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- PDB-7pza: Structure of the Clr-cAMP-DNA complex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pza
タイトルStructure of the Clr-cAMP-DNA complex
要素
  • DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*GP)-3')
  • DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*C)-3')
  • Putative cAMP-binding protein-catabolite gene activator
キーワードSIGNALING PROTEIN / cyclic nucleotide / second messenger / transcription factor / CRP family
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of DNA-templated transcription / DNA binding
類似検索 - 分子機能
Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily ...Crp-type HTH domain profile. / Crp-like helix-turn-helix domain / Crp-type HTH domain / Cyclic nucleotide-binding domain signature 2. / Cyclic nucleotide-binding, conserved site / Cyclic nucleotide-monophosphate binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain / cAMP/cGMP binding motif profile. / Cyclic nucleotide-binding domain / Cyclic nucleotide-binding domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold / Winged helix DNA-binding domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / DNA / DNA (> 10) / Putative cAMP-binding protein-catabolite gene activator
類似検索 - 構成要素
生物種Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.72 Å
データ登録者Werel, L. / Essen, L.-O.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)SPP1879 ドイツ
引用ジャーナル: Mbio / 年: 2023
タイトル: Structural Basis of Dual Specificity of Sinorhizobium meliloti Clr, a cAMP and cGMP Receptor Protein.
著者: Werel, L. / Farmani, N. / Krol, E. / Serrania, J. / Essen, L.O. / Becker, A.
履歴
登録2021年10月11日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月24日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Putative cAMP-binding protein-catabolite gene activator
B: Putative cAMP-binding protein-catabolite gene activator
C: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*GP)-3')
D: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*C)-3')
E: DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*GP)-3')
F: DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*C)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)74,62810
ポリマ－73,9216
非ポリマー7074
水905
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)50.100, 69.930, 200.390
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 9 through 27 or resid 30...
d_2ens_1(chain "B" and (resid 9 through 26 or (resid 27...
d_1ens_2chain "a"
d_2ens_2chain "b"

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
d_11ens_1ALAALAGLUGLUAA9 - 279 - 27
d_12ens_1GLYGLYTYRTYRAA30 - 3430 - 34
d_13ens_1LYSLYSLEULEUAA36 - 6536 - 65
d_14ens_1THRTHRLEULEUAA67 - 16467 - 164
d_15ens_1ILEILESERSERAA167 - 170167 - 170
d_16ens_1METMETASNASNAA172 - 199172 - 199
d_17ens_1ALAALAILEILEAA201 - 211201 - 211
d_18ens_1ARGARGGLYGLYAA213 - 223213 - 223
d_19ens_1LEULEUPROPROAA225 - 231225 - 231
d_21ens_1ALAALAGLUGLUBB9 - 279 - 27
d_22ens_1GLYGLYTYRTYRBB30 - 3430 - 34
d_23ens_1LYSLYSLEULEUBB36 - 6536 - 65
d_24ens_1THRTHRLEULEUBB67 - 16467 - 164
d_25ens_1ILEILESERSERBB167 - 170167 - 170
d_26ens_1METMETASNASNBB172 - 199172 - 199
d_27ens_1ALAALAILEILEBB201 - 211201 - 211
d_28ens_1ARGARGGLYGLYBB213 - 223213 - 223
d_29ens_1LEULEUPROPROBB225 - 231225 - 231
d_11ens_2CMPCMPCMPCMPAG301
d_21ens_2CMPCMPCMPCMPBI301

NCSアンサンブル:
ID
ens_1
ens_2

NCS oper:
IDCodeMatrixベクター
1given(-0.968594893109, -0.231728822067, 0.090142587413), (-0.246173236389, 0.842746877541, -0.478723759678), (0.0349667088501, -0.485880081314, -0.873325755863)22.8969953837, 16.29838839, 50.8609445625
2given(-0.95294621959, -0.290094267133, 0.087970556133), (-0.288767730046, 0.780408751167, -0.554594788279), (0.09223177681, -0.5539020647, -0.827457432179)23.5475287188, 19.282785913, 50.5150346974

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Putative cAMP-binding protein-catabolite gene activator


分子量: 27165.033 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sinorhizobium meliloti 1021 (根粒菌)
遺伝子: SMc02175 / プラスミド: pET28a / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / Variant (発現宿主): Gold / 参照: UniProt: Q92SD2

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DNA鎖 , 2種, 4分子 CEDF

#2: DNA鎖 DNA (5'-D(*CP*TP*AP*GP*GP*TP*AP*AP*CP*AP*TP*TP*AP*CP*TP*CP*GP)-3')


分子量: 5475.566 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sinorhizobium meliloti (根粒菌)
#3: DNA鎖 DNA (5'-D(*GP*CP*GP*AP*GP*TP*AP*AP*TP*GP*TP*TP*AP*C)-3')


分子量: 4319.827 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Sinorhizobium meliloti (根粒菌)

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非ポリマー , 3種, 9分子

#4: 化合物 ChemComp-CMP / ADENOSINE-3',5'-CYCLIC-MONOPHOSPHATE / CYCLIC AMP / CAMP / cAMP


分子量: 329.206 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H12N5O6P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.2 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 0.09 M sodium fluoride, 0.09 M sodium bromide, 0.09 M sodium iodide, 0.1 M Tris base/BICINE pH 8.5, 12.5% (v/v) MPD, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG3350, 0.25 mM Clr, 25 mM cAMP, 25 mM ...詳細: 0.09 M sodium fluoride, 0.09 M sodium bromide, 0.09 M sodium iodide, 0.1 M Tris base/BICINE pH 8.5, 12.5% (v/v) MPD, 12.5% (w/v) PEG 1000, 12.5% (w/v) PEG3350, 0.25 mM Clr, 25 mM cAMP, 25 mM magnesium chloride, 0.3125 mM dsDNA

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.976 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年6月9日
放射モノクロメーター: mirrors / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.976 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.722→66.03 Å / Num. obs: 14734 / % possible obs: 74.89 % / 冗長度: 9.3 % / Biso Wilson estimate: 64.8 Å2 / CC1/2: 0.994 / CC star: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.1453 / Rpim(I) all: 0.0496 / Rrim(I) all: 0.154 / Net I/σ(I): 11.35
反射 シェル解像度: 2.722→2.819 Å / 冗長度: 7.2 % / Rmerge(I) obs: 1.223 / Mean I/σ(I) obs: 1.96 / Num. unique obs: 129 / CC1/2: 0.788 / CC star: 0.939 / Rpim(I) all: 0.4727 / Rrim(I) all: 1.315 / % possible all: 6.72

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.1_4122精密化
XDSデータ削減
SCALAデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4CYD

4cyd


解像度: 2.72→66.03 Å / SU ML: 0.4294 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.36 / 位相誤差: 35.3425
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3039 747 5.07 %
Rwork0.2706 13983 -
obs0.2723 14730 74.9 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 61.05 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.72→66.03 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3458 1079 46 5 4588
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.02064770
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d2.34756681
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.1135768
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0434668
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d27.81231031
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)
ens_1d_2AX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints0.0736438996568
ens_2d_2BX-RAY DIFFRACTIONNCS constraints0
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.72-2.930.7208220.4329486X-RAY DIFFRACTION13.21
2.93-3.230.36871280.35742153X-RAY DIFFRACTION59.14
3.23-3.690.36932060.31893683X-RAY DIFFRACTION99.85
3.69-4.650.2932080.25573727X-RAY DIFFRACTION99.92
4.65-66.030.26111830.2413934X-RAY DIFFRACTION99.88

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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