PDB-7pvn: Crystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pvn

タイトル

Crystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP

要素

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

キーワード

HYDROLASE / ATP / E1 Activating Enzyme / FAT10 / Ubiquitin

機能・相同性

機能・相同性情報

FAT10 activating enzyme activity / amygdala development / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / thiosulfate sulfurtransferase activity / dendritic spine development / nucleotidyltransferase activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / learning / locomotory behavior ...
類似検索 - 分子機能

生物種

Homo sapiens (ヒト)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.71 Å

データ登録者

Truongvan, N. / Li, S. / Schindelin, H.

資金援助

ドイツ, 1件

引用

ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of UBA6 explain its dual specificity for ubiquitin and FAT10.
著者: Truongvan, N. / Li, S. / Misra, M. / Kuhn, M. / Schindelin, H.

履歴

登録	2021年10月5日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年8月31日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

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ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pvn.cif.gz	1.4 MB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pvn.ent.gz	988.6 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pvn.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

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検証レポート

文書・要旨	7pvn_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pvn_full_validation.pdf.gz	1.2 MB	表示
XML形式データ	7pvn_validation.xml.gz	68.2 KB	表示
CIF形式データ	7pvn_validation.cif.gz	93.1 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/7pvn ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pv/7pvn	HTTPS FTP

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関連構造データ

関連構造データ	7pyvC 7zh9C 3cmmS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

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リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#60 - 2004年12月ユビキチン (Ubiquitin) 類似性 (5) #203 - 2016年11月アミノペプチダーゼ1とオートファジー (Aminopeptidase 1 and Autophagy) 類似性 (3) #234 - 2019年6月 MDM2とがん (MDM2 and Cancer) 類似性 (1)

登録構造単位

A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

ヘテロ分子

240 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration
120 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6

ヘテロ分子

登録者が定義した集合体
120 kDa, 1 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	123.949, 113.748, 183.537
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 96.493, 90.000
Int Tables number	5
Space group name H-M	C121
Space group name Hall	C2y
Symmetry operation	#1: x,y,z #2: -x,y,-z #3: x+1/2,y+1/2,z #4: -x+1/2,y+1/2,-z

Components on special symmetry positions

ID	モデル	要素
1	1	A-1321- HOH

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID
1	1
2	1

NCSドメイン領域:

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Selection details	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	1	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	37 - 236
1	2	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	239 - 345
1	3	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	347 - 680
1	4	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	682 - 728
1	5	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	734 - 801
1	6	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	818 - 1031
1	7	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	1035 - 1048
1	8	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	1101
1	9	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	1201
1	10	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	1301
1	11	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	1401
1	12	1	(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...	A	1901
2	13	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	37 - 236
2	14	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	239 - 345
2	15	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	347 - 680
2	16	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	682 - 728
2	17	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	734 - 801
2	18	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	817
2	19	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	819 - 1031
2	20	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	1035 - 1048
2	21	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	1101
2	22	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	1201
2	23	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	1401
2	24	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	1501
2	25	1	(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...	B	1601

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質	Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 / Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like ...Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like protein 2 / E1-L2 分子量: 118912.492 Da / 分子数: 2 / 変異: C625A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA6, MOP4, UBE1L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AVT1, E1 ubiquitin-activating enzyme

#1: タンパク質

Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 / Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like ...

分子量: 118912.492 Da / 分子数: 2 / 変異: C625A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現)

Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA6, MOP4, UBE1L2 / 発現宿主:

Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AVT1, E1 ubiquitin-activating enzyme

-
非ポリマー , 6種, 212分子

#2: 化合物	ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP 分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₁₀H₁₆N₅O₁₃P₃ / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物	ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₃H₈O₃
#4: 化合物	ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物	ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物	ChemComp-CL / CHLORIDE ION / クロリド分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶	マシュー密度: 2.75 Å³/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: Plate
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5 詳細: 0.1 M Na-cacodylate, 0.16 M Ca-acetate, 15% PEG 8000 and 16% Glycerol

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 49253 / % possible obs: 72.5 % / 冗長度: 6.66 % / B_iso Wilson estimate: 53.21 Å² / CC_1/2: 0.9847 / R_merge(I) obs: 0.294 / R_pim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 6
反射シェル	解像度: 2.71→3 Å / 冗長度: 5.56 % / R_merge(I) obs: 2.57 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 986 / CC_1/2: 0.1695 / R_pim(I) all: 1.158 / % possible all: 21.8

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
PHENIX	1.14_3260	精密化
XDS		データ削減
XDS		データスケーリング
PHASER		位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm

解像度: 2.71→19.98 Å / SU ML: 0.3737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.0226 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2617	2486	5.07 %
R_work	0.2326	46512	-
obs	0.2341	48998	71.76 %

溶媒の処理

減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL

原子変位パラメータ

B_iso mean: 77.09 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.71→19.98 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	15798	0	116	196	16110

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	数
X-RAY DIFFRACTION	f_bond_d	0.0051	16259
X-RAY DIFFRACTION	f_angle_d	0.8726	22039
X-RAY DIFFRACTION	f_chiral_restr	0.0487	2483
X-RAY DIFFRACTION	f_plane_restr	0.0051	2832
X-RAY DIFFRACTION	f_dihedral_angle_d	17.116	9847

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.71-2.77	0.3508	35	0.3236	495	X-RAY DIFFRACTION	14.22
2.77-2.82	0.3377	57	0.3324	717	X-RAY DIFFRACTION	20.42
2.82-2.88	0.331	53	0.3244	931	X-RAY DIFFRACTION	26.08
2.88-2.95	0.3886	54	0.3207	1156	X-RAY DIFFRACTION	32.22
2.95-3.02	0.3467	81	0.3239	1583	X-RAY DIFFRACTION	43.8
3.02-3.11	0.3078	107	0.3177	1867	X-RAY DIFFRACTION	52.14
3.11-3.2	0.3195	102	0.3053	2236	X-RAY DIFFRACTION	62.26
3.2-3.3	0.3123	142	0.2953	2583	X-RAY DIFFRACTION	72.26
3.3-3.42	0.2985	127	0.2867	2978	X-RAY DIFFRACTION	81.54
3.42-3.55	0.2602	188	0.2674	3206	X-RAY DIFFRACTION	89.27
3.55-3.71	0.2938	155	0.2568	3447	X-RAY DIFFRACTION	96.16
3.71-3.91	0.2913	184	0.2398	3612	X-RAY DIFFRACTION	99.45
3.91-4.15	0.2546	202	0.2163	3596	X-RAY DIFFRACTION	99.87
4.15-4.47	0.24	180	0.1899	3614	X-RAY DIFFRACTION	99.89
4.47-4.91	0.2399	191	0.182	3609	X-RAY DIFFRACTION	100
4.91-5.61	0.2213	195	0.2082	3635	X-RAY DIFFRACTION	99.9
5.61-7.02	0.277	230	0.2294	3591	X-RAY DIFFRACTION	99.9
7.02-19.98	0.2201	203	0.2122	3656	X-RAY DIFFRACTION	99.54

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	0.983723007319	0.0893041406042	0.879424582976	1.76054995241	0.42604186067	2.12275803836	0.0713976820553	-0.266622696556	-0.0850590347371	0.432751823268	0.0364771826899	0.181948903963	0.058324651673	-0.221116783087	-0.0344722716516	0.123198171686	-0.118468860342	0.142559084461	0.0654632346444	-0.0159460453412	0.557504482403	7.99094776703	-48.8960254009	97.1612130079
2	0.434432425375	0.376843745886	0.327953091302	2.3630896728	0.448892299734	1.01781116157	0.0273669834703	0.219476075023	-0.0127178276101	-0.0203492844547	0.104726902416	-0.259010427513	0.146495399349	0.368731490249	-0.197998046042	0.183982056947	0.00536609656774	-0.095652030578	0.196809039479	0.0197168166867	0.493603172059	26.4026479309	-60.4320741379	83.9570835447
3	0.748250951893	-0.126159828369	0.332143602699	1.26171632513	-0.139379804425	1.19750275026	-0.0809950718415	0.139795030071	0.177264620657	0.130154917016	0.0441476170248	0.117112498285	-0.521042081173	-0.296249610532	0.00667387495808	0.0554337895137	-0.239536732434	-0.0363375063175	-0.230095600787	0.0314396188038	0.541677772867	12.1725573047	-32.9548055243	82.3751436136
4	0.503215374806	0.140601284756	0.266693981685	0.598404136886	0.397204743621	0.313202648985	-0.0824768528788	0.497935684867	0.0598229186433	-0.220237244754	0.23830276904	0.256580307187	-0.144219009783	0.201855030498	-0.040467125766	0.214409136509	-0.0817846542593	-0.113733216951	0.368836589502	0.0344984494841	0.534519065092	8.16136351208	-46.7225152403	60.443604763
5	1.0679625847	0.357323493346	0.7873736104	1.005926942	0.0317053187969	1.88289755688	0.276114171766	0.335437437747	-0.206908119893	-0.648049128646	0.229685446987	0.214831283924	0.373225271174	-0.342402311068	-0.173234819997	0.628916879131	-0.0350329116277	-0.165986518586	0.660455795852	0.0325363323779	0.821077330937	-14.109300523	-61.9534660851	47.0706652046
6	0.766826109191	0.414845991049	1.12188308013	1.76460333026	0.222069691897	2.06554149104	0.248121003208	-0.0128304837247	-0.357345566739	-0.14864684271	0.0683824132861	0.220048280395	0.400024192681	-0.685665872863	0.126565337521	0.205817476638	-0.0849551769936	-0.0656342362784	0.518668449498	-0.00462665779215	0.594996990287	-8.85243601674	-57.1742726443	62.0856836259
7	1.51533840521	-0.764268063961	0.182805939543	2.34082500269	0.819924141118	2.01032205498	0.117653635545	0.722743752455	0.400777144157	-1.15123579832	-0.103151809579	0.366682917519	-1.26425571781	0.129740453359	0.350756937975	0.849573008415	-0.212889105176	-0.220242299261	0.699425802115	0.26911257913	0.624602628353	15.135123562	-20.7960074886	46.946355859
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精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Selection details
1	X-RAY DIFFRACTION	1	chain 'A' and (resid 35 through 153 )
2	X-RAY DIFFRACTION	2	chain 'A' and (resid 154 through 364 )
3	X-RAY DIFFRACTION	3	chain 'A' and (resid 365 through 583 )
4	X-RAY DIFFRACTION	4	chain 'A' and (resid 584 through 649 )
5	X-RAY DIFFRACTION	5	chain 'A' and (resid 650 through 751 )
6	X-RAY DIFFRACTION	6	chain 'A' and (resid 752 through 927 )
7	X-RAY DIFFRACTION	7	chain 'A' and (resid 928 through 1051 )
8	X-RAY DIFFRACTION	8	chain 'B' and (resid 37 through 153 )
9	X-RAY DIFFRACTION	9	chain 'B' and (resid 154 through 259 )
10	X-RAY DIFFRACTION	10	chain 'B' and (resid 260 through 364 )
11	X-RAY DIFFRACTION	11	chain 'B' and (resid 365 through 583 )
12	X-RAY DIFFRACTION	12	chain 'B' and (resid 584 through 695 )
13	X-RAY DIFFRACTION	13	chain 'B' and (resid 696 through 769 )
14	X-RAY DIFFRACTION	14	chain 'B' and (resid 771 through 833 )
15	X-RAY DIFFRACTION	15	chain 'B' and (resid 834 through 894 )
16	X-RAY DIFFRACTION	16	chain 'B' and (resid 895 through 1048 )

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

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万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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