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- PDB-7q2a: Crystal structure of AphC in complex with 4-ethylcatechol -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q2a
タイトルCrystal structure of AphC in complex with 4-ethylcatechol
要素Catechol 2,3-dioxygenase
キーワードOXIDOREDUCTASE / oxygenase / catechol
機能・相同性
機能・相同性情報


catechol 2,3-dioxygenase / catechol 2,3-dioxygenase activity / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Glyoxalase/fosfomycin resistance/dioxygenase domain / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dioxygenase superfamily / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain / Vicinal oxygen chelate (VOC) domain profile. / Glyoxalase/Bleomycin resistance protein/Dihydroxybiphenyl dioxygenase
類似検索 - ドメイン・相同性
4-ethylbenzene-1,2-diol / : / Catechol 2,3-dioxygenase
類似検索 - 構成要素
生物種Rhodococcus jostii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Zahn, M. / Grigg, J.C. / Eltis, L.D. / McGeehan, J.E.
資金援助 カナダ, 1件
組織認可番号国
Natural Sciences and Engineering Research Council (NSERC, Canada)171359 カナダ
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Characterization of a phylogenetically distinct extradiol dioxygenase involved in the bacterial catabolism of lignin-derived aromatic compounds.
著者: Navas, L.E. / Zahn, M. / Bajwa, H. / Grigg, J.C. / Wolf, M.E. / Chan, A.C.K. / Murphy, M.E.P. / McGeehan, J.E. / Eltis, L.D.
履歴
登録2021年10月25日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月13日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed ..._citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.22022年5月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Catechol 2,3-dioxygenase
B: Catechol 2,3-dioxygenase
C: Catechol 2,3-dioxygenase
D: Catechol 2,3-dioxygenase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)171,55018
ポリマ－170,5344
非ポリマー1,01714
水14,682815
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area15250 Å2
ΔGint-114 kcal/mol
Surface area44490 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)81.580, 119.351, 84.528
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 114.560, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13A
23D
14B
24C
15B
25D
16C
26D

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Beg auth comp-ID: ASP / Beg label comp-ID: ASP / Refine code: _

Dom-IDEns-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ASPASPAA3 - 35724 - 378
21ASPASPBB3 - 35724 - 378
12ASPASPAA3 - 35724 - 378
22ASPASPCC3 - 35724 - 378
13ALAALAAA3 - 35624 - 377
23ALAALADD3 - 35624 - 377
14ASPASPBB3 - 35724 - 378
24ASPASPCC3 - 35724 - 378
15VALVALBB3 - 35524 - 376
25VALVALDD3 - 35524 - 376
16ALAALACC3 - 35624 - 377
26ALAALADD3 - 35624 - 377

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3
4
5
6

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要素

#1: タンパク質
Catechol 2,3-dioxygenase


分子量: 42633.375 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Rhodococcus jostii (strain RHA1) (バクテリア)
株: RHA1 / 遺伝子: RHA1_ro03865 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q0S9X1, catechol 2,3-dioxygenase
#2: 化合物
ChemComp-FE / FE (III) ION


分子量: 55.845 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-8RU / 4-ethylbenzene-1,2-diol / 4-エチルカテコ-ル


分子量: 138.164 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H10O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 815 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.12 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 40% PEG 300, 0.2 M calcium acetate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: CLSI / ビームライン: 08B1-1 / 波長: 1.18083 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 S 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月5日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.18083 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.588→47.19 Å / Num. obs: 137616 / % possible obs: 94 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.046 / Rpim(I) all: 0.029 / Net I/σ(I): 12.4
反射 シェル解像度: 1.588→1.74 Å / 冗長度: 3.5 % / Rmerge(I) obs: 0.975 / Mean I/σ(I) obs: 1.3 / Num. unique obs: 6882 / CC1/2: 0.489 / Rpim(I) all: 0.615 / % possible all: 60.3

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3LM4

3lm4


解像度: 1.6→47.19 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.968 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.956 / SU B: 5.818 / SU ML: 0.092 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.124 / ESU R Free: 0.115 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : WITH TLS ADDED
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.2086 6886 5 %RANDOM
Rwork0.1787 ---
obs0.1802 130674 70.7 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 115.33 Å2 / Biso mean: 31.335 Å2 / Biso min: 14.94 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.16 Å20 Å20.06 Å2
2---0.33 Å2-0 Å2
3---0.08 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→47.19 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数11082 0 50 815 11947
Biso mean--37.63 36.03 -
残基数----1399
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0130.01311466
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.01510316
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6491.65115553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4241.58423873
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.57351403
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg29.04822.429638
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg13.001151829
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg21.7391568
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0870.21417
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.010.0213090
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.022654
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A118380.06
12B118380.06
21A117450.05
22C117450.05
31A118240.06
32D118240.06
41B117060.06
42C117060.06
51B118180.06
52D118180.06
61C116900.06
62D116900.06
LS精密化 シェル解像度: 1.6→1.638 Å / Rfactor Rfree error: 0
Rfactor反射数%反射
Rfree0.421 12 -
Rwork0.336 371 -
obs--2.67 %
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.1974-0.07910.00250.363-0.09580.2081-0.0354-0.0535-0.09490.05410.03170.0453-0.01890.03610.00370.01930.01390.01660.04880.03890.0525-9.8866-17.72626.8874
20.2101-0.0491-0.03940.41850.1140.1306-0.0086-0.02350.0120.05550.02030.0762-0.0280.0386-0.01160.053-0.00090.02190.024-00.0326-29.338717.388918.6518
30.4085-0.0503-0.090.2875-0.07430.064-0.00370.0033-0.0032-0.0440.0038-0.0716-0.00260.0172-00.0223-0.02280.02970.0693-0.0160.044210.1207-0.64266.7822
40.23430.1020.03830.32960.06860.1542-0.0290.0631-0.0426-0.10980.05040.0575-0.04030.0381-0.02140.0568-0.0235-0.02250.0491-0.00560.0355-27.32630.9312-10.4077
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1A3 - 357
2X-RAY DIFFRACTION2B3 - 358
3X-RAY DIFFRACTION3C3 - 357
4X-RAY DIFFRACTION4D3 - 356

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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