PDB-7q1i: Hybrid form of uridine phosphorylase from E. coli and Salmonella ...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q1i

タイトル

Hybrid form of uridine phosphorylase from E. coli and Salmonella typhimurium in the presence glycerol

要素

Uridine phosphorylase

キーワード

TRANSFERASE / uridine phosphorylase / hybrid enzyme

機能・相同性

機能・相同性情報

nucleotide catabolic process / uridine phosphorylase / nucleoside catabolic process / uridine phosphorylase activity / UMP salvage / cytoplasm
類似検索 - 分子機能

生物種

Escherichia coli MS 85-1 (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 1.65 Å

データ登録者

Polyakov, K. / Safonova, T.

資金援助

ロシア, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Hybrid form of uridine phosphorylase from E. coli and Salmonella typhimurium in the presence glycerol
著者: Polyakov, K. / Safonova, T.

履歴

登録	2021年10月20日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q1i.cif.gz	118.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q1i.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q1i.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1i ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q1/7q1i	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	4r2xS S: 精密化の開始モデル
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#129 - 2010年9月イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase) 類似性 (1) #154 - 2012年10月クエン酸回路 (Citric Acid Cycle) 類似性 (1) #191 - 2015年11月グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors) 類似性 (1) #215 - 2017年11月アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase) 類似性 (1) #258 - 2021年6月糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone) 類似性 (1) #89 - 2007年5月アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1) 類似性 (1)

PDBのページ

PDBj /

wwPDB /

NCBI

「今月の分子」の関連する項目

#129 - 2010年9月
イソクエン酸脱水素酵素 (Isocitrate Dehydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#191 - 2015年11月
グルタミン酸開閉型塩化物イオン受容体 (Glutamate-gated Chloride Receptors)
類似性 (1)
#215 - 2017年11月
アスパラギン酸カルバモイル転移酵素 (Aspartate Transcarbamoylase)
類似性 (1)
#258 - 2021年6月
糖質コルチコイド受容体とデキサメタゾン (Glucocorticoid Receptor and Dexamethasone)
類似性 (1)
#89 - 2007年5月
アコニターゼと鉄調節タンパク質１ (Aconitase and Iron Regulatory Protein 1)
類似性 (1)

登録構造単位

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

54.6 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

AAA: Uridine phosphorylase

BBB: Uridine phosphorylase

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: native gel electrophoresis
164 kDa, 6 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	150.520, 150.520, 46.250
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	146
Space group name H-M	H3

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	AAA-562- HOH

#1: タンパク質	Uridine phosphorylase 分子量: 26882.652 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Escherichia coli MS 85-1 (大腸菌) / 遺伝子: udp, HMPREF9350_04039 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: E6BNQ3, uridine phosphorylase
#2: 化合物	ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト分子量: 189.100 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₆H₅O₇ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#5: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 311 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.88 Å³/Da / 溶媒含有率: 34.41 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 0.2 M Potassium citrate tribasic monohydrate, 20% w/v Polyethylene glycol 3,350

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: KURCHATOV SNC / ビームライン: K4.4 / 波長: 0.8025 Å
検出器	タイプ: MAR CCD 165 mm / 検出器: CCD / 日付: 2018年4月18日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.8025 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 1.65→30 Å / Num. obs: 50485 / % possible obs: 97.9 % / 冗長度: 2.24 % / CC_1/2: 1 / Net I/σ(I): 7.9
反射シェル	解像度: 1.65→1.69 Å / Num. unique obs: 3253 / CC_1/2: 0.6

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0258	精密化
XDS		データ削減
XSCALE		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4R2X

4r2x

解像度: 1.65→30 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.964 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.935 / SU B: 3.251 / SU ML: 0.106 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.117 / ESU R Free: 0.118

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2293	2353	5.058 %
R_work	0.1788	44170	-
all	0.181	-	-
obs	-	46523	98.947 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: BABINET MODEL PLUS MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 19.565 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.237 Å²	0.118 Å²	-0 Å²
2-	-	0.237 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.768 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 1.65→30 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3766	0	51	311	4128

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.018	0.012	3900
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	2.352	1.637	5293
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.372	5	500
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	33.811	21.848	184
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	14.63	15	651
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	22.782	15	27
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.147	0.2	532
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.016	0.02	2934
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.222	0.2	1881
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.305	0.2	2685
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.129	0.2	286
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.065	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.18	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.146	0.2	28
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.165	1.77	2003
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	2.604	2.641	2500
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.304	2.019	1897
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.41	2.915	2791
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	4.771	25.445	6026

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
1.65-1.693	0.272	170	0.26	3297	X-RAY DIFFRACTION	99.1138
1.693-1.739	0.281	162	0.256	3165	X-RAY DIFFRACTION	99.2838
1.739-1.79	0.277	136	0.234	3146	X-RAY DIFFRACTION	99.3642
1.79-1.845	0.291	176	0.227	3046	X-RAY DIFFRACTION	99.4751
1.845-1.905	0.263	132	0.202	2931	X-RAY DIFFRACTION	99.1583
1.905-1.972	0.276	149	0.207	2816	X-RAY DIFFRACTION	99.2635
1.972-2.046	0.251	148	0.2	2746	X-RAY DIFFRACTION	99.416
2.046-2.13	0.24	145	0.201	2621	X-RAY DIFFRACTION	99.3178
2.13-2.224	0.27	169	0.201	2465	X-RAY DIFFRACTION	99.0598
2.224-2.333	0.224	103	0.188	2407	X-RAY DIFFRACTION	98.8189
2.333-2.459	0.24	139	0.188	2280	X-RAY DIFFRACTION	98.8557
2.459-2.608	0.272	107	0.187	2166	X-RAY DIFFRACTION	99.1278
2.608-2.788	0.217	122	0.189	1995	X-RAY DIFFRACTION	98.6487
2.788-3.011	0.279	91	0.181	1898	X-RAY DIFFRACTION	98.5629
3.011-3.298	0.215	115	0.158	1723	X-RAY DIFFRACTION	98.4995
3.298-3.686	0.19	85	0.142	1538	X-RAY DIFFRACTION	97.3605
3.686-4.254	0.146	89	0.123	1351	X-RAY DIFFRACTION	97.7597
4.254-5.206	0.186	66	0.124	1156	X-RAY DIFFRACTION	98.469
5.206-7.346	0.19	34	0.156	913	X-RAY DIFFRACTION	98.6458
7.346-10	0.188	15	0.138	503	X-RAY DIFFRACTION	96.2825

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

すべてのお知らせ

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)

-ムービー

-構造ビューア

+ビューアのログ

-このページ

-このウェブサイト

-オプション

+データを開く

-基本情報

-構造の表示

-ダウンロードとリンク

-ダウンロード

-検証レポート

-関連構造データ

-リンク

-集合体

-要素

-実験情報

-実験

-試料調製

-データ収集

-解析

+万見について

-お知らせ

-2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-2020年8月12日: 新型コロナ情報

+2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-万見 (Yorodumi)

-
ムービー

-
構造ビューア

+
ビューアのログ

-
このページ

-
このウェブサイト

-
オプション

+
データを開く

-
基本情報

-
構造の表示

-
ダウンロードとリンク

-
ダウンロード

-
検証レポート

-
関連構造データ

-
リンク

-
集合体

-
要素

-
実験情報

-
実験

-
試料調製

-
データ収集

-
解析

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

-
万見 (Yorodumi)