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万見
- PDB-7q1r: A de novo designed homo-dimeric antiparallel coiled coil apCC-Di -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q1r
タイトルA de novo designed homo-dimeric antiparallel coiled coil apCC-Di
要素apCC-Di
キーワードDE NOVO PROTEIN / antiparallel / homo-dimeric / coiled-coil / de novo / protein design / associating peptides
機能・相同性ETHANOL
機能・相同性情報
生物種synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.08 Å
データ登録者Shanmugaratnam, S. / Rhys, G.G. / Dawson, W.M. / Woolfson, D.N. / Hocker, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
H2020 Marie Curie Actions of the European Commission888993European Union
引用ジャーナル: Nat.Chem.Biol. / 年: 2022
タイトル: De novo designed peptides for cellular delivery and subcellular localisation.
著者: Rhys, G.G. / Cross, J.A. / Dawson, W.M. / Thompson, H.F. / Shanmugaratnam, S. / Savery, N.J. / Dodding, M.P. / Hocker, B. / Woolfson, D.N.
履歴
登録2021年10月20日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年7月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年7月27日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年8月31日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.32024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.42024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: apCC-Di
B: apCC-Di
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)6,8774
ポリマ－6,8082
非ポリマー692
水1,67593
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2110 Å2
ΔGint-21 kcal/mol
Surface area4850 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)35.096, 35.096, 92.433
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number92
Space group name H-MP41212
Space group name HallP4abw2nw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+1/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+3/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+3/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+1/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-101-

EOH

21A-201-

HOH

31B-231-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 1 through 4 or resid 7 through 10 or resid 12 or resid 14 through 31))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 1 through 4 or resid 7 through 10 or resid 12 or resid 14 through 31))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1GLYGLUA1 - 4
d_12ens_1LEULEUA7 - 10
d_13ens_1GLNGLNA12
d_14ens_1ILEGLYA14 - 30
d_21ens_1GLYGLUE2 - 5
d_22ens_1LEULEUE8 - 11
d_23ens_1GLNGLNE13
d_24ens_1ILEGLYE15 - 31

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.987687711141, -0.153601000311, 0.0296600398479), (-0.153557789067, -0.988132580609, -0.00374280043753), (0.0298829496071, -0.000857812145288, -0.999553036853) ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.987687711141, -0.153601000311, 0.0296600398479), (-0.153557789067, -0.988132580609, -0.00374280043753), (0.0298829496071, -0.000857812145288, -0.999553036853)
ベクター: -0.286868951925, 2.78972688728, 18.742491002)

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要素

#1: タンパク質・ペプチド apCC-Di


分子量: 3403.910 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)
#2: 化合物 ChemComp-EOH / ETHANOL / エタノ-ル


分子量: 46.068 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O
#3: 化合物 ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 93 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.11 Å3/Da / 溶媒含有率: 41.58 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 10% ethanol, 1.5 M sodium chloride

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月11日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.08→27.95 Å / Num. obs: 25670 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 10.6 % / Biso Wilson estimate: 14.52 Å2 / CC1/2: 0.997 / CC star: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.106 / Rpim(I) all: 0.033 / Rrim(I) all: 0.111 / Net I/σ(I): 64.93
反射 シェル解像度: 1.08→1.12 Å / 冗長度: 9.9 % / Rmerge(I) obs: 1.612 / Mean I/σ(I) obs: 0.97 / Num. unique obs: 2505 / CC1/2: 0.33 / CC star: 0.705 / Rpim(I) all: 0.533 / Rrim(I) all: 1.701 / % possible all: 99.4

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
DIALS2.0.2データ削減
DIALS2.0.2データスケーリング
PHASER2.8.3位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: poly-alanine coiled-coil

解像度: 1.08→27.95 Å / SU ML: 0.1326 / 交差検証法: FREE R-VALUE / 位相誤差: 24.3192
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2168 1283 5.01 %
Rwork0.1892 24313 -
obs0.1906 25596 99.61 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 23.18 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.08→27.95 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数474 0 9 93 576
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0105511
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.9428688
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.059974
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.009694
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.3522204
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 1.04734470194 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.08-1.120.34821390.34832638X-RAY DIFFRACTION99.46
1.12-1.170.2851400.27832621X-RAY DIFFRACTION99.07
1.17-1.240.26061390.2622637X-RAY DIFFRACTION99.28
1.24-1.310.25111390.24182659X-RAY DIFFRACTION99.89
1.31-1.420.26411420.22652682X-RAY DIFFRACTION99.86
1.42-1.560.22011400.19342665X-RAY DIFFRACTION99.26
1.56-1.780.19291450.18082731X-RAY DIFFRACTION99.86
1.78-2.250.19081450.1742751X-RAY DIFFRACTION99.9
2.25-27.950.21121540.17182929X-RAY DIFFRACTION99.84
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9394789352030.2125289620110.4806428327741.70042190421-0.7061207695680.809584217665-0.09889537017420.0112540833893-0.04216945369380.0914397751191-0.0087005286388-0.008193777641070.186015047425-0.101821228246-0.003723456371470.0632048367615-0.0110093974057-0.003122829318910.08655998633520.006630218256230.09953435383710.9836332776-3.3166993899310.8476569944
20.769133621976-0.3059215165470.1405229224291.45538444998-0.05792998587482.50399734668-0.0290739774301-0.03606254611690.00777610116826-0.0589680368450.0682772961046-0.0776219574224-0.172783105251-0.1397286772920.05966374643960.08824518109520.01184902986570.003670950226460.125732426995-2.94557878772E-50.13280938674611.26590320144.292474135857.63809284874
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 1 through 31)AA - B1 - 311
22(chain 'B' and resid 0 through 31)BD - F0 - 31

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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