PDB-7q05: Crystal structure of TPADO in complex with TPA

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q05

タイトル

Crystal structure of TPADO in complex with TPA

要素

(Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit ...) x 2
Lysozyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / terephthalic acid / TPA

機能・相同性

機能・相同性情報

terephthalate 1,2-dioxygenase / terephthalate 1,2-dioxygenase activity / phthalate metabolic process / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas sp. (バクテリア)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.08 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kincannon, W.M. / DuBois, J.L. / McGeehan, J.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural characterization of an aromatic ring-hydroxylating dioxygenase for terephthalic acid catabolism.
著者: Kincannon, W.M. / Zahn, M. / Clare, R. / Lusty Beech, J. / Romberg, A. / Larson, J. / Bothner, B. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. / DuBois, J.L.

履歴

登録	2021年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年3月30日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年10月23日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q05.cif.gz	1.2 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q05.ent.gz	1010.9 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q05.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q05 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q05	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7q04C 7q06C 3ebyS 3n0qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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複合体I (Complex I)
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カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
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ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
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クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

B: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

C: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

D: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

E: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

F: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

H: Lysozyme

ヘテロ分子

213 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	219.714, 219.714, 82.964
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C
7	4	D
8	4	E
9	5	D
10	5	F
11	6	E
12	6	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 154	1 - 154
2	2	1	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 154	1 - 154
3	3	2	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 154	1 - 154
4	4	2	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 154	1 - 154
5	5	3	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 154	1 - 154
6	6	3	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 154	1 - 154
7	7	4	GLU	GLU	GLU	GLU	D	D	3 - 410	5 - 412
8	8	4	GLU	GLU	GLU	GLU	E	E	3 - 410	5 - 412
9	9	5	SER	SER	MET	MET	D	D	4 - 411	6 - 413
10	10	5	SER	SER	MET	MET	F	F	4 - 411	6 - 413
11	11	6	SER	SER	GLN	GLN	E	E	4 - 412	6 - 414
12	12	6	SER	SER	GLN	GLN	F	F	4 - 412	6 - 414

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2-dioxygenase small subunit 1 分子量: 17249.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA3I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1E2, terephthalate 1,2-dioxygenase
#2: タンパク質	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2-dioxygenase large subunit 2 分子量: 48166.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA2II / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1D5, terephthalate 1,2-dioxygenase

#1: タンパク質

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...

分子量: 17249.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA3I / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1E2, terephthalate 1,2-dioxygenase

#2: タンパク質

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...

分子量: 48166.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA2II / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1D5, terephthalate 1,2-dioxygenase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 H

#3: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 5種, 972分子

#4: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-SO4 / SULFATE ION / 硫酸ジアニオン分子量: 96.063 Da / 分子数: 11 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物	ChemComp-UB7 / terephthalic acid / benzene-1,4-dicarboxylic acid / テレフタル酸分子量: 166.131 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₆O₄ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#7: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#8: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 953 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.82 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.44 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12.5% MPD, 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer Imidazole/MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.078→190.278 Å / Num. obs: 111025 / % possible obs: 96 % / 冗長度: 21.3 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.167 / R_pim(I) all: 0.037 / Net I/σ(I): 14
反射シェル	解像度: 2.078→2.254 Å / 冗長度: 21.4 % / R_merge(I) obs: 2.514 / Mean I/σ(I) obs: 1.6 / Num. unique obs: 5551 / CC_1/2: 0.667 / R_pim(I) all: 0.557 / % possible all: 65.5

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N0Q, 3EBY

3n0q

3eby

解像度: 2.08→190.278 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.967 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.898 / SU B: 9.824 / SU ML: 0.129 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.218 / ESU R Free: 0.183 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.214	5502	4.956 %
R_work	0.1679	105521	-
all	0.17	-	-
obs	-	111023	80.98 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 46.213 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.038 Å²	-0.019 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.038 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.122 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.08→190.278 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13875	0	105	953	14933

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.013	14322
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.002	0.015	13082
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.823	1.637	19384
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.416	1.581	30050
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.782	5	1770
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.134	22.037	820
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	15.199	15	2347
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.78	15	105
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.083	0.2	1820
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.01	0.02	16643
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.004	0.02	3512
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.201	0.2	2758
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	12748
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.169	0.2	6849
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.084	0.2	7083
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.173	0.2	955
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.042	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.27	0.2	53
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.243	0.2	137
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.151	0.2	19
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.199	3.355	7068
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.198	3.354	7067
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.194	5.024	8818
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.194	5.024	8819
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.988	3.665	7254
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.94	3.657	7242
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.26	5.39	10552
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.201	5.378	10534
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.466	39.745	16075
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.443	39.305	15834
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	4756
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.097	0.05	4739
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.086	0.05	4819
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.102	0.05	12000
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.085	0.05	12172
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.1	0.05	12117

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08866	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08866	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09676	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09676	0.05009
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08586	0.05009
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08586	0.05009
4	7	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1021	0.05008
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.1021	0.05008
5	9	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08529	0.05009
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08529	0.05009
6	11	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10012	0.05008
6	12	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10012	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.08-2.134	0.3	25	0.254	304	0.258	10119	0.826	0.848	3.2513	0.243
2.134-2.192	0.306	74	0.259	1489	0.261	9790	0.806	0.838	15.9653	0.253
2.192-2.256	0.231	220	0.238	3573	0.238	9575	0.88	0.87	39.6136	0.228
2.256-2.325	0.277	403	0.233	6726	0.235	9286	0.853	0.875	76.7715	0.219
2.325-2.402	0.28	429	0.232	8458	0.234	8976	0.864	0.883	99.0085	0.212
2.402-2.486	0.247	393	0.216	8344	0.217	8737	0.898	0.906	100	0.191
2.486-2.58	0.252	393	0.206	8045	0.208	8438	0.905	0.919	100	0.178
2.58-2.685	0.259	405	0.191	7693	0.194	8098	0.907	0.933	100	0.164
2.685-2.805	0.252	365	0.182	7401	0.185	7766	0.921	0.942	100	0.156
2.805-2.941	0.22	382	0.175	7059	0.177	7441	0.937	0.947	100	0.152
2.941-3.1	0.229	374	0.175	6721	0.178	7095	0.938	0.951	100	0.156
3.1-3.288	0.214	319	0.172	6356	0.174	6676	0.942	0.955	99.985	0.158
3.288-3.515	0.215	300	0.176	6000	0.177	6300	0.948	0.959	100	0.165
3.515-3.797	0.191	310	0.167	5586	0.169	5896	0.957	0.962	100	0.159
3.797-4.159	0.181	257	0.144	5158	0.145	5415	0.965	0.973	100	0.139
4.159-4.65	0.152	254	0.119	4657	0.121	4911	0.973	0.979	100	0.121
4.65-5.369	0.163	208	0.126	4137	0.128	4345	0.972	0.979	100	0.13
5.369-6.574	0.214	187	0.163	3498	0.166	3685	0.954	0.965	100	0.164
6.574-9.291	0.223	123	0.155	2765	0.158	2888	0.947	0.963	100	0.162
9.291-190.278	0.329	81	0.201	1551	0.207	1632	0.784	0.912	100	0.22

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	1.2407	-0.6267	-1.0999	2.7619	0.7107	1.4704	0.064	0.1829	-0.0482	-0.108	-0.1514	0.3242	-0.0204	-0.2217	0.0874	0.0706	0.033	-0.011	0.0462	-0.0178	0.04	-80.6562	-41.4268	0.8831
2	1.9789	0.2888	-0.2237	1.6562	0.6403	2.0934	0.0222	-0.3458	-0.018	0.2431	-0.012	0.1271	-0.0269	-0.1062	-0.0102	0.0792	0.0236	0.0036	0.0791	0.0061	0.0247	-79.5637	-63.5791	17.9509
3	1.6331	-0.7806	0.1053	1.6351	0.7263	1.9574	-0.0179	-0.1064	0.198	0.0685	0.0763	-0.1167	-0.3313	-0.015	-0.0584	0.1086	0.0292	0.0174	0.039	-0.003	0.0295	-58.9904	-44.4237	18.5083
4	0.7749	0.0032	0.1991	1.2699	-0.0749	1.111	-0.0163	0.2543	0.0411	-0.2904	0.016	0.0073	-0.1583	0.0251	0.0002	0.2587	0.032	0.072	0.0923	0.0292	0.0347	-61.6788	-44.822	-23.413
5	1.0282	-0.0254	0.101	1.3577	-0.1369	0.7161	0.04	-0.0323	-0.1574	-0.0536	-0.0077	0.0448	0.0583	-0.0283	-0.0323	0.0508	0.0259	-0.0437	0.0209	-0.0178	0.0537	-75.8004	-84.0381	-5.9211
6	1.1842	0.2061	0.2268	0.7309	0.0252	1.0221	0.0299	0.039	0.0218	-0.0616	-0.0015	-0.3001	-0.141	0.2118	-0.0285	0.0682	0.0177	0.0279	0.1005	-0.013	0.1365	-38.5611	-65.248	8.1235
7	2.0064	-0.0915	-0.6105	1.1828	0.2186	4.3997	0.0364	-0.3865	0.1699	0.1042	-0.0617	-0.131	-0.0714	0.4162	0.0253	0.0471	-0.0125	-0.0261	0.1057	-0.0305	0.1207	-74.0185	-16.5423	29.0782

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	1 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	3 - 411
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	501
6	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	502
7	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	503
8	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	3 - 426
9	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	501
10	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	502
11	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	503
12	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	504
13	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	505
14	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	4 - 413
15	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	501
16	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	502
17	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	503
18	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	H	1 - 129
19	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	H	201

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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