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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pwp | |||||||||
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タイトル | PARP15 catalytic domain in complex with OUL221 | |||||||||
![]() | Protein mono-ADP-ribosyltransferase PARP15 | |||||||||
![]() | TRANSFERASE / ADP-ribosyltransferase / Inhibitor / Complex | |||||||||
機能・相同性 | ![]() protein poly-ADP-ribosylation / NAD+-protein ADP-ribosyltransferase activity / 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの / NAD+ ADP-ribosyltransferase activity / NAD+ binding / nucleotidyltransferase activity / transcription corepressor activity / negative regulation of gene expression / negative regulation of transcription by RNA polymerase II / nucleus / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | ![]() | |||||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | |||||||||
![]() | Maksimainen, M.M. / Murthy, S. / Nizi, M.G. / Lehtio, L. | |||||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Potent 2,3-dihydrophthalazine-1,4-dione derivatives as dual inhibitors for mono-ADP-ribosyltransferases PARP10 and PARP15. 著者: Nizi, M.G. / Maksimainen, M.M. / Murthy, S. / Massari, S. / Alaviuhkola, J. / Lippok, B.E. / Sowa, S.T. / Galera-Prat, A. / Prunskaite-Hyyrylainen, R. / Luscher, B. / Korn, P. / Lehtio, L. / Tabarrini, O. | |||||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 95.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 71.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 798.2 KB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 799.8 KB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 16.2 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 22.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 7pw3C ![]() 7pwaC ![]() 7pwcC ![]() 7pwkC ![]() 7pwlC ![]() 7pwmC ![]() 7pwqC ![]() 7pwrC ![]() 7pwsC ![]() 7pwuC ![]() 7pwwC ![]() 7px6C ![]() 7px7C ![]() 7othS C: 同じ文献を引用 ( S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
実験データセット #1 | データ参照: ![]() データの種類: diffraction image data |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 |
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単位格子 |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 25439.459 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: Q460N3, 転移酵素; グリコシル基を移すもの; 五炭糖残基を移すもの #2: 化合物 | ChemComp-8BE / | #3: 化合物 | ChemComp-DMS / | #4: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.48 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.49 % |
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結晶化 | 温度: 298 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 0.2 M ammonium chloride pH 7.5, 20% PEG 3350 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月28日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.9762 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→50 Å / Num. obs: 30010 / % possible obs: 98.5 % / 冗長度: 6.7 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 15.5 |
反射 シェル | 解像度: 2.1→2.15 Å / Num. unique obs: 2053 / CC1/2: 0.864 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 7OTH 解像度: 2.1→42.41 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.954 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.931 / SU B: 6.276 / SU ML: 0.156 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.201 / ESU R Free: 0.178 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 104.82 Å2 / Biso mean: 33.757 Å2 / Biso min: 20.29 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.1→42.41 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.1→2.155 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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