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- PDB-7pvf: Crystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodiu... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pvf
タイトルCrystal structure of the C-terminal catalytic domain of Plasmodium falciparum CTP:phosphocholine cytidylyltransferase with 3-hydroxy-1lambda6-thietane-1,1-dione
要素Cholinephosphate cytidylyltransferase
キーワードTRANSFERASE / Plasmodium Falciparum CCT Inhibitors Fragments
機能・相同性
機能・相同性情報


Synthesis of PC / choline-phosphate cytidylyltransferase / choline-phosphate cytidylyltransferase activity / phosphatidylcholine binding / nuclear envelope / identical protein binding
類似検索 - 分子機能
Choline-phosphate cytidylyltransferase Pcy1-like / CTP:phosphocholine cytidylyltransferase domain / Cytidylyltransferase-like / Cytidyltransferase-like domain / Rossmann-like alpha/beta/alpha sandwich fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Guanidinium / 1,1-bis(oxidanylidene)thietan-3-ol / choline-phosphate cytidylyltransferase
類似検索 - 構成要素
生物種Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.33 Å
データ登録者Duclovel, C. / Gelin, M. / Krimm, I. / Cerdan, R. / Guichou, J.-F.
資金援助 フランス, 2件
組織認可番号国
French Infrastructure for Integrated Structural Biology (FRISBI) フランス
Montpellier University of Excellence (MUSE) フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystallographic screening using ultra-low-molecular-weight ligands to guide drug design of PfCCT inhibitors
著者: Duclovel, C. / Gelin, M. / Wein, S. / Wengelnik, K. / Krimm, I. / Guichou, J.F. / Cerdan, R.
履歴
登録2021年10月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年10月26日Group: Derived calculations
カテゴリ: pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen ...pdbx_struct_assembly / pdbx_struct_assembly_gen / pdbx_struct_assembly_prop / pdbx_struct_oper_list
Item: _pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details ..._pdbx_struct_assembly.oligomeric_count / _pdbx_struct_assembly.oligomeric_details / _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expression / _pdbx_struct_assembly_prop.value
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Cholinephosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)21,1144
ポリマ－20,8101
非ポリマー3043
水1448
1
A: Cholinephosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子

A: Cholinephosphate cytidylyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)42,2298
ポリマ－41,6202
非ポリマー6096
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
crystal symmetry operation2_455-x-1,-y,z1
Buried area2230 Å2
ΔGint-10 kcal/mol
Surface area15580 Å2
単位格子
Length a, b, c (Å)50.680, 69.279, 118.081
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number23
Space group name H-MI222

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要素

#1: タンパク質 Cholinephosphate cytidylyltransferase


分子量: 20810.123 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Plasmodium falciparum (マラリア病原虫)
遺伝子: ctP, MAL13P1.86 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q8IEE9, choline-phosphate cytidylyltransferase
#2: 化合物 ChemComp-HV2 / 1,1-bis(oxidanylidene)thietan-3-ol / 3-ヒドロキシチエタン1,1-ジオキシド


分子量: 122.143 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H6O3S / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GZ6 / Guanidinium / グアニジニウム


分子量: 60.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH6N3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.49 Å3/Da / 溶媒含有率: 50.61 %
結晶化温度: 291.15 K / 手法: 蒸気拡散法 / pH: 0
詳細: PEG 4000 19%, TRIS pH8 0.1M 6-7-8-9-10% Guanidine HCL 5-6-7% Glycerol

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: MASSIF-1 / 波長: 0.96546 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年3月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.96546 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.31→59.82 Å / Num. obs: 9210 / % possible obs: 83.8 % / 冗長度: 1.6 % / Biso Wilson estimate: 54.53 Å2 / CC1/2: 0.96 / Rmerge(I) obs: 0.058 / Rpim(I) all: 0.058 / Rrim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 5.1 / Num. measured all: 45976
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
2.31-2.391.50.59641838980.5040.5960.8430.980.5
8.96-59.821.80.0728524680.8720.0720.10112.477.2

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIXv1.19精密化
Aimless0.7.4データスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
XDSデータ削減
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4ZCT

4zct


解像度: 2.33→46.57 Å / SU ML: 0.26 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 33.45 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2649 791 4.74 %
Rwork0.2081 15882 -
obs0.2107 9137 97.22 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 119.85 Å2 / Biso mean: 62.8668 Å2 / Biso min: 41.51 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.33→46.57 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1082 0 23 8 1113
Biso mean--66.64 63.89 -
残基数----132
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 6

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.33-2.480.31141320.28782671280398
2.48-2.670.30331340.24732697283198
2.67-2.940.27721060.29472692279898
2.94-3.360.29091110.25262644275597
3.36-4.240.24221800.19162597277797
4.24-46.570.2631280.16882581270995
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
15.37430.0606-1.40675.11862.29876.36750.18630.1363-0.1156-0.0529-0.2917-0.0693-0.0171-0.35440.11470.44550.0265-0.03890.41420.00560.4592-20.1158-11.2898-24.4509
25.1308-1.002-1.23844.64863.20067.33030.0046-0.4321-0.14070.18880.1949-0.6668-0.31570.7364-0.18980.4097-0.0122-0.04610.37520.01860.4795-16.1368-4.3212-24.1858
34.702-1.24810.74323.36671.58172.8221-0.2284-0.3091-0.66220.3126-0.0221-0.08260.5681-0.06640.11920.35260.01420.00090.29590.01950.5024-21.8819-15.3399-22.8894
42.0427-6.57414.37352.1724-1.49696.8806-0.4275-0.835-0.60921.26360.2477-0.72181.06810.97930.28340.67260.0682-0.0670.83130.10350.5694-26.5914-13.0545-9.0922
55.2033-0.48730.23853.56340.51333.23360.05790.410.05310.0184-0.06970.2710.2418-0.5975-0.00890.4095-0.0277-0.02750.3649-0.00640.3817-28.1523-7.711-23.9795
63.58810.3163-2.4212.775-0.58853.771-0.06850.0606-0.57440.0141-0.13380.25910.64630.29640.18940.54120.05480.0050.4175-0.01570.5922-20.0932-21.982-27.7697
79.30162.12053.69116.51570.17315.9771-0.0989-0.9689-0.66151.60760.1276-0.24080.40230.0434-0.3160.5740.04880.030.52590.12520.5374-8.7286-21.0424-25.4904
81.7738-0.1359-0.93672.77062.41145.3091-0.7158-0.67690.7925-0.233-0.06560.7199-0.50420.89280.71110.9393-0.055-0.13020.83490.01840.9043-11.954-4.8305-15.5885
93.858-0.1707-0.75231.8761-2.57854.79240.161-1.01160.16191.336-0.7764-0.5998-0.8241.38870.58950.8567-0.26740.03290.99620.14790.5821-19.10115.77530.7646
102.00021.99981.99972.00041.99962.00012.5015-0.56042.2946-0.54160.69856.4332-6.8468-0.3733-3.29040.58550.62190.41890.7289-0.15340.7535-3.6239-17.9488-26.9913
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 616 through 630 )A616 - 630
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 631 through 642 )A631 - 642
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 643 through 662 )A643 - 662
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 663 through 669 )A663 - 669
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'A' and (resid 670 through 687 )A670 - 687
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'A' and (resid 688 through 709 )A688 - 709
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'A' and (resid 710 through 752 )A710 - 752
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'A' and (resid 753 through 760 )A753 - 760
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'A' and (resid 761 through 775 )A761 - 775
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'A' and (resid 803 through 803 )A803

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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