PDB-7q32: Mutant D24G of uridine phosphorylase from E. coli

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q32

タイトル

Mutant D24G of uridine phosphorylase from E. coli

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / uridine phosphorylase / mutant enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

UMP catabolic process / uridine catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / potassium ion binding / DNA damage response / protein-containing complex / ATP binding / identical protein binding / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.7 Å

データ登録者

Safonova, T. / Polyakov, K. / Antipov, A. / Okorokova, N. / Mordkovich, N. / Veiko, V.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Mutant D24G of uridine phosphorylase from E. coli
著者: Polyakov, K. / Safonova, T. / Antipov, A. / Okorokova, N. / Mordkovich, N. / Veiko, V.

履歴

登録	2021年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年5月4日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年5月11日	Group: Database references / Structure summary / カテゴリ: citation / struct / Item: _citation.title / _struct.title
改定 1.2	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q32.cif.gz	118.8 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q32.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q32.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q32_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q32_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7q32_validation.xml.gz	23.7 KB	表示
CIF形式データ	7q32_validation.cif.gz	34.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q32 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q32	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q31C 4r2xS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

54 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
162 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.070, 150.070, 46.360
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-558- HOH

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase / UPase / UrdPase 分子量: 26783.564 Da / 分子数: 2 / 変異: D27G / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Escherichia coli (strain K12) (大腸菌) 株: K12 / 遺伝子: udp, b3831, JW3808 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P12758, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION 分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION 分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 332 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.42 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.9537 Å
検出器	タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月17日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9537 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.68→30 Å / Num. obs: 44388 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 7.3 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.9
反射シェル	解像度: 1.68→1.72 Å / Num. unique obs: 3315 / CC_1/2: 0.58

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R2X

4r2x

解像度: 1.7→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.95 / SU B: 2.567 / SU ML: 0.081 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.111 / ESU R Free: 0.112 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2021	2155	5.027 %
R_work	0.154	40717	-
all	0.156	-	-
obs	-	42872	99.967 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 28.629 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.124 Å²	-0.062 Å²	0 Å²
2-	-	-0.124 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.403 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.7→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3752	0	27	332	4111

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.012	3899
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.103	1.636	5297
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.151	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	34.33	21.848	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.566	15	657
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	23.276	15	26
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.137	0.2	535
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.013	0.02	2936
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	1903
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.308	0.2	2731
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	309
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.115	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.207	0.2	83
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.123	0.2	33
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.352	2.575	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.876	3.846	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.29	2.94	1901
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.707	4.246	2803
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	5.946	37.511	6119

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.7-1.744	0.297	199	0.288	2981	X-RAY DIFFRACTION	99.9686
1.744-1.792	0.286	164	0.247	2910	X-RAY DIFFRACTION	100
1.792-1.844	0.3	143	0.227	2892	X-RAY DIFFRACTION	100
1.844-1.901	0.276	152	0.197	2743	X-RAY DIFFRACTION	100
1.901-1.963	0.213	131	0.162	2711	X-RAY DIFFRACTION	99.9648
1.963-2.032	0.236	132	0.17	2598	X-RAY DIFFRACTION	100
2.032-2.108	0.208	132	0.167	2507	X-RAY DIFFRACTION	99.9621
2.108-2.194	0.205	140	0.16	2395	X-RAY DIFFRACTION	99.9212
2.194-2.292	0.199	106	0.145	2317	X-RAY DIFFRACTION	99.9587
2.292-2.404	0.208	139	0.146	2193	X-RAY DIFFRACTION	100
2.404-2.533	0.187	113	0.133	2105	X-RAY DIFFRACTION	100
2.533-2.687	0.197	96	0.137	1993	X-RAY DIFFRACTION	100
2.687-2.872	0.181	72	0.135	1908	X-RAY DIFFRACTION	99.8991
2.872-3.102	0.209	78	0.155	1745	X-RAY DIFFRACTION	99.8904
3.102-3.397	0.212	87	0.136	1602	X-RAY DIFFRACTION	100
3.397-3.797	0.15	76	0.121	1439	X-RAY DIFFRACTION	100
3.797-4.383	0.129	74	0.115	1267	X-RAY DIFFRACTION	99.9255
4.383-5.363	0.179	37	0.134	1100	X-RAY DIFFRACTION	100
5.363-7.566	0.17	48	0.16	833	X-RAY DIFFRACTION	100
7.566-10	0.208	34	0.175	450	X-RAY DIFFRACTION	99.5885

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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