PDB-7q04: Crystal structure of TPADO in a substrate-free state

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7q04

タイトル

Crystal structure of TPADO in a substrate-free state

要素

(Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit ...) x 2
Lysozyme

キーワード

OXIDOREDUCTASE / terephthalic acid / TPA

機能・相同性

機能・相同性情報

terephthalate 1,2-dioxygenase / terephthalate 1,2-dioxygenase activity / phthalate metabolic process / Lactose synthesis / Antimicrobial peptides / Neutrophil degranulation / beta-N-acetylglucosaminidase activity / 2 iron, 2 sulfur cluster binding / cell wall macromolecule catabolic process / lysozyme ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Comamonas sp. (バクテリア)

Gallus gallus (ニワトリ)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.281 Å

データ登録者

Zahn, M. / Kincannon, W.M. / DuBois, J.L. / McGeehan, J.E.

資金援助

1件

引用

ジャーナル: Proc.Natl.Acad.Sci.USA / 年: 2022
タイトル: Biochemical and structural characterization of an aromatic ring-hydroxylating dioxygenase for terephthalic acid catabolism.
著者: Kincannon, W.M. / Zahn, M. / Clare, R. / Lusty Beech, J. / Romberg, A. / Larson, J. / Bothner, B. / Beckham, G.T. / McGeehan, J.E. / DuBois, J.L.

履歴

登録	2021年10月14日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月6日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年9月7日	Group: Database references / Derived calculations / カテゴリ: atom_type / citation / citation_author Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.2	2022年9月14日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.page_first / _citation.page_last / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月13日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7q04.cif.gz	1.1 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7q04.ent.gz	945.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7q04.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7q04_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7q04_full_validation.pdf.gz	1.7 MB	表示
XML形式データ	7q04_validation.xml.gz	62.5 KB	表示
CIF形式データ	7q04_validation.cif.gz	88.3 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q04 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/q0/7q04	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7q05C 7q06C 3ebyS 3n0qS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

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「今月の分子」の関連する項目

#21 - 2001年9月
抗体 (Antibodies)
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ナノボディ (Nanobodies)
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リゾチーム (Lysozyme)
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複合体I (Complex I)
類似性 (1)
#44 - 2003年8月
カルモジュリン (Calmodulin)
類似性 (1)
#111 - 2009年3月
ヒドロゲナーゼ (Hydrogenase)
類似性 (1)
#154 - 2012年10月
クエン酸回路 (Citric Acid Cycle)
類似性 (1)
#82 - 2006年10月
シトクロムp450 (Cytochrome p450)
類似性 (1)
#241 - 2020年1月
20年の分子を振り返って (Twenty Years of Molecules)
類似性 (1)

登録構造単位

A: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

B: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

C: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1

D: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

E: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

F: Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2

H: Lysozyme

ヘテロ分子

211 kDa, 7 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者・ソフトウェアが定義した集合体

単位格子

Length a, b, c (Å)	220.807, 220.807, 84.093
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number	169
Space group name H-M	P6₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	B
6	3	C
7	4	D
8	4	E
9	5	D
10	5	F
11	6	E
12	6	F

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 154	1 - 154
2	2	1	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 154	1 - 154
3	3	2	MET	MET	LEU	LEU	A	A	1 - 154	1 - 154
4	4	2	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 154	1 - 154
5	5	3	MET	MET	LEU	LEU	B	B	1 - 154	1 - 154
6	6	3	MET	MET	LEU	LEU	C	C	1 - 154	1 - 154
7	7	4	SER	SER	GLU	GLU	D	D	4 - 410	6 - 412
8	8	4	SER	SER	GLU	GLU	E	E	4 - 410	6 - 412
9	9	5	SER	SER	GLU	GLU	D	D	4 - 410	6 - 412
10	10	5	SER	SER	GLU	GLU	F	F	4 - 410	6 - 412
11	11	6	GLU	GLU	MET	MET	E	E	3 - 411	5 - 413
12	12	6	GLU	GLU	MET	MET	F	F	3 - 411	5 - 413

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

-
Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit ... , 2種, 6分子 ABCDEF

#1: タンパク質	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2-dioxygenase small subunit 1 分子量: 17249.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA3I / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1E2, terephthalate 1,2-dioxygenase
#2: タンパク質	Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2-dioxygenase large subunit 2 分子量: 48166.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA2II / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1D5, terephthalate 1,2-dioxygenase

#1: タンパク質

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit beta 1 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...

分子量: 17249.430 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA3I / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1E2, terephthalate 1,2-dioxygenase

#2: タンパク質

Terephthalate 1,2-dioxygenase, terminal oxygenase component subunit alpha 2 / TPADO terminal oxygenase component / TER dioxygenase system / TERDOS / Terephthalate 1 / 2- ...

分子量: 48166.754 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Comamonas sp. (バクテリア) / 遺伝子: tphA2II / 発現宿主:

Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q3C1D5, terephthalate 1,2-dioxygenase

-
タンパク質 , 1種, 1分子 H

#3: タンパク質	Lysozyme 分子量: 14331.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 由来: (天然) Gallus gallus (ニワトリ) / 参照: UniProt: P00698, lysozyme

-
非ポリマー , 3種, 412分子

#4: 化合物	ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER 分子量: 175.820 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe₂S₂ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-FE / FE (III) ION 分子量: 55.845 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 408 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.81 Å³/Da / 溶媒含有率: 56.23 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法詳細: 12.5% MPD, 12.5% PEG 3350, 12.5% PEG 1000, 0.3 M sodium nitrate, 0.3 M sodium phosphate dibasic, 0.3 M ammonium sulfate, 0.1 M buffer Imidazole/MES pH 6.5

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 XE 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年1月27日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.281→110.404 Å / Num. obs: 68994 / % possible obs: 94.3 % / 冗長度: 21.1 % / CC_1/2: 0.998 / R_merge(I) obs: 0.239 / R_pim(I) all: 0.053 / Net I/σ(I): 11
反射シェル	解像度: 2.281→2.441 Å / R_merge(I) obs: 2.767 / Mean I/σ(I) obs: 1.4 / Num. unique obs: 3449 / CC_1/2: 0.648 / R_pim(I) all: 0.605 / % possible all: 63.3

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
autoPROC		データ削減
STARANISO		データスケーリング
MOLREP		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3N0Q, 3EBY

3n0q

3eby

解像度: 2.281→191.224 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.946 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.927 / WR_factor R_free: 0.208 / WR_factor R_work: 0.168 / SU B: 15.312 / SU ML: 0.181 / Average fsc free: 0.9049 / Average fsc work: 0.9227 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.591 / ESU R Free: 0.279 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2249	3391	4.916 %
R_work	0.1788	65584	-
all	0.181	-	-
obs	-	68975	64.739 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 48.369 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	0.224 Å²	0.112 Å²	0 Å²
2-	-	0.224 Å²	-0 Å²
3-	-	-	-0.727 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.281→191.224 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	13651	0	13	408	14072

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.011	0.013	13970
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	12882
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.712	1.639	18880
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.312	1.58	29573
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.805	5	1730
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	36.552	21.985	801
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	17.376	15	2309
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_other_3_deg	0.014	15	6
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	17.384	15	106
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.073	0.2	1785
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.007	0.02	16122
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	3418
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.199	0.2	2566
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.185	0.2	12182
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.165	0.2	6650
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.081	0.2	7006
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.159	0.2	478
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.077	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.083	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.143	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.202	0.2	91
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.219	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.785	4.241	6953
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.784	4.241	6952
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.365	6.344	8669
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.366	6.345	8670
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	2.923	4.519	7017
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	2.921	4.519	7017
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	4.692	6.647	10204
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	4.69	6.647	10204
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	6.53	47.828	15119
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	6.532	47.815	15079
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.095	0.05	4725
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.103	0.05	4719
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.09	0.05	4786
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.092	0.05	11679
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.081	0.05	11736
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.092	0.05	11729

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09516	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09516	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10262	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.10262	0.05009
3	5	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08977	0.05009
3	6	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08977	0.05009
4	7	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0924	0.05009
4	8	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0924	0.05009
5	9	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08096	0.05009
5	10	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08096	0.05009
6	11	E	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09194	0.05009
6	12	F	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09194	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.281-2.341	0.267	14	0.261	302	0.261	7842	0.867	0.834	4.0296	0.253
2.341-2.405	0.335	74	0.286	1781	0.288	7646	0.799	0.823	24.2611	0.275
2.405-2.474	0.289	114	0.268	2401	0.269	7434	0.859	0.863	33.831	0.25
2.474-2.551	0.285	134	0.26	2839	0.261	7208	0.842	0.867	41.2458	0.239
2.551-2.634	0.284	166	0.244	3119	0.246	6993	0.857	0.875	46.9755	0.221
2.634-2.727	0.306	217	0.241	3547	0.245	6781	0.855	0.883	55.508	0.211
2.727-2.83	0.283	268	0.222	3937	0.225	6528	0.863	0.897	64.4148	0.192
2.83-2.945	0.281	226	0.221	4064	0.224	6305	0.883	0.904	68.0412	0.188
2.945-3.076	0.266	205	0.219	4232	0.221	6037	0.885	0.903	73.4968	0.189
3.076-3.226	0.278	245	0.205	4371	0.208	5788	0.892	0.919	79.7512	0.179
3.226-3.401	0.232	258	0.2	4433	0.202	5483	0.927	0.929	85.5554	0.178
3.401-3.607	0.246	227	0.194	4590	0.197	5211	0.914	0.937	92.4391	0.175
3.607-3.856	0.226	232	0.182	4622	0.184	4899	0.93	0.944	99.0814	0.165
3.856-4.164	0.207	223	0.16	4352	0.162	4575	0.946	0.959	100	0.15
4.164-4.562	0.175	171	0.134	4017	0.136	4189	0.964	0.97	99.9761	0.129
4.562-5.1	0.146	177	0.125	3653	0.126	3830	0.974	0.977	100	0.125
5.1-5.888	0.202	134	0.144	3253	0.146	3387	0.958	0.97	100	0.142
5.888-7.21	0.215	138	0.157	2723	0.16	2861	0.948	0.959	100	0.159
7.21-10.189	0.187	112	0.141	2135	0.143	2247	0.956	0.967	100	0.155
10.189-191.224	0.272	56	0.259	1213	0.259	1278	0.913	0.918	99.2958	0.333

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.2425	-0.0419	-0.1114	0.7422	-0.3239	0.2155	-0.023	-0.0033	0.0142	0.0432	-0.0278	-0.0904	-0.0055	0.0034	0.0507	0.0845	-0.0191	-0.0307	0.0353	-0.037	0.0882	81.0786	-41.5991	11.5547
2	0.6613	0.0173	0.0441	0.1982	-0.2936	0.4425	-0.0342	0.0798	-0.0223	0.0154	0.0102	-0.0175	-0.0283	0.002	0.024	0.0604	-0.0305	-0.014	0.0426	-0.0381	0.0881	79.8362	-64.0286	-5.4082
3	0.5083	0.2377	0.0803	0.1611	-0.1574	0.9237	-0.0175	0.0432	0.0176	0.0012	0.0298	0.0222	-0.103	0.0536	-0.0123	0.0638	-0.0278	-0.0123	0.0528	-0.0236	0.0838	59.2616	-44.767	-6.2058
4	0.1368	-0.0388	0.2452	0.6952	-0.085	0.4741	-0.0736	-0.0625	0.0147	0.163	0.0605	-0.0386	-0.0987	-0.0735	0.0131	0.126	0.0627	0.0134	0.0894	-0.0497	0.0676	61.6029	-44.7324	35.6695
5	0.1656	-0.1425	0.0765	0.2043	-0.0584	0.1481	-0.0018	-0.008	-0.0633	0.0225	0.0238	-0.0018	0.0037	-0.0099	-0.0221	0.0595	-0.0212	-0.0203	0.0239	-0.0161	0.0911	76.5608	-83.77	18.7345
6	0.2643	-0.0246	0.1824	0.2008	0.0388	0.1648	-0.0092	-0.0387	-0.0616	-0.0159	0.0103	0.1392	-0.0077	-0.0562	-0.001	0.0077	-0.0137	0.0062	0.0641	-0.0174	0.1456	38.9494	-66.181	4.2983
7	0.5666	0.1252	-0.3808	0.1578	-0.0026	2.289	0.0702	0.1409	0.1725	0.0505	-0.055	0.074	0.0063	-0.1641	-0.0153	0.0424	0.0007	-0.0127	0.0867	0.0123	0.1591	74.4872	-16.6509	-16.6664

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	ALL	A	1 - 154
2	X-RAY DIFFRACTION	2	ALL	B	1 - 154
3	X-RAY DIFFRACTION	3	ALL	C	1 - 154
4	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	4 - 410
5	X-RAY DIFFRACTION	4	ALL	D	501
6	X-RAY DIFFRACTION	5	ALL	E	3 - 420
7	X-RAY DIFFRACTION	6	ALL	F	3 - 411
8	X-RAY DIFFRACTION	7	ALL	H	1 - 129

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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