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- PDB-7pxo: Structure of the Diels Alderase enzyme AbyU, from Micromonospora ... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pxo
タイトルStructure of the Diels Alderase enzyme AbyU, from Micromonospora maris, co-crystallised with a non transformable substrate analogue
要素YD repeat-containing protein
キーワードLIGASE / Diels Alderase / Complex / Abyssomicin / substrate
機能・相同性Allene oxide cyclase barrel-like domain / Allene oxide cyclase barrel like domain / antibiotic biosynthetic process / isomerase activity / Chem-8IF / YD repeat-containing protein
機能・相同性情報
生物種Micromonospora maris AB-18-032 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.95 Å
データ登録者Back, C.R. / Race, P.R.
資金援助 英国, 4件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/T001968/1 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M012107/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilBB/L01386X/1 英国
Engineering and Physical Sciences Research CouncilEP/L016494/1 英国
引用
ジャーナル: Chem Sci / 年: 2024
タイトル: Delineation of the complete reaction cycle of a natural Diels-Alderase.
著者: Maschio, L. / Back, C.R. / Alnawah, J. / Bowen, J.I. / Johns, S.T. / Mbatha, S.Z. / Han, L.C. / Lees, N.R. / Zorn, K. / Stach, J.E.M. / Hayes, M.A. / van der Kamp, M.W. / Pudney, C.R. / ...著者: Maschio, L. / Back, C.R. / Alnawah, J. / Bowen, J.I. / Johns, S.T. / Mbatha, S.Z. / Han, L.C. / Lees, N.R. / Zorn, K. / Stach, J.E.M. / Hayes, M.A. / van der Kamp, M.W. / Pudney, C.R. / Burston, S.G. / Willis, C.L. / Race, P.R.
#1: ジャーナル: Biorxiv / 年: 2024
タイトル: Delineation of the Complete Reaction Cycle of a Natural Diels-Alderase
著者: Maschio, L. / Back, C.R. / Alnawah, J. / Bowen, J.I. / Johns, S.T. / Mbatha, S.Z. / Han, L.C. / Lees, N.R. / Zorn, K. / Stach, J.E.M. / Hayes, M.A. / van der Kamp, M.W. / Pudney, C.R. / ...著者: Maschio, L. / Back, C.R. / Alnawah, J. / Bowen, J.I. / Johns, S.T. / Mbatha, S.Z. / Han, L.C. / Lees, N.R. / Zorn, K. / Stach, J.E.M. / Hayes, M.A. / van der Kamp, M.W. / Pudney, C.R. / Burston, S.G. / Willis, C.L. / Race, P.R.
履歴
登録2021年10月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月16日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 2.02024年4月24日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Other / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / database_PDB_caveat ...atom_site / database_PDB_caveat / entity_poly / entity_src_gen / pdbx_contact_author / pdbx_database_status / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list / pdbx_struct_sheet_hbond / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_unobs_or_zero_occ_residues / pdbx_validate_chiral / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_planes / pdbx_validate_torsion / refine / refine_hist / refine_ls_restr / refine_ls_shell / software / struct_asym / struct_conf / struct_conn / struct_ref_seq / struct_ref_seq_dif / struct_sheet_range
Item: _entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.gene_src_strain ..._entity_poly.pdbx_strand_id / _entity_src_gen.gene_src_strain / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_nonpoly_scheme.asym_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.auth_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.entity_id / _pdbx_nonpoly_scheme.mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.ndb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.auth_seq_num / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_mon_id / _pdbx_poly_seq_scheme.pdb_strand_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_1_label_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_asym_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_auth_seq_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_comp_id / _pdbx_struct_sheet_hbond.range_2_label_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.auth_seq_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_asym_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_comp_id / _pdbx_unobs_or_zero_occ_residues.label_seq_id / _refine.B_iso_mean / _refine.aniso_B[1][1] / _refine.aniso_B[1][3] / _refine.aniso_B[2][2] / _refine.aniso_B[3][3] / _refine.correlation_coeff_Fo_to_Fc_free / _refine.details / _refine.ls_R_factor_R_free / _refine.ls_R_factor_R_work / _refine.ls_R_factor_all / _refine.ls_R_factor_obs / _refine.ls_d_res_low / _refine.ls_number_reflns_R_free / _refine.ls_number_reflns_R_work / _refine.ls_number_reflns_obs / _refine.ls_percent_reflns_R_free / _refine.ls_percent_reflns_obs / _refine.ls_wR_factor_R_free / _refine.ls_wR_factor_R_work / _refine.overall_SU_B / _refine.overall_SU_ML / _refine.pdbx_R_Free_selection_details / _refine.pdbx_average_fsc_free / _refine.pdbx_average_fsc_work / _refine.pdbx_ls_cross_valid_method / _refine.pdbx_overall_ESU_R / _refine.pdbx_overall_ESU_R_Free / _refine.pdbx_stereochemistry_target_values / _refine.solvent_model_details / _refine_hist.cycle_id / _refine_hist.d_res_low / _refine_hist.pdbx_number_atoms_ligand / _refine_hist.pdbx_number_atoms_protein / _software.version / _struct_asym.entity_id / _struct_conf.beg_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_asym_id / _struct_conf.end_auth_comp_id / _struct_conf.end_auth_seq_id / _struct_conf.end_label_comp_id / _struct_conf.end_label_seq_id / _struct_conf.pdbx_PDB_helix_length / _struct_conn.pdbx_dist_value / _struct_conn.ptnr1_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_asym_id / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id / _struct_conn.ptnr2_auth_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_asym_id / _struct_conn.ptnr2_label_atom_id / _struct_ref_seq.pdbx_strand_id / _struct_ref_seq_dif.pdbx_pdb_strand_id / _struct_sheet_range.beg_auth_asym_id / _struct_sheet_range.end_auth_asym_id
解説: Ligand geometry
詳細: Very slight change to the orientation of the ligand in the active site.
Provider: author / タイプ: Coordinate replacement
改定 3.02024年12月25日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Non-polymer description / Structure summary
カテゴリ: atom_site / chem_comp ...atom_site / chem_comp / chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author / database_PDB_caveat / entity / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entry_details / pdbx_validate_chiral / struct_conn
Item: _atom_site.label_alt_id / _chem_comp.formula ..._atom_site.label_alt_id / _chem_comp.formula / _chem_comp.formula_weight / _chem_comp.name / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _pdbx_entity_nonpoly.name / _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
D: YD repeat-containing protein
A: YD repeat-containing protein
B: YD repeat-containing protein
C: YD repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,81610
ポリマ－71,0564
非ポリマー1,7606
水75742
1
D: YD repeat-containing protein
ヘテロ分子

B: YD repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,4635
ポリマ－35,5282
非ポリマー9353
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_656-x+1,y+1/2,-z+11
Buried area2300 Å2
ΔGint-7 kcal/mol
Surface area11600 Å2
手法PISA
2
A: YD repeat-containing protein
C: YD repeat-containing protein
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3535
ポリマ－35,5282
非ポリマー8253
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2790 Å2
ΔGint1 kcal/mol
Surface area11870 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)73.570, 61.560, 87.780
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 112.96, 90.00
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

#1: タンパク質
YD repeat-containing protein


分子量: 17763.900 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Micromonospora maris AB-18-032 (バクテリア)
遺伝子: VAB18032_16470 / プラスミド: pOPINF / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: F4F7G1
#2: 化合物 ChemComp-8IF / (Z,2R,4S)-1-(4-methoxy-5-methylidene-2-oxidanylidene-furan-3-yl)-2,4-dimethyl-dodec-6-ene-1,5-dione


分子量: 348.433 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C20H28O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-EPE / 4-(2-HYDROXYETHYL)-1-PIPERAZINE ETHANESULFONIC ACID / HEPES / HEPES


分子量: 238.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18N2O4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 42 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationN

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.25 %
結晶化温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.02 M MgCl2, 0.1 M HEPES, 22% Polyacrylic acid sodium salt (MW 5100), pH 7.5

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データ収集

回折平均測定温度: 193 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.9999 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月23日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9999 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.95→61.56 Å / Num. obs: 52793 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 6.3 % / CC1/2: 0.989 / Rpim(I) all: 0.076 / Rrim(I) all: 0.189 / Net I/σ(I): 7.2
反射 シェル解像度: 1.95→2 Å / Num. unique obs: 3710 / CC1/2: 0.293 / Rpim(I) all: 0.938

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0425精密化
xia2データ削減
Aimlessデータスケーリング
MOLREP位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 5DYV

5dyv


解像度: 1.95→49.02 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.96 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.954 / SU B: 6.236 / SU ML: 0.157 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.157 / ESU R Free: 0.143 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN USED IF PRESENT IN THE INPUT
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.24544 2553 4.8 %RANDOM
Rwork0.2177 ---
obs0.2191 50225 99.72 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 52.18 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1--2.3 Å20 Å20.94 Å2
2---2.76 Å20 Å2
3---3.14 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 1.95→49.02 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4287 0 0 42 4329
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0070.0124380
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0164131
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.6821.8225950
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg0.581.759471
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.8625535
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg19.9387.21361
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg14.09210673
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0780.2659
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0070.025250
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021030
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it3.8884.862146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other3.8864.862146
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it5.188.7082676
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other5.1798.7092677
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it5.1045.4692234
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other5.045.4612232
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other7.5239.8153274
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined9.4648.414629
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other9.46248.434628
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 1.95→2.001 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.417 187 -
Rwork0.399 3680 -
obs--99.9 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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