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- PDB-7pv0: Crystal structure of a Mic60-Mic19 fusion protein -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pv0
タイトルCrystal structure of a Mic60-Mic19 fusion protein
要素MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
キーワードSTRUCTURAL PROTEIN / MICOS / mitofilin / CHCH / mitochondria
機能・相同性Protein of unknown function DUF1690 / Protein of Unknown function (DUF1690) / MICOS complex / Mitochondrial inner membrane protein Mitofilin / Mitochondrial inner membrane protein / cristae formation / Chem-JEF / MICOS complex subunit mic19 / MICOS complex subunit MIC60
機能・相同性情報
生物種Chaetomium thermophilum (菌類)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.15 Å
データ登録者Funck, K. / Bock-Bierbaum, T. / Daumke, O.
資金援助 ドイツ, 2件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2013-CoG-616024 ドイツ
German Research Foundation (DFG)FOR2848/P06 ドイツ
引用ジャーナル: Sci Adv / 年: 2022
タイトル: Structural insights into crista junction formation by the Mic60-Mic19 complex.
著者: Bock-Bierbaum, T. / Funck, K. / Wollweber, F. / Lisicki, E. / von der Malsburg, K. / von der Malsburg, A. / Laborenz, J. / Noel, J.K. / Hessenberger, M. / Jungbluth, S. / Bernert, C. / Kunz, ...著者: Bock-Bierbaum, T. / Funck, K. / Wollweber, F. / Lisicki, E. / von der Malsburg, K. / von der Malsburg, A. / Laborenz, J. / Noel, J.K. / Hessenberger, M. / Jungbluth, S. / Bernert, C. / Kunz, S. / Riedel, D. / Lilie, H. / Jakobs, S. / van der Laan, M. / Daumke, O.
履歴
登録2021年10月1日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月7日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年5月1日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年11月20日Group: Structure summary
カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
B: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
C: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
D: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
E: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
F: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)62,8237
ポリマ－62,2256
非ポリマー5981
水34219
1
A: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,9692
ポリマ－10,3711
非ポリマー5981
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3711
ポリマ－10,3711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3711
ポリマ－10,3711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
4
D: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3711
ポリマ－10,3711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
5
E: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3711
ポリマ－10,3711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
6
F: MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)10,3711
ポリマ－10,3711
非ポリマー00
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)43.815, 48.517, 70.739
Angle α, β, γ (deg.)82.700, 79.140, 72.410
Int Tables number1
Space group name H-MP1
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...
21(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...
31(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...
41(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...
51(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...
61(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
111(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A6 - 10
121(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A12 - 15
131(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A17 - 19
141(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A21 - 23
151(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A25 - 27
161(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A29
171(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A32
181(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A35
191(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A5 - 82
1101(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A5 - 82
1111(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A5 - 82
1121(chain A and (resid 6 through 10 or resid 12...A5 - 82
211(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B6 - 10
221(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B12 - 15
231(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B17 - 19
241(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B29
251(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B32
261(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B5 - 84
271(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B5 - 84
281(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B5 - 84
291(chain B and (resid 6 through 10 or resid 12...B5 - 84
311(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C6 - 10
321(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C12 - 15
331(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C17 - 19
341(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C21 - 23
351(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C29
361(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C4 - 83
371(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C4 - 83
381(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C4 - 83
391(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C4 - 83
3101(chain C and (resid 6 through 10 or resid 12...C4 - 83
411(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D6 - 10
421(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D12 - 15
431(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D5 - 85
441(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D0
451(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D25 - 27
461(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D29
471(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D32
481(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D5 - 85
491(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D5 - 85
4101(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D5 - 85
4111(chain D and (resid 6 through 10 or resid 12...D5 - 85
511(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E6 - 10
521(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E12 - 15
531(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E17 - 19
541(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E29
551(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E32
561(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E5 - 82
571(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E5 - 82
581(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E5 - 82
591(chain E and (resid 6 through 10 or resid 12...E5 - 82
611(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F6 - 10
621(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F12 - 15
631(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F4 - 82
641(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F0
651(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F25 - 27
661(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F29
671(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F32
681(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F4 - 82
691(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F4 - 82
6101(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F4 - 82
6111(chain F and (resid 6 through 10 or resid 12...F4 - 82

-
要素

#1: タンパク質
MICOS complex subunit MIC60,MICOS complex subunit MIC60-MIC19,Mic60-Mic19 / Mitofilin


分子量: 10370.867 Da / 分子数: 6 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass ...詳細: derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry,derived from limited proteolysis validated by mass spectrometry
由来: (組換発現) Chaetomium thermophilum (strain DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719) (菌類)
株: DSM 1495 / CBS 144.50 / IMI 039719 / 遺伝子: CTHT_0073820, CTHT_0012250 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: G0SHY5, UniProt: G0S140
#2: 化合物 ChemComp-JEF / O-(O-(2-AMINOPROPYL)-O'-(2-METHOXYETHYL)POLYPROPYLENE GLYCOL 500) / JEFFAMINE


分子量: 597.822 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C30H63NO10
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 19 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.26 Å3/Da / 溶媒含有率: 45.48 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: 33% (v/v) Jeffamine M-600, 0.1 M HEPES/NaOH pH 7.2

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.1 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年6月12日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.15→46.12 Å / Num. obs: 27300 / % possible obs: 91.8 % / 冗長度: 2.501 % / Biso Wilson estimate: 49.892 Å2 / CC1/2: 0.998 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rrim(I) all: 0.09 / Χ2: 1.097 / Net I/σ(I): 8.28 / Num. measured all: 68282
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsMean I/σ(I) obsNum. measured obsNum. possibleNum. unique obsCC1/2Rrim(I) all% possible all
2.15-2.282.4960.8810.9211094481744450.5291.11592.3
2.28-2.432.5310.4851.710489454041450.8140.61491.3
2.43-2.632.450.3222.448914416136390.8880.40987.5
2.63-2.882.5550.24.259463389337040.9480.25595.1
2.88-3.222.5330.1127.348375349033070.9850.14394.8
3.22-3.712.4560.06312.956774307327580.9940.0889.7
3.71-4.542.4840.03621.365948260323950.9980.04592
4.54-6.392.4770.03324.054659202218810.9980.04193
6.39-46.122.5010.02333.092566112810260.9990.02991

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.17.1_3660精密化
XDSデータ削減
XSCALEデータスケーリング
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
AMPLE位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: alpha-helices

解像度: 2.15→46.12 Å / SU ML: 0.4 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 1.94 / 位相誤差: 35.67 / 立体化学のターゲット値: ML
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2783 1362 5 %
Rwork0.2497 25900 -
obs0.2512 27262 91.76 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso max: 157.1 Å2 / Biso mean: 66.2464 Å2 / Biso min: 23.55 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 2.15→46.12 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数3610 0 88 19 3717
Biso mean--102.96 44.25 -
残基数----445
Refine LS restraints NCS
Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Refine-IDRmsタイプ
11A1163X-RAY DIFFRACTION6.177TORSIONAL
12B1163X-RAY DIFFRACTION6.177TORSIONAL
13C1163X-RAY DIFFRACTION6.177TORSIONAL
14D1163X-RAY DIFFRACTION6.177TORSIONAL
15E1163X-RAY DIFFRACTION6.177TORSIONAL
16F1163X-RAY DIFFRACTION6.177TORSIONAL
LS精密化 シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 10

解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkNum. reflection all% reflection obs (%)
2.15-2.220.41681350.38292593272891
2.22-2.310.32541390.34352629276893
2.31-2.420.35211350.29952564269991
2.42-2.550.31271320.28052508264088
2.55-2.710.27971330.2882537267090
2.71-2.910.33031410.27372683282495
2.91-3.210.29391410.26792668280994
3.21-3.670.2961340.23932548268291
3.67-4.630.24081350.20652569270491
4.63-46.120.2311370.2252601273892
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
12.30850.59040.12378.63626.17567.9644-0.3651-0.13610.15430.4880.14070.26020.98230.81650.11540.3304-0.03270.06930.18050.08920.374670.968658.384290.2332
21.99951.9989-7.26959.71136.70244.6252-0.4226-2.05210.9253.32291.4312-0.48681.00471.7238-0.63791.49270.08550.03480.99-0.06470.711573.105961.7701111.8124
37.6207-0.9961-2.7727.10611.42683.3319-0.6646-0.4196-0.50380.49890.5434-1.44751.25271.3886-0.07970.68630.0379-0.07610.6088-0.10810.604379.339455.798395.3425
44.6757-1.7543-3.12344.83293.69878.6132-0.1927-0.243-0.0876-0.17020.27920.1947-0.02110.74990.09510.4546-0.15960.12620.22560.020.36573.058636.387871.5967
59.0132-4.7816-2.66555.05714.78945.3444-1.201-1.0334-1.66471.11380.6078-0.16581.71061.16710.68390.74040.02430.05050.52850.00010.844582.689830.406577.5238
66.6691-3.6813-6.58992.1843.91536.91820.29840.11760.424-0.79570.4009-0.8221-2.00631.7645-0.71480.5971-0.32070.10090.6543-0.06440.519582.906438.329270.8101
72.4451.4476-0.13674.56982.70813.17150.638-0.35680.03640.8077-0.05560.15630.43910.28970.17220.6942-0.20090.26670.3611-0.03570.422172.038371.504593.6597
86.8808-0.05926.00052.565-0.86969.6905-0.1131-0.42650.65260.7322-0.20510.1058-1.15040.26660.27630.8519-0.1910.18650.4492-0.02980.54575.742382.187194.9728
96.9855-4.9914-4.98198.07064.86218.2895-0.22230.3277-0.1034-0.68310.0995-0.44710.54880.39260.02630.6605-0.08890.21040.3275-0.01470.478869.45324.269768.041
106.4257-2.7376-1.26835.1922.13486.3608-0.0245-0.0486-0.9343-0.9283-0.0477-0.09931.4533-0.15320.07710.839-0.16690.22920.3185-0.05380.576866.582313.721767.4595
113.33421.3152.08385.41244.93149.90890.1545-0.19370.29680.3252-0.330.5413-0.4258-0.22310.12070.5993-0.1570.1920.3064-0.00930.603663.159469.7191100.7135
128.84374.0772.38231.98650.36238.3047-0.33481.13181.6471-0.7587-0.321.2465-1.0926-1.35990.31190.55190.04180.07940.69420.22440.858153.252872.098490.8661
137.2793.44562.05056.68592.73777.72710.1967-0.69320.94030.1896-0.5351.6025-0.0911-1.13880.18460.6739-0.08790.30380.538-0.0510.684554.725269.605199.6367
144.7738-3.0612-2.86956.92243.72646.1941-0.35640.3353-0.2157-1.0045-0.01460.0170.0516-0.45870.07910.6724-0.14450.13020.2679-0.02660.457569.884429.431957.677
155.994-3.1918-0.66133.20673.74139.0297-0.11360.7373-0.0941-1.67730.45320.3183-0.7929-0.7099-0.00820.8444-0.0810.07610.6820.02930.48661.708532.045453.6231
精密化 TLSグループ
IDRefine-IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDAuth seq-ID
1X-RAY DIFFRACTION1chain 'A' and (resid 5 through 34 )A5 - 34
2X-RAY DIFFRACTION2chain 'A' and (resid 35 through 43 )A35 - 43
3X-RAY DIFFRACTION3chain 'A' and (resid 44 through 83 )A44 - 83
4X-RAY DIFFRACTION4chain 'D' and (resid 5 through 35 )D5 - 35
5X-RAY DIFFRACTION5chain 'D' and (resid 36 through 63 )D36 - 63
6X-RAY DIFFRACTION6chain 'D' and (resid 64 through 85 )D64 - 85
7X-RAY DIFFRACTION7chain 'B' and (resid 5 through 34 )B5 - 34
8X-RAY DIFFRACTION8chain 'B' and (resid 35 through 84 )B35 - 84
9X-RAY DIFFRACTION9chain 'E' and (resid 5 through 34 )E5 - 34
10X-RAY DIFFRACTION10chain 'E' and (resid 35 through 84 )E35 - 84
11X-RAY DIFFRACTION11chain 'C' and (resid 4 through 35 )C4 - 35
12X-RAY DIFFRACTION12chain 'C' and (resid 36 through 59 )C36 - 59
13X-RAY DIFFRACTION13chain 'C' and (resid 60 through 83 )C60 - 83
14X-RAY DIFFRACTION14chain 'F' and (resid 4 through 43 )F4 - 43
15X-RAY DIFFRACTION15chain 'F' and (resid 44 through 83 )F44 - 83

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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