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- PDB-7px1: Conotoxin from Conus mucronatus -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7px1
タイトルConotoxin from Conus mucronatus
要素Conus mucronatus
キーワードTOXIN / Conotoxin / Conus mucronatus
機能・相同性: / IODIDE ION
機能・相同性情報
生物種Conus mucronatus (無脊椎動物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Mueller, E. / Hackney, C.M. / Ellgaard, L. / Morth, J.P.
資金援助 デンマーク, 1件
組織認可番号国
Novo Nordisk Foundation デンマーク
引用ジャーナル: Plos Biol. / 年: 2023
タイトル: A previously unrecognized superfamily of macro-conotoxins includes an inhibitor of the sensory neuron calcium channel Cav2.3.
著者: Hackney, C.M. / Florez Salcedo, P. / Mueller, E. / Koch, T.L. / Kjelgaard, L.D. / Watkins, M. / Zachariassen, L. / Tuelund, P.S. / McArthur, J.R. / Adams, D.J. / Kristensen, A.S. / Olivera, B. ...著者: Hackney, C.M. / Florez Salcedo, P. / Mueller, E. / Koch, T.L. / Kjelgaard, L.D. / Watkins, M. / Zachariassen, L. / Tuelund, P.S. / McArthur, J.R. / Adams, D.J. / Kristensen, A.S. / Olivera, B. / Finol-Urdaneta, R.K. / Safavi-Hemami, H. / Morth, J.P. / Ellgaard, L.
履歴
登録2021年10月7日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年11月2日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年8月16日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Conus mucronatus
B: Conus mucronatus
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,98415
ポリマ－20,4072
非ポリマー1,57713
水48627
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: SAXS
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3670 Å2
ΔGint-49 kcal/mol
Surface area8600 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)49.300, 109.360, 34.360
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number18
Space group name H-MP21212
Space group name HallP22ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x+1/2,y+1/2,-z
#4: -x,-y,z

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要素

#1: タンパク質 Conus mucronatus


分子量: 10203.572 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Conus mucronatus (無脊椎動物) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#2: 化合物
ChemComp-IOD / IODIDE ION / ヨ-ジド


分子量: 126.904 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: I
#3: 化合物
ChemComp-CD / CADMIUM ION


分子量: 112.411 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cd
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 27 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.27 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.8 %
結晶化温度: 294 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4.6
詳細: 0.1M NaOAc, 0.1M CdCl hemi(pentahydrate), pH 4.6, 30% w/v PEG400

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: MAX IV / ビームライン: BioMAX / 波長: 1.7712 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月6日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 1.7712 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.33→36.62 Å / Num. obs: 8423 / % possible obs: 99.67 % / 冗長度: 12.3 % / Biso Wilson estimate: 47.6 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.2101 / Rpim(I) all: 0.06378 / Rrim(I) all: 0.2199 / Net I/σ(I): 7.62
反射 シェル解像度: 2.33→2.413 Å / 冗長度: 12.8 % / Num. unique obs: 811 / CC1/2: 0.607 / CC star: 0.869 / Rpim(I) all: 0.3774 / % possible all: 99.88

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Coot1.19.2_4158モデル構築
PHENIX1.19.2_4158精密化
xia2データ削減
xia2データスケーリング
AutoSol位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.33→44.94 Å / SU ML: 0.4136 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 0.03 / 位相誤差: 37.6142
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.3084 812 5.31 %
Rwork0.2605 14472 -
obs0.2629 15284 99.65 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 53.65 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.33→44.94 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1346 0 13 27 1386
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00261374
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.49771860
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0305214
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0024232
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d4.9486186
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.33-2.480.44041430.35852415X-RAY DIFFRACTION99.77
2.48-2.670.37871300.31682417X-RAY DIFFRACTION99.73
2.67-2.940.34281510.36062378X-RAY DIFFRACTION99.49
2.94-3.360.37121320.27942429X-RAY DIFFRACTION99.69
3.36-4.230.29131280.23752416X-RAY DIFFRACTION99.76
4.23-44.940.23991280.21812417X-RAY DIFFRACTION99.49
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.510034580270.5917197805261.527032797264.835793924824.843614236735.2087575029-0.09838099989080.286167818029-0.990887339996-1.594689094021.003573428-0.65651603585-0.2992110883871.06408476702-0.9031495712850.7010182342740.09314567092640.08942384549440.801400555846-0.06716742381970.728528112054.158443448437.5696770889-9.96991395524
24.114041357750.171331811121-1.166085541672.880093707180.3842565280271.99434255306-0.0204707817616-0.118003027379-0.1631810171080.35596333591-0.1395174788330.4525435945570.0496537803018-0.006480631492050.1273919539570.545127064722-0.0566930229010.0358751118970.50629013872-0.02592637203790.6410154601713.6576318796432.75238937723.71241569489
33.76563981770.5277525621691.664109068844.44897293975-0.9863471984342.40220243576-0.363003811773-0.1728670074230.2621346957230.1040558821320.04476841762190.6915369623870.1047421953180.04978951879760.07758587756620.4648061339930.006790368206940.0245585713360.461079221082-0.02524343156360.5606238721946.2527488523244.52302845881.75553685597
47.70438619272-1.980423437380.3515512609699.597267424263.070479088286.897603860480.15571629083-0.507052904664-0.3582174753410.408866807754-0.6261464973011.60450317461-1.13491386374-0.09340018680530.5389770418620.711940303546-0.01698887516420.02935533647690.611867551287-0.02787526241830.65390163011-3.6040784411647.50829162062.00457692894
51.008989973090.03496507880420.01395746033431.367305731173.314774990498.063911287410.08063032942-0.168579663960.1266488023760.964215186285-0.06415351568170.167403403891-0.297983674224-1.04871614559-0.2357326190980.8029370590710.070409023359-0.04976024135860.6777805819330.03782371820770.6507485920658.3697868321551.7339062184-4.22512214636
63.97348892076-1.23841649923-1.11003324944.291420438261.124976469053.877392562850.07202738169160.2028332074320.08286240260311.455098602890.6922835145740.4560703789351.30047530675-1.40815208282-0.7565530986320.757633437077-0.1365804046630.0002142287274250.5874352685290.1597453442980.44278192534821.113810609235.774048408411.3759616266
73.20438553579-0.558370766170.5351611131412.77411403088-0.7167377118092.457713122830.118312141260.0776151635037-0.218586749124-0.343467382129-0.09486174969580.0168850889508-0.026351354690.202064326133-0.1078446522910.549797663545-0.001532357635930.03175419203850.525026771423-0.02280273553210.54018900944521.404755370433.5713163949-2.27430861004
81.324900938711.16294790488-0.7341621103551.38286130249-0.6535039489821.52551008692-0.124558254160.3121970896870.023212849288-0.3659564851260.0793546568821-0.1367120937170.253798303283-0.007465019495460.04291083824220.5443743361110.03260379686880.08750718129010.4989001353110.00171959701510.56345039767919.261670543645.42479735230.564133951531
94.741669125230.76967845430.1031801297466.017976298680.08317098599678.081584566820.2033744693190.5820367118510.0588004512673-0.101317801727-0.0711751649124-1.21229806084-1.796318300210.398957587214-0.2481020070280.669937435370.007817759589270.0285468078090.533779412564-0.031881939710.57678958315628.667589914447.63769620541.55889606982
103.63487944403-1.765668645350.6178513031855.16590447658-2.720216862754.100996475140.465617456461-0.1078657520150.4018705522610.138013667844-0.7578642152111.620367050490.0984817291593-0.2828053222480.5504273219150.750147023796-0.0102101336321-0.01840071715910.520030672036-0.1316047453510.82725432124616.725718086851.03775575788.36659430536
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 6 through 11 )AA6 - 111 - 6
22chain 'A' and (resid 12 through 47 )AA12 - 477 - 42
33chain 'A' and (resid 48 through 65 )AA48 - 6543 - 60
44chain 'A' and (resid 66 through 78 )AA66 - 7861 - 73
55chain 'A' and (resid 79 through 89 )AA79 - 8974 - 84
66chain 'B' and (resid 6 through 11 )BB6 - 111 - 6
77chain 'B' and (resid 12 through 48 )BB12 - 487 - 43
88chain 'B' and (resid 49 through 65 )BB49 - 6544 - 60
99chain 'B' and (resid 66 through 78 )BB66 - 7861 - 73
1010chain 'B' and (resid 79 through 89 )BB79 - 8974 - 84

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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