位相決定

位相決定手法: 分子置換
Phasing MRR rigid body: 0.408
最高解像度最低解像度
Rotation64.43 Å3.27 Å

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
MOSFLMデータ削減
SCALA3.3.22データスケーリング
MOLREP位相決定
REFMAC5.8.0258精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3f8b

3f8b


解像度: 2.6→64.51 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.944 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.891 / SU B: 16.945 / SU ML: 0.34 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.484 / ESU R Free: 0.35 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.3167 990 5 %RANDOM
Rwork0.2407 ---
obs0.2445 18650 99.96 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 174.12 Å2 / Biso mean: 84.846 Å2 / Biso min: 39.2 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.92 Å20 Å2-0 Å2
2--3.72 Å20 Å2
3----0.8 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.6→64.51 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3174 0 72 0 3246
Biso mean--121.61 --
残基数----392
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.010.0133292
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0183095
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.8191.6814435
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.2681.6127162
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.4135386
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg36.62523.316196
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg23.66115625
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.4341524
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0670.2423
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0080.023632
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0020.02672
LS精密化 シェル解像度: 2.6→2.667 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.426 72 -
Rwork0.382 1339 -
all-1411 -
obs--99.93 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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