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万見
- PDB-7pvi: dTDP-sugar epimerase -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pvi
タイトルdTDP-sugar epimerase
要素dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Coxiella burnetii / O-antigen / epimerase / enzyme kinetics
機能・相同性
機能・相同性情報


: / racemase and epimerase activity / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase activity / dTDP-rhamnose biosynthetic process / extracellular polysaccharide biosynthetic process / cytosol
類似検索 - 分子機能
dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase-related / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / RmlC-like cupin domain superfamily / RmlC-like jelly roll fold
類似検索 - ドメイン・相同性
CITRATE ANION / beta-D-xylopyranose / alpha-D-xylopyranose / dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
類似検索 - 構成要素
生物種Coxiella burnetii (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.434 Å
データ登録者Cross, A.R. / Harmer, N.J. / Isupov, M.N.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/M016404/1 英国
Defence Science and Technology Laboratory (DSTL)DSTLX-1000098217 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/N001591/1 英国
引用ジャーナル: J.Biol.Chem. / 年: 2022
タイトル: Spinning sugars in antigen biosynthesis: characterization of the Coxiella burnetii and Streptomyces griseus TDP-sugar epimerases.
著者: Cross, A.R. / Roy, S. / Vivoli Vega, M. / Rejzek, M. / Nepogodiev, S.A. / Cliff, M. / Salmon, D. / Isupov, M.N. / Field, R.A. / Prior, J.L. / Harmer, N.J.
履歴
登録2021年10月4日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月20日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月27日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.page_first / _citation.page_last ..._citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.22022年5月18日Group: Database references / カテゴリ: citation / Item: _citation.journal_volume
改定 1.32024年1月31日Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
AAA: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
BBB: dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)49,90113
ポリマ－48,9742
非ポリマー92811
水8,161453
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area5690 Å2
ΔGint-64 kcal/mol
Surface area17750 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)77.033, 84.539, 77.673
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 113.592, 90.000
Int Tables number5
Space group name H-MC121
Components on special symmetry positions
IDモデル要素
11AAA-414-

HOH

21AAA-509-

HOH

31BBB-484-

HOH

非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11AAA
21BBB

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1 / Beg auth comp-ID: PHE / Beg label comp-ID: PHE / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: -2 - 187 / Label seq-ID: 20 - 209

Dom-IDComponent-IDAuth asym-IDLabel asym-ID
11AAAA
22BBBB

NCSアンサンブル: (詳細: Local NCS retraints between domains: 1 2)

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要素

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タンパク質 , 1種, 2分子 AAABBB

#1: タンパク質 dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase / Thymidine diphospho-4-keto-rhamnose 3 / 5-epimerase


分子量: 24486.916 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Coxiella burnetii (strain RSA 493 / Nine Mile phase I) (バクテリア)
株: RSA 493 / Nine Mile phase I / 遺伝子: rfbC, CBU_1838 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q83AP3, dTDP-4-dehydrorhamnose 3,5-epimerase

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糖 , 2種, 4分子

#2: 糖 ChemComp-XYP / beta-D-xylopyranose / beta-D-xylose / D-xylose / xylose / β-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, beta linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpbCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
b-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
b-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
#3: 糖 ChemComp-XYS / alpha-D-xylopyranose / alpha-D-xylose / D-xylose / xylose / XYLOPYRANOSE / α-D-キシロピラノ-ス


タイプ: D-saccharide, alpha linking / 分子量: 150.130 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C5H10O5 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
識別子タイププログラム
DXylpaCONDENSED IUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0
a-D-xylopyranoseCOMMON NAMEGMML 1.0
a-D-XylpIUPAC CARBOHYDRATE SYMBOLPDB-CARE 1.0
XylSNFG CARBOHYDRATE SYMBOLGMML 1.0

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非ポリマー , 3種, 460分子

#4: 化合物
ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン


分子量: 22.990 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#5: 化合物 ChemComp-FLC / CITRATE ANION / シトラ-ト


分子量: 189.100 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H5O7
#6: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 453 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.37 Å3/Da / 溶媒含有率: 48.02 %
結晶化温度: 291 K / 手法: マイクロバッチ法
詳細: 1.0 M sodium citrate tribasic dihydrate, 0.1 M sodium cacodylate pH 6.5) Crystal was soaked in 15% w/v of D-xylose

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04 / 波長: 0.9795 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年10月19日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9795 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.434→51.39 Å / Num. obs: 54843 / % possible obs: 65.9 % / 冗長度: 3.3 % / CC1/2: 0.999 / Net I/σ(I): 12.5
反射 シェル解像度: 1.434→1.605 Å / Num. unique obs: 2742 / CC1/2: 0.585

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
XDSデータ削減
autoPROCデータ削減
autoPROCdata processing
MoRDa位相決定
STARANISOデータスケーリング
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2IXI

2ixi


解像度: 1.434→51.39 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.971 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.958 / SU B: 1.753 / SU ML: 0.062 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.094 / ESU R Free: 0.093 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions
Rfactor反射数%反射
Rfree0.1986 2739 4.994 %
Rwork0.1667 52104 -
all0.168 --
obs-54843 65.738 %
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT
原子変位パラメータBiso mean: 21.918 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.025 Å20 Å2-0.013 Å2
2--0.033 Å20 Å2
3----0.034 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.434→51.39 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3198 0 59 453 3710
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0133740
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0020.0173626
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.4531.6525140
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.3931.5898457
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg7.1725495
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg35.16322.947207
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg15.06515714
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg15.3841521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0840.2484
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.024252
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02878
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined0.2170.2634
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_other0.2040.23278
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined0.1720.21603
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbtor_other0.0840.21725
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined0.1610.2356
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_other0.0350.23
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined0.3590.29
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_nbd_refined0.280.236
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other0.2980.2152
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_xyhbond_nbd_refined0.2360.232
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other0.1140.21
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it2.0722.0361695
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other2.0312.0321693
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it3.2253.0372148
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other3.23.0372148
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it2.532.3492045
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other2.5312.3492044
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it3.8243.4142936
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other3.8243.4142937
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_it6.74524.854195
X-RAY DIFFRACTIONr_lrange_other6.5623.9454057
X-RAY DIFFRACTIONr_ncsr_local_group_10.120.056356
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-IDRefine-IDタイプRms dev position (Å)Weight position
11AAAX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.120250.05009
12BBBX-RAY DIFFRACTIONLocal ncs0.120250.05009
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.434-1.4710.4830.37662X-RAY DIFFRACTION1.0626
1.471-1.5110.397150.303241X-RAY DIFFRACTION4.2589
1.511-1.5550.279410.302833X-RAY DIFFRACTION15.012
1.555-1.6030.305700.2861397X-RAY DIFFRACTION25.9416
1.603-1.6550.31960.2642050X-RAY DIFFRACTION39.1964
1.655-1.7130.2791560.2642778X-RAY DIFFRACTION54.985
1.713-1.7780.272000.2493549X-RAY DIFFRACTION73.237
1.778-1.850.2542370.234435X-RAY DIFFRACTION94.3076
1.85-1.9330.2252240.2084514X-RAY DIFFRACTION99.7894
1.933-2.0270.212500.1874246X-RAY DIFFRACTION99.3372
2.027-2.1360.2082160.1734059X-RAY DIFFRACTION99.5343
2.136-2.2660.2191660.1693897X-RAY DIFFRACTION99.5589
2.266-2.4220.192040.1643606X-RAY DIFFRACTION99.6339
2.422-2.6160.1891810.1583369X-RAY DIFFRACTION99.3563
2.616-2.8650.191860.1543118X-RAY DIFFRACTION99.3684
2.865-3.2030.1771370.1472807X-RAY DIFFRACTION99.2248
3.203-3.6970.1791130.1392478X-RAY DIFFRACTION98.7048
3.697-4.5250.1481160.1222100X-RAY DIFFRACTION98.8844
4.525-6.3860.189840.1441645X-RAY DIFFRACTION98.6872
6.386-51.390.226440.194919X-RAY DIFFRACTION98.2653

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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