PDB-7pya: Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodiu...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pya

タイトル

Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodium falciparum CTP:phosphocholine cytidylyltransferase with 3-Hydroxyazetidine hydrochloride

要素

Cholinephosphate cytidylyltransferase

キーワード

TRANSFERASE / Plasmodium Falciparum CCT Inhibitors Fragments

機能・相同性

機能・相同性情報

Synthesis of PC / choline-phosphate cytidylyltransferase / choline-phosphate cytidylyltransferase activity / phosphatidylcholine binding / nuclear envelope / identical protein binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.2 Å

データ登録者

Duclovel, C. / Gelin, M. / Krimm, I. / Cerdan, R. / Guichou, J.-F.

資金援助

フランス, 1件

引用

ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic screening using ultra-low-molecular-weight ligands to guide drug design of PfCCT inhibitors
著者: Duclovel, C. / Gelin, M. / Wein, S. / Wengelnik, K. / Krimm, I. / Guichou, J.F. / Cerdan, R.

履歴

登録	2021年10月9日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年10月12日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pya.cif.gz	71.6 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pya.ent.gz	51.3 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pya.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pya_validation.pdf.gz	692.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pya_full_validation.pdf.gz	692.8 KB	表示
XML形式データ	7pya_validation.xml.gz	7.3 KB	表示
CIF形式データ	7pya_validation.cif.gz	8.8 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/7pya ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/py/7pya	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7pveC 7pvfC 7pvgC 7py9C 7pybC 7pycC 7q2iC 7q2lC 7q2vC 7q9vC 7qa7C 7qd3C 7qvnC 7qvoC 4zctS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI

登録構造単位

A: Cholinephosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

20.9 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Cholinephosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

A: Cholinephosphate cytidylyltransferase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
根拠: gel filtration
41.8 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	50.189, 68.919, 118.233
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	23
Space group name H-M	I222

#1: タンパク質	Cholinephosphate cytidylyltransferase 分子量: 20810.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫) 遺伝子: ctP, MAL13P1.86 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) 参照: UniProt: Q8IEE9, choline-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物	ChemComp-XKS / azetidin-3-ol / アゼチジン-3-オ-ル分子量: 73.094 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₇NO / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.46 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.93 %
結晶化	温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 8 詳細: PEG 4000 19%, TRIS pH8 0.1M 6-7-8-9-10% Guanidine HCl 5-6-7% Glycerol

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

ESRF

/ ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.96546 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.04→40.57 Å / Num. obs: 24219 / % possible obs: 96.5 % / 冗長度: 2.428 % / B_iso Wilson estimate: 61.61 Å² / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.05038 / R_rim(I) all: 0.064 / Χ²: 0.861 / Net I/σ(I): 9.66 / Num. measured all: 58814

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Mean I/σ(I) obs	Num. measured obs	Num. possible	Num. unique obs	CC_1/2	R_rim(I) all	% possible all
2.04-2.17	2.394	1.195	0.42	9406	4085	3929	0.15	2.584	96.2
2.17-2.32	2.373	1.077	0.8	8421	3773	3548	0.376	1.365	94
2.32-2.5	2.511	0.557	1.63	8827	3561	3516	0.692	0.705	98.7
2.5-2.74	2.489	0.289	3.11	7986	3254	3209	0.898	0.365	98.6
2.74-3.06	2.416	0.12	6.83	6944	2954	2874	0.979	0.152	97.3
3.06-3.53	2.369	0.054	14.54	5806	2602	2451	0.996	0.068	94.2
3.53-4.32	2.476	0.029	28.69	5317	2211	2147	0.998	0.037	97.1
4.32-6.08	2.326	0.023	35.35	3845	1716	1653	0.998	0.029	96.3
6.08-40.57	2.536	0.02	42.95	2262	949	892	0.999	0.024	94

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	v1.19	精密化
HKL-2000		データスケーリング
PDB_EXTRACT	3.27	データ抽出
XDS		データ削減
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 4ZCT

4zct

解像度: 2.2→40.57 Å / SU ML: 0.36 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.89 / 位相誤差: 36.54 / 立体化学のターゲット値: ML

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2525	972	5 %
R_work	0.2258	18458	-
obs	0.2272	19430	96.47 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso max: 144.35 Å² / B_iso mean: 71.3767 Å² / B_iso min: 49.26 Å²

精密化ステップ

サイクル: final / 解像度: 2.2→40.57 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	1067	0	5	18	1090
B_iso mean	-	-	70.56	64.99	-
残基数	-	-	-	-	131

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / R_factor R_free error: 0 / Total num. of bins used: 7

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Num. reflection all	% reflection obs (%)
2.2-2.32	0.4651	136	0.3888	2542	2678	93
2.32-2.46	0.3443	143	0.3442	2685	2828	99
2.46-2.65	0.3532	142	0.3423	2705	2847	99
2.65-2.92	0.3289	140	0.2973	2706	2846	98
2.92-3.34	0.3329	139	0.2749	2539	2678	94
3.34-4.21	0.2299	135	0.2094	2655	2790	97
4.21-40.57	0.1903	137	0.1699	2626	2763	96

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.0781	-0.0682	0.7998	6.8756	1.0652	4.9816	0.0685	0.1359	-0.0246	-0.004	-0.1545	-0.0879	0.2441	-0.1103	-0.2261	0.4745	0.0393	-0.0679	0.5008	0.0364	0.5613	-19.6336	-11.2027	-25.6718
2	2.9862	-0.0194	-0.2966	4.768	1.3227	5.0109	-0.1576	-0.2481	0.0481	0.2717	0.1373	-0.7776	-0.1434	0.8015	-0.119	0.5014	0.0149	-0.015	0.5544	0.0249	0.6742	-15.4745	-4.5774	-24.8915
3	5.7002	-3.5646	1.2666	4.5558	2.9226	5.718	0.3543	1.1309	0.6562	-0.6224	-0.0142	-0.3207	-0.8573	-0.2141	-0.4005	0.6144	-0.046	0.0244	0.5646	0.0697	0.5803	-18.4712	-10.5456	-32.7029
4	5.0159	-2.5706	1.9299	6.9091	0.9003	6.2756	-0.3601	-1.6238	-0.4685	1.8667	0.9899	1.0348	1.2004	-0.8174	-0.4342	1.0211	0.0111	0.0698	0.6422	0.1845	0.8546	-25.8955	-20.6543	-11.9236
5	5.5357	1.7879	-1.8292	5.3462	1.6526	4.5418	-0.6715	-0.765	0.1274	1.061	0.1681	-0.0875	-0.6252	-0.6496	0.0265	0.5826	0.0306	-0.0038	0.5915	-0.0111	0.5231	-29.3186	-9.7803	-16.0152
6	2.8447	-1.3879	-0.4418	3.7978	0.1524	3.0966	-0.0575	0.1016	-0.4165	-0.3762	-0.0984	-0.1512	0.7724	-0.0031	0.1021	0.6003	0.0339	-0.0125	0.522	-0.0248	0.6172	-22.3331	-18.0075	-28.3174
7	6.3913	0.9468	0.5977	2.193	-1.0989	1.3002	0.0239	-0.1348	-0.443	1.1518	-0.1691	-0.5523	0.2097	0.2489	0.1048	0.7985	0.0934	0.0529	0.624	0.0549	0.6713	-9.4959	-20.4001	-26.1049
8	8.0411	-5.0681	-7.421	4.3103	4.6541	6.9328	0.2924	-2.8636	1.6924	1.3938	0.7488	-1.5242	0.8786	0.6678	-0.7263	1.094	-0.1111	-0.3635	1.3859	-0.1498	1.2098	-11.8338	-4.4846	-15.7
9	7.535	0.3965	0.9731	1.7413	-2.8237	7.1937	-0.2507	-1.0974	0.4912	0.3599	-0.0413	-0.3331	-1.2029	1.2637	0.371	0.8167	-0.1489	-0.0448	0.9881	0.0616	0.7775	-19.458	5.1948	-1.3042

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 615 through 630 )	A	615 - 630
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 631 through 643 )	A	631 - 643
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 644 through 653 )	A	644 - 653
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 654 through 662 )	A	654 - 662
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 663 through 679 )	A	663 - 679
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 680 through 705 )	A	680 - 705
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 706 through 752 )	A	706 - 752
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'A' and (resid 753 through 760 )	A	753 - 760
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'A' and (resid 761 through 773 )	A	761 - 773

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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