PDB-7q30: Mutant T91A of uridine phosphorylase from Shewanella oneidensis

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q30

タイトル

Mutant T91A of uridine phosphorylase from Shewanella oneidensis

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / uridine phosphorylase / mutant enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / cytosol
類似検索 - 分子機能

生物種

Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.901 Å

データ登録者

Polyakov, K. / Safonova, T.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: Crystallography Reports / 年: 2021
タイトル: Role of Conformational Changes of Hexameric Bacterial Uridine Phosphorylases in Substrate Binding
著者: Polyakov, K.P. / Mordkovich, N.N. / Safonova, T.N. / Antipov, A.N. / Okorokova, N.A. / Dorovatovskii, P.V. / Veiko, V.P.

履歴

登録	2021年10月26日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q30.cif.gz	115.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q30.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q30.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q30_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q30_full_validation.pdf.gz	3.9 MB	表示
XML形式データ	7q30_validation.xml.gz	24.2 KB	表示
CIF形式データ	7q30_validation.cif.gz	34.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q30 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q3/7q30	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r2xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#50 - 2004年2月解糖系酵素 (Glycolytic Enzymes) 類似性 (1)

登録構造単位

DDD: Uridine phosphorylase

AAA: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

54.4 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis

単位格子

Length a, b, c (Å)	91.660, 91.660, 47.560
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	143
Space group name H-M	P3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-304- SO4
2	1	AAA-304- SO4
3	1	DDD-550- HOH
4	1	AAA-536- HOH

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase 分子量: 26716.455 Da / 分子数: 2 / 変異: T91A / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Shewanella oneidensis MR-1 (バクテリア) 株: MR-1 / 遺伝子: udp, SO_4133 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q8E9X9, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-LI / LITHIUM ION / リチウムカチオン分子量: 6.941 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Li / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 295 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.26 Å³/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: PEG 8000, 1 M lithium sulfate monohydrate

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.964 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2016年5月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.964 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.9→30 Å / Num. obs: 35104 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 6.38 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 15.6
反射シェル	解像度: 1.9→2.02 Å / Num. unique obs: 5812 / CC_1/2: 0.87

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R2X

4r2x

解像度: 1.901→26.474 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.969 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.944 / SU B: 4.422 / SU ML: 0.122 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.143 / ESU R Free: 0.14

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2108	1696	4.831 %
R_work	0.1565	33408	-
all	0.159	-	-
obs	-	35104	99.801 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 25.321 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-1.258 Å²	-0.629 Å²	-0 Å²
2-	-	-1.258 Å²	-0 Å²
3-	-	-	4.082 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.901→26.474 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3575	0	55	295	3925

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.016	0.012	3695
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.425	1.631	5023
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.13	5	480
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.132	22.086	163
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.936	15	584
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.624	15	22
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.157	0.2	511
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.015	0.02	2755
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.229	0.2	1985
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.321	0.2	2548
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.194	0.2	336
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.352	0.2	105
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.209	0.2	30
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.024	2.226	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.013	3.309	2406
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	5.253	2.725	1766
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.075	3.871	2617
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.277	32.032	5947

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.901-1.95	0.309	132	0.28	2461	X-RAY DIFFRACTION	99.846
1.95-2.004	0.258	104	0.248	2402	X-RAY DIFFRACTION	99.8804
2.004-2.062	0.274	169	0.212	2290	X-RAY DIFFRACTION	99.595
2.062-2.125	0.195	133	0.182	2260	X-RAY DIFFRACTION	99.8331
2.125-2.195	0.208	96	0.168	2210	X-RAY DIFFRACTION	99.7836
2.195-2.272	0.262	102	0.175	2154	X-RAY DIFFRACTION	99.8672
2.272-2.357	0.252	140	0.165	2023	X-RAY DIFFRACTION	99.7694
2.357-2.454	0.216	112	0.152	1968	X-RAY DIFFRACTION	99.952
2.454-2.563	0.199	80	0.15	1910	X-RAY DIFFRACTION	100
2.563-2.688	0.206	78	0.152	1828	X-RAY DIFFRACTION	100
2.688-2.833	0.251	81	0.161	1747	X-RAY DIFFRACTION	99.8362
2.833-3.004	0.23	80	0.151	1636	X-RAY DIFFRACTION	100
3.004-3.212	0.217	75	0.144	1553	X-RAY DIFFRACTION	100
3.212-3.468	0.178	58	0.132	1440	X-RAY DIFFRACTION	100
3.468-3.799	0.176	38	0.131	1344	X-RAY DIFFRACTION	100
3.799-4.246	0.146	46	0.12	1200	X-RAY DIFFRACTION	99.9198
4.246-4.9	0.165	64	0.116	1043	X-RAY DIFFRACTION	100
4.9-5.996	0.133	44	0.14	890	X-RAY DIFFRACTION	99.893
5.996-8.455	0.213	46	0.143	672	X-RAY DIFFRACTION	100
8.455-26.474	0.265	18	0.165	377	X-RAY DIFFRACTION	97.0516

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
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関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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