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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pv1
タイトルCrystal structure of the dimeric mitofilin domain of Mic60 in complex with the CHCH domain of Mic19
要素MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MICOS / dimer / mitochondria / fusion protein
機能・相同性Protein of unknown function DUF1690 / Protein of Unknown function (DUF1690) / MICOS complex / Mitochondrial inner membrane protein Mitofilin / Mitochondrial inner membrane protein / cristae formation / MICOS complex subunit mic19 / MICOS complex subunit MIC60
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.497 Å
データ登録者Funck, K. / Bock-Bierbaum, T. / Daumke, O.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2013-CoG-616024 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2848/P06 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural insights into crista junction formation by the Mic60-Mic19 complex.
著者: Bock-Bierbaum, T. / Funck, K. / Wollweber, F. / Lisicki, E. / von der Malsburg, K. / von der Malsburg, A. / Laborenz, J. / Noel, J.K. / Hessenberger, M. / Jungbluth, S. / Bernert, C. / Kunz, ...著者: Bock-Bierbaum, T. / Funck, K. / Wollweber, F. / Lisicki, E. / von der Malsburg, K. / von der Malsburg, A. / Laborenz, J. / Noel, J.K. / Hessenberger, M. / Jungbluth, S. / Bernert, C. / Kunz, S. / Riedel, D. / Lilie, H. / Jakobs, S. / van der Laan, M. / Daumke, O.
履歴
登録2021年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.22024年11月13日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
B: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
C: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
D: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)68,9047
ポリマ－68,3214
非ポリマー5833
水1448
1
A: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
B: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,5494
ポリマ－34,1612
非ポリマー3882
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4810 Å2
ΔGint-31 kcal/mol
Surface area16040 Å2
手法PISA
2
C: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
D: MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)34,3553
ポリマ－34,1612
非ポリマー1941
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area3940 Å2
ΔGint-34 kcal/mol
Surface area16390 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)58.197, 85.371, 61.497
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 101.720, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and ((resid 4 through 5 and (name N...
21(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...
31(chain C and ((resid 4 through 5 and (name N...
41(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ARGARGALAALA(chain A and ((resid 4 through 5 and (name N...AA4 - 54 - 5
12THRTHRGLYGLY(chain A and ((resid 4 through 5 and (name N...AA3 - 1453 - 145
13THRTHRGLYGLY(chain A and ((resid 4 through 5 and (name N...AA3 - 1453 - 145
14THRTHRGLYGLY(chain A and ((resid 4 through 5 and (name N...AA3 - 1453 - 145
15THRTHRGLYGLY(chain A and ((resid 4 through 5 and (name N...AA3 - 1453 - 145
21ARGARGALAALA(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB4 - 54 - 5
22LEULEUPHEPHE(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB7 - 117 - 11
23ARGARGGLYGLY(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB13 - 2513 - 25
24GLYGLYGLYGLY(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB2727
25ASPASPASPASP(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB2929
26THRTHRGLYGLY(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB3 - 1453 - 145
27THRTHRGLYGLY(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB3 - 1453 - 145
28THRTHRGLYGLY(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB3 - 1453 - 145
29THRTHRGLYGLY(chain B and (resid 4 through 5 or resid 7...BB3 - 1453 - 145
31ARGARGALAALA(chain C and ((resid 4 through 5 and (name N...CC4 - 54 - 5
32GLYGLYGLYGLY(chain C and ((resid 4 through 5 and (name N...CC1 - 1451 - 145
33GLYGLYGLYGLY(chain C and ((resid 4 through 5 and (name N...CC1 - 1451 - 145
34GLYGLYGLYGLY(chain C and ((resid 4 through 5 and (name N...CC1 - 1451 - 145
35GLYGLYGLYGLY(chain C and ((resid 4 through 5 and (name N...CC1 - 1451 - 145
41ARGARGALAALA(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DD4 - 54 - 5
42PROPROTRPTRP(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DD2 - 1462 - 146
43PROPROTRPTRP(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DD2 - 1462 - 146
44PROPROTRPTRP(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DD2 - 1462 - 146
45PROPROTRPTRP(chain D and ((resid 4 through 5 and (name N...DD2 - 1462 - 146

-
要素

#1: タンパク質
MICOS complex subunit MIC60 fused to MIC19 / Mitofilin


分子量: 17080.326 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0073820, CTHT_0012250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHY5, UniProt: G0S140
#2: 化合物 ChemComp-PG4 / TETRAETHYLENE GLYCOL / テトラエチレングリコ-ル


分子量: 194.226 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C8H18O5 / コメント: 沈殿剤*YM
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 8 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 2.19 Å3/Da / 溶媒含有率: 43.82 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: 30% (w/v) Jeffamine ED-2001, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.0.

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.5→40.738 Å / Num. obs: 20339 / % possible obs: 98.8 % / 冗長度: 4.028 % / Biso Wilson estimate: 68.373 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.112 / Rrim(I) all: 0.13 / Χ2: 0.81 / Net I/σ(I): 9.16 / Num. measured all: 81921
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.5-2.654.0091.6550.7512949330732300.3941.91197.7
2.65-2.833.8581.0491.2311809310130610.571.21998.7
2.83-3.064.180.6092.2612102290328950.8090.799.7
3.06-3.354.1330.3314.2310871265226300.930.3899.2
3.35-3.743.8730.1498.619183240723710.9840.17398.5
3.74-4.314.2230.08116.029062215221460.9940.09399.7
4.31-5.273.9930.05522.177167181617950.9960.06498.8
5.27-7.424.0580.04823.185710142314070.9980.05598.9
7.42-40.7383.8160.02443.7630688198040.9990.02898.2

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PHENIX1.14_3260精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PV0

7pv0


解像度: 2.497→40.738 Å / SU ML: 0.51 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 35.23 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2591 1017 5 %
Rwork0.232 19305 -
obs0.2334 20322 98.86 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 169.76 Å2 / Biso mean: 80.0625 Å2 / Biso min: 32.38 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.497→40.738 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4385 0 93 8 4486
Biso mean--106.42 58.92 -
残基数----553
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A2055X-RAY DIFFRACTION11.88TORSIONAL
12B2055X-RAY DIFFRACTION11.88TORSIONAL
13C2055X-RAY DIFFRACTION11.88TORSIONAL
14D2055X-RAY DIFFRACTION11.88TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection Rwork% reflection obs (%)
2.4972-2.62880.45691430.4075271197
2.6288-2.79350.37731440.3481274999
2.7935-3.00910.33871450.31162746100
3.0091-3.31180.35371450.2911275299
3.3118-3.79070.22781450.2336275199
3.7907-4.77470.20551470.19692796100
4.7747-40.7380.22821480.1836280099
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
17.0849-2.94612.34829.3223-2.92177.51580.08270.6655-0.794-1.1910.15950.1560.8563-0.0839-0.34350.715-0.1402-0.05790.6023-0.1650.626229.144659.316340.8642
28.88990.79766.00254.81170.08747.3652-0.0057-1.13440.24070.0725-0.31280.20040.9443-1.5941-0.18190.3219-0.02350.07210.29860.09860.580435.264657.26972.6129
36.47892.1327-5.19152.54-2.23544.31881.3598-0.88260.25950.7337-0.240.45880.5255-2.71211.43431.39540.1111-0.38591.4636-0.32211.092645.028961.796296.4423
44.05490.6042.78516.88411.23874.49590.0547-1.5661.14870.5836-0.1078-0.03140.053-1.5398-0.06580.57160.0070.06210.8592-0.05790.665335.253165.535883.8145
56.5805-2.97093.39913.8461-1.74935.10350.58480.91481.2787-0.044-0.6422-0.6907-0.23140.7327-0.12590.4353-0.0335-0.00530.47620.03470.694856.650183.772671.7506
61.9373.40710.95217.8957-1.57757.0061-0.25730.09861.14520.3437-0.0014-0.5536-0.47770.0554-0.0480.5494-0.0390.05690.5686-0.19370.492953.975486.544981.2758
79.75951.09184.01071.61790.78953.1503-0.0303-0.41920.166-0.0156-0.09890.0422-0.1596-0.26740.01240.28560.03520.03840.32660.00860.426634.363478.488571.0546
85.2044-2.0441-1.95525.692-0.97243.8184-0.2145-0.6767-0.8786-0.4002-0.05230.43250.6612-0.4572-0.8890.47020.04680.18190.52140.14861.105411.858368.861362.4907
93.9065-0.1023.61871.232.06367.1668-0.31850.1972-0.7742-0.133-0.00010.12570.4549-0.235-0.14530.45410.07770.02630.6233-0.03930.771919.196869.899355.7046
107.39921.02961.04548.2817-0.22054.6555-0.3712-1.0053-0.81180.9186-0.92180.65142.1708-2.16210.24380.591-0.12070.10520.63240.05550.712334.131847.992181.8566
114.7417-4.2436-4.71025.65815.88376.1491-0.43021.6616-0.6952-2.30171.4205-1.0292-1.890.34550.67690.9401-0.06690.11440.9558-0.24510.994838.347648.021465.5525
122.60820.93221.66292.2978-0.51452.02590.2294-0.0025-1.8668-0.68010.3143-0.97841.78181.12630.74070.93280.03960.10410.56520.16641.02343.848644.079678.7288
137.5437-0.30091.76022.74450.02463.1884-0.4053-0.0212-1.10090.7916-0.1157-1.615-0.34191.37890.91660.56480.0497-0.07430.54450.1190.859347.48352.480978.8491
145.8696-0.80060.57448.5489-2.89815.22740.0467-0.36390.2436-0.4809-0.0839-0.11820.6343-0.50240.02980.5069-0.01140.04730.3883-0.08440.524435.795363.801950.1107
152.7627-3.07353.23825.2647-0.814410.0029-0.203-0.80441.2022-1.0056-0.2253-0.5096-0.18250.17380.44070.7186-0.1071-0.02330.53230.0490.751639.996877.20841.9755
163.9638-0.90241.25878.1175-2.14268.5391-0.2318-0.35661.1853-0.01340.3240.7327-0.5804-0.95710.09370.38690.0356-0.00370.5019-0.08310.487930.945877.114547.0374
172.59642.8232-0.36323.39031.01386.711-0.2681-1.56510.8821-0.1344-0.40870.59370.1336-0.52590.28960.38080.1282-0.09210.4836-0.01710.907312.485885.592965.2654
184.40872.45550.22152.32151.01660.8338-0.4464-1.54121.88450.3364-0.6202-0.7528-0.95651.2328-0.54730.5518-0.0753-0.26930.7082-0.05271.419530.460388.705266.3121
195.1111.9872-0.64363.2606-4.10176.6682-0.8459-0.6042.0135-0.43990.05950.0834-1.0147-0.60060.17970.70250.1511-0.090.4848-0.14961.058718.155393.389159.3156
203.62142.35363.52783.789-0.76227.92370.0760.41870.1935-1.22750.177-0.101-0.39610.04560.25350.64170.10550.09410.62470.03790.713620.006686.070853.1542
216.7992-0.78772.27195.18460.35123.54520.3531-0.0922-0.0232-0.19090.0973-0.2780.19050.13520.07540.3268-0.03880.08260.3970.00430.60147.06978.126367.9454
220.03250.0058-0.06560.2908-0.17290.1886-0.23191.5152-1.65671.11241.1807-0.61820.28642.30510.55960.88690.4206-0.0331.4896-0.2051.838668.476861.919778.6236
235.7874-2.27773.61964.57871.59695.27560.69361.45940.4275-1.4005-1.291-1.71841.08051.9326-0.16950.66720.01020.07880.76170.08391.009658.006168.765361.5971
246.0779-0.45194.2346.5535-0.73867.4820.41170.3985-0.81030.1861-0.4035-0.00820.9130.1686-0.50760.4023-0.07780.03290.5296-0.01150.687652.892464.468971.135
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 3 through 61 )A3 - 61
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 62 through 92 )A62 - 92
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 93 through 104 )A93 - 104
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'A' and (resid 105 through 145 )A105 - 145
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'C' and (resid 1 through 26 )C1 - 26
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'C' and (resid 27 through 42 )C27 - 42
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'C' and (resid 43 through 93 )C43 - 93
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'C' and (resid 94 through 124 )C94 - 124
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'C' and (resid 125 through 145 )C125 - 145
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'B' and (resid 3 through 20 )B3 - 20
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'B' and (resid 21 through 28 )B21 - 28
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'B' and (resid 29 through 42 )B29 - 42
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'B' and (resid 43 through 61 )B43 - 61
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'B' and (resid 62 through 93 )B62 - 93
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'B' and (resid 94 through 124 )B94 - 124
16X-RAY DIFFRACTION16chain 'B' and (resid 125 through 145 )B125 - 145
17X-RAY DIFFRACTION17chain 'D' and (resid 2 through 20 )D2 - 20
18X-RAY DIFFRACTION18chain 'D' and (resid 21 through 26 )D21 - 26
19X-RAY DIFFRACTION19chain 'D' and (resid 27 through 42 )D27 - 42
20X-RAY DIFFRACTION20chain 'D' and (resid 43 through 61 )D43 - 61
21X-RAY DIFFRACTION21chain 'D' and (resid 62 through 92 )D62 - 92
22X-RAY DIFFRACTION22chain 'D' and (resid 93 through 104 )D93 - 104
23X-RAY DIFFRACTION23chain 'D' and (resid 105 through 124 )D105 - 124
24X-RAY DIFFRACTION24chain 'D' and (resid 125 through 146 )D125 - 146

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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