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万見
- PDB-7pu4: Crystal structure of the dimer RBP-N and RBP-Trunc from Thermotog... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pu4
タイトルCrystal structure of the dimer RBP-N and RBP-Trunc from Thermotoga maritima Ribose Binding Protein
要素(Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein) x 2
キーワードSUGAR BINDING PROTEIN / Periplasmic Binding Protein / Substrate Binding Protein / Ribose / ligand binding
機能・相同性Periplasmic binding protein / Periplasmic binding protein domain / monosaccharide binding / Periplasmic binding protein-like I / transmembrane transport / outer membrane-bounded periplasmic space / Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein
機能・相同性情報
生物種Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.69 Å
データ登録者Romero-Romero, S. / Michel, F. / Hocker, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC Consolidator grant 647548 Protein LegoEuropean Union
引用ジャーナル: Protein Sci. / 年: 2023
タイトル: Retracing the evolution of a modern periplasmic binding protein.
著者: Michel, F. / Romero-Romero, S. / Hocker, B.
履歴
登録2021年9月28日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年3月8日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年10月25日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / citation
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Refinement description / カテゴリ: pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein
B: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein
C: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein
D: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)72,7934
ポリマ－72,7934
非ポリマー00
水6,882382
1
A: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein
B: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3962
ポリマ－36,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
C: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein
D: Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)36,3962
ポリマ－36,3962
非ポリマー00
水362
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)65.210, 84.200, 103.800
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number19
Space group name H-MP212121
Space group name HallP2ac2ab
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x+1/2,-y+1/2,-z
#3: -x,y+1/2,-z+1/2
#4: -x+1/2,-y,z+1/2

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要素

#1: タンパク質 Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein


分子量: 14873.854 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A (RBP-N) & B (RBP-Trunc) form a dimer reconstructing the canonical Ribose Binding Protein
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: TM_0958 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X053
#2: タンパク質 Ribose ABC transporter, periplasmic ribose-binding protein


分子量: 21522.484 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: Chain A (RBP-N) & B (RBP-Trunc) form a dimer reconstructing the canonical Ribose Binding Protein
由来: (組換発現) Thermotoga maritima MSB8 (バクテリア)
株: ATCC 43589 / DSM 3109 / JCM 10099 / NBRC 100826 / MSB8 / 遺伝子: TM_0958 / プラスミド: pET21b(+) / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9X053
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 382 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 1.97 Å3/Da / 溶媒含有率: 37.7 %
結晶化温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 7.5
詳細: 0.1 M HEPES pH: 7.5, PEG 20000 15% w/v, RBP-N and RBP-Trunc equimolarly mixed at 0.5 mM

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: BESSY / ビームライン: 14.2 / 波長: 0.9184 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年8月26日
放射モノクロメーター: DCM Si(111) / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9184 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.69→39.01 Å / Num. obs: 64629 / % possible obs: 99.76 % / 冗長度: 13.3 % / Biso Wilson estimate: 30.55 Å2 / CC1/2: 0.999 / CC star: 1 / Rmerge(I) obs: 0.1218 / Rpim(I) all: 0.03456 / Rrim(I) all: 0.1267 / Net I/σ(I): 14.25
反射 シェル解像度: 1.69→1.75 Å / 冗長度: 12.8 % / Rmerge(I) obs: 1.8 / Mean I/σ(I) obs: 0.96 / Num. unique obs: 6298 / CC1/2: 0.318 / CC star: 0.695 / Rpim(I) all: 1.104 / Rrim(I) all: 1.196 / % possible all: 98.39

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2FN9

2fn9


解像度: 1.69→39.01 Å / SU ML: 0.3135 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.33 / 位相誤差: 32.7574
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2399 2097 3.25 %
Rwork0.2062 62476 -
obs0.2073 64573 99.63 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 43.08 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.69→39.01 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4373 0 0 382 4755
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.0084465
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.89226073
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0569679
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0073796
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d5.8701619
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.69-1.730.55841330.49343946X-RAY DIFFRACTION95.44
1.73-1.770.44331380.40944102X-RAY DIFFRACTION99.84
1.77-1.820.40611380.36694112X-RAY DIFFRACTION99.95
1.82-1.870.37921390.33314141X-RAY DIFFRACTION99.93
1.87-1.930.26721380.30344121X-RAY DIFFRACTION99.91
1.93-20.26781390.28294137X-RAY DIFFRACTION99.98
2-2.080.28971390.24344156X-RAY DIFFRACTION99.95
2.08-2.180.31741400.23494166X-RAY DIFFRACTION99.93
2.18-2.290.26161390.22474133X-RAY DIFFRACTION99.95
2.29-2.440.25211400.21144179X-RAY DIFFRACTION99.98
2.44-2.620.30141400.21374182X-RAY DIFFRACTION100
2.62-2.890.25761410.21364194X-RAY DIFFRACTION100
2.89-3.30.25781420.19774230X-RAY DIFFRACTION100
3.3-4.160.19191430.16194252X-RAY DIFFRACTION100
4.16-39.010.16941480.16354425X-RAY DIFFRACTION99.52
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
11.400184626640.2851164237360.2398967325481.706593400110.3161953153322.85083486433-0.0747360498730.02277106296980.1737695027940.0552824404644-0.074138859986-0.21368535219-0.6529585141860.0617726413841-0.04532702969230.516234745866-0.0207513813372-0.05124396117830.238555692681-0.02530691377630.313114676928-11.28237803068.50067884088-29.4871530141
22.870224184730.7666562729470.1009641817841.420752109680.3230606068711.494980859360.167330226721-0.00995587497811-0.5000062068590.0395904214592-0.013787379944-0.6046436508330.06718735230750.387314814053-0.1084043468780.5669831884540.0244646847405-0.0700730318640.358849052102-0.0669962802830.5140124378643.73231129611.1019887392-19.1622181801
31.125406350260.1761191740810.07858445011741.245550771120.7527109876252.685722307830.0569605058145-0.0906332459755-0.2360830484630.162834047926-0.151871926490.06121895821820.565070350331-0.4452674618360.1657443299490.474120581544-0.08499946213750.01356088765040.3566664084830.02065585859050.278700815405-25.8064323409-8.81211619338-11.5082475915
40.776631629916-0.108016402329-0.8207310762591.39081295481.192964090873.016370469150.0484561272555-0.0459251724377-0.0117200591611-0.0495046667347-0.1032058972940.132246498682-0.188211700444-0.1062644913850.02715258591960.2758692764150.024797820527-0.04411352637060.2313546618610.0008466275754910.214736525984-23.928115840710.6111864089-0.360792319804
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11(chain 'A' and resid 2 through 126)AA2 - 1261 - 125
22(chain 'B' and resid 16 through 176)BB16 - 1761 - 161
33(chain 'C' and resid 1 through 123)CC1 - 1231 - 123
44(chain 'D' and resid 11 through 175)DD11 - 1751 - 165

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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