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- PDB-7pvn: Crystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pvn
タイトルCrystal Structure of Human UBA6 in Complex with ATP
要素Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
キーワードHYDROLASE / ATP / E1 Activating Enzyme / FAT10 / Ubiquitin
機能・相同性
機能・相同性情報


FAT10 activating enzyme activity / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA damage response / ATP binding / metal ion binding ...FAT10 activating enzyme activity / E1 ubiquitin-activating enzyme / ubiquitin activating enzyme activity / Synthesis of active ubiquitin: roles of E1 and E2 enzymes / Antigen processing: Ubiquitination & Proteasome degradation / ubiquitin-dependent protein catabolic process / protein ubiquitination / DNA damage response / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain ...Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1 FCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1 four-helix bundle / Ubiquitin-activating enzyme E1 / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal / Ubiquitin-activating enzyme E1, C-terminal domain superfamily / Ubiquitin-activating enzyme E1, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme E1, FCCH domain superfamily / Ubiquitin fold domain / Ubiquitin-activating enzyme e1 C-terminal domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin-activating enzyme, SCCH domain / Ubiquitin/SUMO-activating enzyme E1-like / Ubiquitin-activating enzyme E1, inactive adenylation domain, subdomain 1 / ThiF/MoeB/HesA family / THIF-type NAD/FAD binding fold / ThiF family / Ubiquitin-activating enzyme
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.71 Å
データ登録者Truongvan, N. / Li, S. / Schindelin, H.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)GRK2243 ドイツ
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Structures of UBA6 explain its dual specificity for ubiquitin and FAT10.
著者: Truongvan, N. / Li, S. / Misra, M. / Kuhn, M. / Schindelin, H.
履歴
登録2021年10月5日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年8月31日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)239,78018
ポリマ－237,8252
非ポリマー1,95516
水3,531196
1
A: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,92810
ポリマ－118,9121
非ポリマー1,0159
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)119,8528
ポリマ－118,9121
非ポリマー9407
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)123.949, 113.748, 183.537
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 96.493, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Space group name HallC2y
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -x,y,-z
#3: x+1/2,y+1/2,z
#4: -x+1/2,y+1/2,-z
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11A-1321-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A37 - 236
121(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A239 - 345
131(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A347 - 680
141(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A682 - 728
151(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A734 - 801
161(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A818 - 1031
171(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A1035 - 1048
181(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A1101
191(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A1201
1101(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A1301
1111(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A1401
1121(chain 'A' and (resid 37 through 236 or resid 239...A1901
2131(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B37 - 236
2141(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B239 - 345
2151(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B347 - 680
2161(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B682 - 728
2171(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B734 - 801
2181(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B817
2191(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B819 - 1031
2201(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B1035 - 1048
2211(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B1101
2221(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B1201
2231(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B1401
2241(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B1501
2251(chain 'B' and (resid 37 through 817 or resid 819...B1601

-
要素

-
タンパク質 , 1種, 2分子 AB

#1: タンパク質 Ubiquitin-like modifier-activating enzyme 6 / Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like ...Ubiquitin-activating enzyme 6 / Monocyte protein 4 / MOP-4 / Ubiquitin-activating enzyme E1-like protein 2 / E1-L2


分子量: 118912.492 Da / 分子数: 2 / 変異: C625A / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: UBA6, MOP4, UBE1L2 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: A0AVT1, E1 ubiquitin-activating enzyme

-
非ポリマー , 6種, 212分子

#2: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE


分子量: 507.181 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#3: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL


分子量: 92.094 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION


分子量: 24.305 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION


分子量: 40.078 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#6: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#7: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 196 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY
Has protein modificationY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.75 Å3/Da / 溶媒含有率: 55.3 % / 解説: Plate
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 6.5
詳細: 0.1 M Na-cacodylate, 0.16 M Ca-acetate, 15% PEG 8000 and 16% Glycerol

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P14 (MX2) / 波長: 0.9762 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年12月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9762 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.71→50 Å / Num. obs: 49253 / % possible obs: 72.5 % / 冗長度: 6.66 % / Biso Wilson estimate: 53.21 Å2 / CC1/2: 0.9847 / Rmerge(I) obs: 0.294 / Rpim(I) all: 0.123 / Net I/σ(I): 6
反射 シェル解像度: 2.71→3 Å / 冗長度: 5.56 % / Rmerge(I) obs: 2.57 / Mean I/σ(I) obs: 0.92 / Num. unique obs: 986 / CC1/2: 0.1695 / Rpim(I) all: 1.158 / % possible all: 21.8

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3CMM

3cmm


解像度: 2.71→19.98 Å / SU ML: 0.3737 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 31.0226 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2617 2486 5.07 %
Rwork0.2326 46512 -
obs0.2341 48998 71.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 77.09 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.71→19.98 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数15798 0 116 196 16110
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.005116259
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.872622039
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.04872483
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00512832
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d17.1169847
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.71-2.770.3508350.3236495X-RAY DIFFRACTION14.22
2.77-2.820.3377570.3324717X-RAY DIFFRACTION20.42
2.82-2.880.331530.3244931X-RAY DIFFRACTION26.08
2.88-2.950.3886540.32071156X-RAY DIFFRACTION32.22
2.95-3.020.3467810.32391583X-RAY DIFFRACTION43.8
3.02-3.110.30781070.31771867X-RAY DIFFRACTION52.14
3.11-3.20.31951020.30532236X-RAY DIFFRACTION62.26
3.2-3.30.31231420.29532583X-RAY DIFFRACTION72.26
3.3-3.420.29851270.28672978X-RAY DIFFRACTION81.54
3.42-3.550.26021880.26743206X-RAY DIFFRACTION89.27
3.55-3.710.29381550.25683447X-RAY DIFFRACTION96.16
3.71-3.910.29131840.23983612X-RAY DIFFRACTION99.45
3.91-4.150.25462020.21633596X-RAY DIFFRACTION99.87
4.15-4.470.241800.18993614X-RAY DIFFRACTION99.89
4.47-4.910.23991910.1823609X-RAY DIFFRACTION100
4.91-5.610.22131950.20823635X-RAY DIFFRACTION99.9
5.61-7.020.2772300.22943591X-RAY DIFFRACTION99.9
7.02-19.980.22012030.21223656X-RAY DIFFRACTION99.54
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.9837230073190.08930414060420.8794245829761.760549952410.426041860672.122758038360.0713976820553-0.266622696556-0.08505903473710.4327518232680.03647718268990.1819489039630.058324651673-0.221116783087-0.03447227165160.123198171686-0.1184688603420.1425590844610.0654632346444-0.01594604534120.5575044824037.99094776703-48.896025400997.1612130079
20.4344324253750.3768437458860.3279530913022.36308967280.4488922997341.017811161570.02736698347030.219476075023-0.0127178276101-0.02034928445470.104726902416-0.2590104275130.1464953993490.368731490249-0.1979980460420.1839820569470.00536609656774-0.0956520305780.1968090394790.01971681668670.49360317205926.4026479309-60.432074137983.9570835447
30.748250951893-0.1261598283690.3321436026991.26171632513-0.1393798044251.19750275026-0.08099507184150.1397950300710.1772646206570.1301549170160.04414761702480.117112498285-0.521042081173-0.2962496105320.006673874958080.0554337895137-0.239536732434-0.0363375063175-0.2300956007870.03143961880380.54167777286712.1725573047-32.954805524382.3751436136
40.5032153748060.1406012847560.2666939816850.5984041368860.3972047436210.313202648985-0.08247685287880.4979356848670.0598229186433-0.2202372447540.238302769040.256580307187-0.1442190097830.201855030498-0.0404671257660.214409136509-0.0817846542593-0.1137332169510.3688365895020.03449844948410.5345190650928.16136351208-46.722515240360.443604763
51.06796258470.3573234933460.78737361041.0059269420.03170531879691.882897556880.2761141717660.335437437747-0.206908119893-0.6480491286460.2296854469870.2148312839240.373225271174-0.342402311068-0.1732348199970.628916879131-0.0350329116277-0.1659865185860.6604557958520.03253633237790.821077330937-14.109300523-61.953466085147.0706652046
60.7668261091910.4148459910491.121883080131.764603330260.2220696918972.065541491040.248121003208-0.0128304837247-0.357345566739-0.148646842710.06838241328610.2200482803950.400024192681-0.6856658728630.1265653375210.205817476638-0.0849551769936-0.06563423627840.518668449498-0.004626657792150.594996990287-8.85243601674-57.174272644362.0856836259
71.51533840521-0.7642680639610.1828059395432.340825002690.8199241411182.010322054980.1176536355450.7227437524550.400777144157-1.15123579832-0.1031518095790.366682917519-1.264255717810.1297404533590.3507569379750.849573008415-0.212889105176-0.2202422992610.6994258021150.269112579130.62460262835315.135123562-20.796007488646.946355859
81.28674407606-0.1276691719190.4275669961911.26294840642-0.3298110554241.15095925642-0.0214239494246-0.1711293918920.0197066878439-0.302712300316-0.01715485576010.852099271855-0.439571490654-0.6516968049080.02218199677710.7712420896830.279296380435-0.1788820576880.508330629577-0.04520764436750.93947976854517.266768327-69.36496180547.52706877344
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精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection details
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 35 through 153 )
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 154 through 364 )
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 365 through 583 )
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 584 through 649 )
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 650 through 751 )
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 752 through 927 )
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 928 through 1051 )
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 37 through 153 )
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'B' and (resid 154 through 259 )
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 260 through 364 )
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 365 through 583 )
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 584 through 695 )
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 696 through 769 )
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 771 through 833 )
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 834 through 894 )
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 895 through 1048 )

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る