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- PDB-7pvk: X-ray structure of dimeric PorX (T272A mutant), in complex with pGpG. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pvk
タイトルX-ray structure of dimeric PorX (T272A mutant), in complex with pGpG.
要素
  • Response regulator
  • pGpG
キーワードSIGNALING PROTEIN / Response regulator / Type 9 Secretion System / PglZ / Phosphodiesterase
機能・相同性
機能・相同性情報


phosphorelay signal transduction system / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
PglZ domain / PglZ domain / Alkaline-phosphatase-like, core domain superfamily / Response regulator receiver domain / cheY-homologous receiver domain / Signal transduction response regulator, receiver domain / Response regulatory domain profile. / CheY-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION / FORMIC ACID / RNA / Response regulator
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
synthetic construct (人工物)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.4 Å
データ登録者Schmitz, C.A. / Madej, M. / Potempa, J. / Sola, M.
資金援助 スペイン, ポーランド, 2件
組織認可番号国
Other government スペイン
Other government ポーランド
引用ジャーナル: Nucleic Acids Res. / 年: 2022
タイトル: Response regulator PorX coordinates oligonucleotide signalling and gene expression to control the secretion of virulence factors
著者: Schmitz, C. / Madej, M. / Nowakowska, Z. / Cuppari, A. / Jacula, A. / Ksiazek, M. / Mikruta, K. / Wisniewski, J. / Pudelko-Malik, N. / Saran, A. / Zeytuni, N. / Mlynarz, P. / Lamont, R.J. / ...著者: Schmitz, C. / Madej, M. / Nowakowska, Z. / Cuppari, A. / Jacula, A. / Ksiazek, M. / Mikruta, K. / Wisniewski, J. / Pudelko-Malik, N. / Saran, A. / Zeytuni, N. / Mlynarz, P. / Lamont, R.J. / Uson, I. / Siksnys, V. / Potempa, J. / Sola, M.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02023年1月4日Group: Advisory / Atomic model ...Advisory / Atomic model / Data collection / Database references / Derived calculations / Polymer sequence / Refinement description / Source and taxonomy / Structure summary
カテゴリ: atom_site / atom_site_anisotrop ...atom_site / atom_site_anisotrop / citation / entity / entity_poly / entity_poly_seq / entity_src_gen / pdbx_distant_solvent_atoms / pdbx_entity_nonpoly / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_poly_seq_scheme / pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_conn_angle / pdbx_unobs_or_zero_occ_atoms / pdbx_validate_close_contact / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_rmsd_bond / refine / struct_asym / struct_conn / struct_ref / struct_ref_seq
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _entity.formula_weight / _entity.pdbx_description / _entity.pdbx_number_of_molecules / _entity.type / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name / _pdbx_distant_solvent_atoms.auth_seq_id / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.asym_id_list / _pdbx_struct_assembly_prop.value / _refine.ls_percent_reflns_obs / _struct_asym.entity_id
改定 2.12023年1月11日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Response regulator
B: Response regulator
C: Response regulator
D: Response regulator
E: pGpG
F: pGpG
G: pGpG
H: pGpG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)253,89149
ポリマ－251,0078
非ポリマー2,88441
水8,215456
1
A: Response regulator
B: Response regulator
E: pGpG
G: pGpG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)127,05126
ポリマ－125,5044
非ポリマー1,54722
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area11550 Å2
ΔGint-220 kcal/mol
Surface area41660 Å2
手法PISA
2
C: Response regulator
D: Response regulator
F: pGpG
H: pGpG
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)126,84023
ポリマ－125,5044
非ポリマー1,33619
水724
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area10900 Å2
ΔGint-247 kcal/mol
Surface area41610 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)94.630, 103.770, 132.210
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 98.500, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211

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要素

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タンパク質 / RNA鎖 , 2種, 8分子 ABCDEFGH

#1: タンパク質
Response regulator


分子量: 62106.418 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis W83 (バクテリア)
株: ATCC BAA-308 / W83 / 遺伝子: PG_0928 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q7MVV4
#2: RNA鎖
pGpG


分子量: 645.454 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) synthetic construct (人工物)

-
非ポリマー , 6種, 497分子

#3: 化合物
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物
ChemComp-BEF / BERYLLIUM TRIFLUORIDE ION


分子量: 66.007 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: BeF3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#5: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#6: 化合物
ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 18 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#7: 化合物
ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸


分子量: 46.025 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH2O2
#8: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 456 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.58 Å3/Da / 溶媒含有率: 52.4 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 8.5
詳細: 100 mM Glycine pH 8.5, 100 mM sodium formate, 3-4 % PEG 8 K, 15 mM MgCl2, 30 mM NaF, 5 mM BeSO4, 0.5 mM ZnCl2, 0.5 mM pGpG

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97923 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年3月13日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97923 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.4→51.9 Å / Num. obs: 98575 / % possible obs: 99.39 % / 冗長度: 14.4 % / Biso Wilson estimate: 65.79 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rpim(I) all: 0.03333 / Net I/σ(I): 15.93
反射 シェル解像度: 2.4→2.49 Å / 冗長度: 14.3 % / Num. unique obs: 9713 / CC1/2: 0.635 / CC star: 0.882 / Rpim(I) all: 0.9475 / % possible all: 98.28

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.11.1精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
XDSデータ削減
STARANISOデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.4→51.9 Å / 交差検証法: THROUGHOUT
Rfactor反射数%反射
Rfree0.223 --
Rwork0.1937 --
obs-98355 99.39 %
原子変位パラメータBiso max: 276.22 Å2 / Biso mean: 89.35 Å2 / Biso min: 44.67 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.4→51.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数16940 0 343 456 17739

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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