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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7q23 | ||||||
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タイトル | cryo iDPC-STEM structure recorded with CSA 3.0 | ||||||
要素 |
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キーワード | VIRUS / tobacco mosaic virus / RNA virus | ||||||
機能・相同性 | Tobacco mosaic virus-like, coat protein / Tobacco mosaic virus-like, coat protein superfamily / Virus coat protein (TMV like) / helical viral capsid / structural molecule activity / identical protein binding / RNA / Capsid protein 機能・相同性情報 | ||||||
生物種 | Tobacco mosaic virus (ウイルス) | ||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 4.3 Å | ||||||
データ登録者 | Sachse, C. / Leidl, M.L. | ||||||
資金援助 | ドイツ, 1件
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引用 | ジャーナル: Nat Methods / 年: 2022 タイトル: Single-particle cryo-EM structures from iDPC-STEM at near-atomic resolution. 著者: Ivan Lazić / Maarten Wirix / Max Leo Leidl / Felix de Haas / Daniel Mann / Maximilian Beckers / Evgeniya V Pechnikova / Knut Müller-Caspary / Ricardo Egoavil / Eric G T Bosch / Carsten Sachse / 要旨: In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently ...In electron cryomicroscopy (cryo-EM), molecular images of vitrified biological samples are obtained by conventional transmission microscopy (CTEM) using large underfocuses and subsequently computationally combined into a high-resolution three-dimensional structure. Here, we apply scanning transmission electron microscopy (STEM) using the integrated differential phase contrast mode also known as iDPC-STEM to two cryo-EM test specimens, keyhole limpet hemocyanin (KLH) and tobacco mosaic virus (TMV). The micrographs show complete contrast transfer to high resolution and enable the cryo-EM structure determination for KLH at 6.5 Å resolution, as well as for TMV at 3.5 Å resolution using single-particle reconstruction methods, which share identical features with maps obtained by CTEM of a previously acquired same-sized TMV data set. These data show that STEM imaging in general, and in particular the iDPC-STEM approach, can be applied to vitrified single-particle specimens to determine near-atomic resolution cryo-EM structures of biological macromolecules. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7q23.cif.gz | 40.8 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7q23.ent.gz | 26.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7q23.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q23 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q2/7q23 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13779MC 7q22C 7q2qC 7q2rC 7q2sC M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
| x 49
-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 17091.998 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) 株: vulgare / 参照: UniProt: P69687 |
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#2: RNA鎖 | 分子量: 958.660 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 由来: (天然) Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) 株: vulgare |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: HELICAL ARRAY / 3次元再構成法: らせん対称体再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Tobacco mosaic virus / タイプ: COMPLEX / Entity ID: all / 由来: NATURAL |
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分子量 | 値: 131 kDa/nm |
由来(天然) | 生物種: Tobacco mosaic virus (strain vulgare) (ウイルス) |
緩衝液 | pH: 7.4 |
試料 | 濃度: 90 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES |
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 277 K 詳細: blot force of +10 and a duration for blotting of 10 seconds |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: FEI TITAN KRIOS / 詳細: iDPC-STEM |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: OTHER |
電子レンズ | モード: OTHER |
撮影 | 電子線照射量: 35 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: OTHER |
-解析
EMソフトウェア |
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画像処理 | 詳細: iDPC-STEM | ||||||||||||
CTF補正 | タイプ: NONE | ||||||||||||
らせん対称 | 回転角度/サブユニット: 22.03 ° / 軸方向距離/サブユニット: 1.408 Å / らせん対称軸の対称性: C1 | ||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 4.3 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 1392 / 対称性のタイプ: HELICAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | プロトコル: RIGID BODY FIT / 空間: REAL | ||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 4UDV Accession code: 4UDV / Source name: PDB / タイプ: experimental model |