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- PDB-7q1g: Crystal structure and metal binding properties of the periplasmic... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7q1g
タイトルCrystal structure and metal binding properties of the periplasmic iron component EfeM from Pseudomonas syringae EfeUOB/M iron-transport system
要素Peptidase_M75 domain-containing protein
キーワードMETAL TRANSPORT / EfeM / peptidase-M75 domain / metal-binding / EfeUOB iron-transport system
機能・相同性
機能・相同性情報


iron ion transport / periplasmic space / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
EfeO/Algp7, imelysin-like domain / : / : / Imelysin-like domain / Imelysin-like domain superfamily / Imelysin
類似検索 - ドメイン・相同性
Iron uptake system component EfeM
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas syringae pv. syringae (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.6 Å
データ登録者Watson, K.A. / Rajasekaran, M.
資金援助1件
組織認可番号国
Other government
引用ジャーナル: Biometals / 年: 2022
タイトル: Crystal structure and metal binding properties of the periplasmic iron component EfeM from Pseudomonas syringae EfeUOB/M iron-transport system.
著者: Rajasekaran, M.B. / Hussain, R. / Siligardi, G. / Andrews, S.C. / Watson, K.A.
履歴
登録2021年10月19日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
置き換え2022年4月27日ID: 6SNG
改定 1.02022年4月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月15日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Peptidase_M75 domain-containing protein
B: Peptidase_M75 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,03812
ポリマ－63,0772
非ポリマー96110
水12,034668
1
A: Peptidase_M75 domain-containing protein
ヘテロ分子

B: Peptidase_M75 domain-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)64,03812
ポリマ－63,0772
非ポリマー96110
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation4_554-x,-y+1/2,z-1/21
Buried area3010 Å2
ΔGint-125 kcal/mol
Surface area21020 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)46.800, 95.230, 152.750
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP22121

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要素

#1: タンパク質 Peptidase_M75 domain-containing protein


分子量: 31538.715 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Pseudomonas syringae pv. syringae (strain B728a) (バクテリア)
株: B728a / 遺伝子: Psyr_3370 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q4ZR20
#2: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン


分子量: 96.063 Da / 分子数: 10 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 668 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.06 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.8 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / 詳細: ammonium sulphate, lithium sulphate, Tris

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I02 / 波長: 0.9796 Å
検出器タイプ: ADSC QUANTUM 315 / 検出器: CCD / 日付: 2013年5月8日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9796 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.6→36.8 Å / Num. obs: 90374 / % possible obs: 99.4 % / 冗長度: 3.5 % / CC1/2: 0.997 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.043 / Rrim(I) all: 0.083 / Net I/σ(I): 10.6
反射 シェル解像度: 1.6→1.69 Å / 冗長度: 3.6 % / Rmerge(I) obs: 0.625 / Mean I/σ(I) obs: 2 / Num. unique obs: 13064 / CC1/2: 0.668 / Rpim(I) all: 0.384 / Rrim(I) all: 0.737 / % possible all: 99.6

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
SCALAデータスケーリング
PHENIX1.15.2_3472精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
xia2データ削減
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3AT7

3at7


解像度: 1.6→36.804 Å / SU ML: 0.17 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.88 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2097 4522 5.01 %
Rwork0.1851 85787 -
obs0.1863 90309 99.23 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 73.85 Å2 / Biso mean: 24.4688 Å2 / Biso min: 10.6 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.6→36.804 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3812 0 50 670 4532
Biso mean--31.42 34.93 -
残基数----502
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
1.6-1.61820.29171370.2991287699
1.6182-1.63720.30411440.2937278599
1.6372-1.65720.31171350.2795285799
1.6572-1.67820.25691510.2651284299
1.6782-1.70020.31571390.2562281999
1.7002-1.72350.30481540.24872827100
1.7235-1.74820.24751400.23542848100
1.7482-1.77430.24161490.22282830100
1.7743-1.8020.26941410.21612887100
1.802-1.83150.25621560.21752827100
1.8315-1.86310.23221510.20662854100
1.8631-1.8970.25061410.20542834100
1.897-1.93350.22831750.20452832100
1.9335-1.97290.25631480.19542857100
1.9729-2.01580.20051360.18462835100
2.0158-2.06270.20971700.18162855100
2.0627-2.11430.20841440.17632889100
2.1143-2.17150.19141340.1742850100
2.1715-2.23530.20641730.17222873100
2.2353-2.30750.20451630.17142851100
2.3075-2.38990.21881550.17642855100
2.3899-2.48560.20331460.17172869100
2.4856-2.59870.18731600.17392905100
2.5987-2.73570.20121560.18012876100
2.7357-2.9070.21731480.18542891100
2.907-3.13130.2241670.1879288199
3.1313-3.44630.22631410.1755291199
3.4463-3.94440.15841510.1544285897
3.9444-4.96760.17021610.1466293999
4.9676-36.8040.19081560.1975287492

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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