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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pyb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodium falciparum CTP:phosphocholine cytidylyltransferase with 2-Hydroxypyridine | ||||||
![]() | Cholinephosphate cytidylyltransferase | ||||||
![]() | TRANSFERASE / Plasmodium Falciparum CCT Inhibitors Fragments | ||||||
機能・相同性 | ![]() Synthesis of PC / choline-phosphate cytidylyltransferase / choline-phosphate cytidylyltransferase activity / phosphatidylcholine binding / nuclear envelope / identical protein binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Duclovel, C. / Gelin, M. / Krimm, I. / Cerdan, R. / Guichou, J.-F. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Crystallographic screening using ultra-low-molecular-weight ligands to guide drug design of PfCCT inhibitors 著者: Duclovel, C. / Gelin, M. / Wein, S. / Wengelnik, K. / Krimm, I. / Guichou, J.F. / Cerdan, R. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 72.8 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 51.8 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 704.6 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 706.2 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 8.1 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 10 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pveC ![]() 7pvfC ![]() 7pvgC ![]() 7py9C ![]() 7pyaC ![]() 7pycC ![]() 7q2iC ![]() 7q2lC ![]() 7q2vC ![]() 7q9vC ![]() 7qa7C ![]() 7qd3C ![]() 7qvnC ![]() 7qvoC ![]() 4zctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 ( |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 20810.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) ![]() ![]() 遺伝子: ctP, MAL13P1.86 / 発現宿主: ![]() ![]() 参照: UniProt: Q8IEE9, choline-phosphate cytidylyltransferase |
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#2: 化合物 | ChemComp-GZ6 / |
#3: 化合物 | ChemComp-HRZ / |
#4: 水 | ChemComp-HOH / |
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.46 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.05 % |
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結晶化 | 温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: PEG 4000 19%, TRIS pH8 0.1M 6-7-8-9-10% Guanidine HCl 5-6-7% Glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
放射波長 | 波長: 0.96546 Å / 相対比: 1 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 | 解像度: 1.89→40.68 Å / Num. obs: 30264 / % possible obs: 94.5 % / 冗長度: 2.378 % / Biso Wilson estimate: 51.35 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.04627 / Rrim(I) all: 0.059 / Χ2: 0.912 / Net I/σ(I): 9.32 / Num. measured all: 71979 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
反射 シェル | Diffraction-ID: 1
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 4ZCT 解像度: 2.03→40.68 Å / SU ML: 0.37 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 34.02 / 立体化学のターゲット値: ML
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 117.02 Å2 / Biso mean: 62.4773 Å2 / Biso min: 36.99 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.03→40.68 Å
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LS精密化 シェル | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 9
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ |
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