PDB-7q1j: Hybrid form of uridine phosphorylase from E. coli and Salmonella ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q1j

タイトル

Hybrid form of uridine phosphorylase from E. coli and Salmonella typhimurium in the presence PEG

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / uridine phosphorylase / hybrid enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / nucleoside catabolic process / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli MS 85-1 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.71 Å

データ登録者

Safonova, T. / Polyakov, K.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hybrid form of uridine phosphorylase from E. coli and Salmonella typhimurium in the presence PEG
著者: Polyakov, K. / Safonova, T.

履歴

登録	2021年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q1j.cif.gz	117.4 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q1j.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q1j.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7q1j_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q1j_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7q1j_validation.xml.gz	23.8 KB	表示
CIF形式データ	7q1j_validation.cif.gz	34 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1j ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1j	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r2xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

54.2 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
163 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.590, 150.590, 46.290
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	BBB-536- HOH
2	1	BBB-540- HOH
3	1	BBB-546- HOH

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase 分子量: 26882.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli MS 85-1 (大腸菌) / 遺伝子: udp, HMPREF9350_04039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6BNQ3, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 283 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.53 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.8025 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月12日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8025 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.71→30 Å / Num. obs: 42058 / % possible obs: 99.5 % / 冗長度: 3.82 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 9.6
反射シェル	解像度: 1.71→1.75 Å / Num. unique obs: 3091 / CC_1/2: 0.7

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R2X

4r2x

解像度: 1.71→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.96 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.916 / SU B: 5.261 / SU ML: 0.16 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.148 / ESU R Free: 0.157

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2808	2149	5.11 %
R_work	0.2037	39909	-
all	0.208	-	-
obs	-	42058	99.451 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 26.903 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.71 Å²	0.355 Å²	-0 Å²
2-	-	0.71 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-2.303 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.71→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3766	0	27	283	4076

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	3864
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.609	1.637	5247
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	8.315	5	498
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.046	21.758	182
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.174	15	647
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.674	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.177	0.2	529
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.019	0.02	2918
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.232	0.2	1916
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.315	0.2	2654
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	280
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.234	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.221	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.893	2.491	1998
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.667	3.722	2494
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.752	2.802	1866
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.029	4.052	2753
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.773	35.531	6025

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.71-1.754	0.336	161	0.317	2928	X-RAY DIFFRACTION	99.5809
1.754-1.802	0.324	157	0.291	2887	X-RAY DIFFRACTION	99.4121
1.802-1.855	0.325	164	0.275	2768	X-RAY DIFFRACTION	99.4573
1.855-1.912	0.349	144	0.256	2728	X-RAY DIFFRACTION	99.446
1.912-1.974	0.338	145	0.262	2625	X-RAY DIFFRACTION	99.2831
1.974-2.044	0.35	157	0.263	2516	X-RAY DIFFRACTION	99.1101
2.044-2.121	0.381	123	0.269	2449	X-RAY DIFFRACTION	98.9611
2.121-2.207	0.353	149	0.263	2375	X-RAY DIFFRACTION	99.2919
2.207-2.305	0.321	116	0.245	2268	X-RAY DIFFRACTION	99.1268
2.305-2.418	0.342	107	0.232	2165	X-RAY DIFFRACTION	99.3007
2.418-2.548	0.294	90	0.212	2060	X-RAY DIFFRACTION	99.537
2.548-2.703	0.294	105	0.226	1979	X-RAY DIFFRACTION	99.7129
2.703-2.889	0.356	93	0.218	1861	X-RAY DIFFRACTION	99.8467
2.889-3.12	0.303	93	0.209	1688	X-RAY DIFFRACTION	99.72
3.12-3.417	0.245	78	0.18	1602	X-RAY DIFFRACTION	99.8811
3.417-3.82	0.229	70	0.161	1411	X-RAY DIFFRACTION	99.6635
3.82-4.409	0.174	66	0.119	1271	X-RAY DIFFRACTION	99.8506
4.409-5.395	0.192	66	0.121	1058	X-RAY DIFFRACTION	99.8224
5.395-7.61	0.217	43	0.142	821	X-RAY DIFFRACTION	99.8844
7.61-10	0.137	22	0.121	449	X-RAY DIFFRACTION	98.7421

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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