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- PDB-7ptf: Pseudomonas aeruginosa DNA gyrase B 24kDa ATPase subdomain comple... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ptf
タイトルPseudomonas aeruginosa DNA gyrase B 24kDa ATPase subdomain complexed with novobiocin
要素DNA gyrase subunit B
キーワードDNA BINDING PROTEIN / DNA gyrase / GyrB / inhibitor / antibacterial / isomerase
機能・相同性
機能・相同性情報


DNA topoisomerase type II (double strand cut, ATP-hydrolyzing) activity / DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing) / DNA topological change / DNA-templated DNA replication / chromosome / DNA binding / ATP binding / metal ion binding / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 ...: / GyrB, hook / DNA gyrase subunit B insert domain / DNA gyrase B subunit insert domain / DNA gyrase subunit B, TOPRIM domain / DNA gyrase, subunit B / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B / DNA gyrase B subunit, C-terminal / DNA gyrase B subunit, carboxyl terminus / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, domain 2 / DNA gyrase B / DNA topoisomerase, type IIA / DNA topoisomerase, type IIA, conserved site / DNA topoisomerase II signature. / TopoisomeraseII / DNA topoisomerase, type IIA, subunit B, C-terminal / Toprim domain / DNA topoisomerase, type IIA-like domain superfamily / Toprim domain profile. / TOPRIM domain / Histidine kinase-, DNA gyrase B-, and HSP90-like ATPase / Histidine kinase-like ATPases / Histidine kinase/HSP90-like ATPase / Histidine kinase/HSP90-like ATPase superfamily / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold, subgroup / Ribosomal protein S5 domain 2-type fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NOVOBIOCIN / DNA gyrase subunit B
類似検索 - 構成要素
生物種Pseudomonas aeruginosa (緑膿菌)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.32 Å
データ登録者Cotman, A.E. / Zega, A. / Zidar, N. / Ilas, J. / Tomasic, T. / Masic, L.P. / Mundy, J.E.A. / Stevenson, C.E.M. / Burton, N. / Lawson, D.M. ...Cotman, A.E. / Zega, A. / Zidar, N. / Ilas, J. / Tomasic, T. / Masic, L.P. / Mundy, J.E.A. / Stevenson, C.E.M. / Burton, N. / Lawson, D.M. / Maxwell, A. / Kikelj, D.
資金援助 英国, 2件
組織認可番号国
European Communitys Seventh Framework Programme115583 英国
Biotechnology and Biological Sciences Research Council (BBSRC)BB/P012523/1 英国
引用ジャーナル: J.Med.Chem. / 年: 2023
タイトル: Discovery and Hit-to-Lead Optimization of Benzothiazole Scaffold-Based DNA Gyrase Inhibitors with Potent Activity against Acinetobacter baumannii and Pseudomonas aeruginosa.
著者: Cotman, A.E. / Durcik, M. / Benedetto Tiz, D. / Fulgheri, F. / Secci, D. / Sterle, M. / Mozina, S. / Skok, Z. / Zidar, N. / Zega, A. / Ilas, J. / Peterlin Masic, L. / Tomasic, T. / Hughes, D. ...著者: Cotman, A.E. / Durcik, M. / Benedetto Tiz, D. / Fulgheri, F. / Secci, D. / Sterle, M. / Mozina, S. / Skok, Z. / Zidar, N. / Zega, A. / Ilas, J. / Peterlin Masic, L. / Tomasic, T. / Hughes, D. / Huseby, D.L. / Cao, S. / Garoff, L. / Berruga Fernandez, T. / Giachou, P. / Crone, L. / Simoff, I. / Svensson, R. / Birnir, B. / Korol, S.V. / Jin, Z. / Vicente, F. / Ramos, M.C. / de la Cruz, M. / Glinghammar, B. / Lenhammar, L. / Henderson, S.R. / Mundy, J.E.A. / Maxwell, A. / Stevenson, C.E.M. / Lawson, D.M. / Janssen, G.V. / Sterk, G.J. / Kikelj, D.
履歴
登録2021年9月27日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年4月19日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.22024年2月7日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim
Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: DNA gyrase subunit B
B: DNA gyrase subunit B
C: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)75,8829
ポリマ－73,6123
非ポリマー2,2696
水11,566642
1
A: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,2683
ポリマ－24,5371
非ポリマー7312
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,4634
ポリマ－24,5371
非ポリマー9263
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
3
C: DNA gyrase subunit B
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)25,1502
ポリマ－24,5371
非ポリマー6131
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)62.657, 47.391, 110.626
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 99.490, 90.000
Int Tables number4
Space group name H-MP1211
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
11A
21B
12A
22C
13B
23C

NCSドメイン領域:

Component-ID: _ / Refine code: _

Dom-IDEns-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11SERSERTYRTYRAA10 - 21910 - 219
21SERSERTYRTYRBB10 - 21910 - 219
12GLYGLYGLUGLUAA17 - 22017 - 220
22GLYGLYGLUGLUCC17 - 22017 - 220
13GLYGLYTYRTYRBB17 - 21917 - 219
23GLYGLYTYRTYRCC17 - 21917 - 219

NCSアンサンブル:
ID
1
2
3

-
要素

#1: タンパク質 DNA gyrase subunit B


分子量: 24537.439 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: corresponds to residues 1-221 of full-length wild-type protein
由来: (組換発現) Pseudomonas aeruginosa (strain ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1) (緑膿菌)
株: ATCC 15692 / DSM 22644 / CIP 104116 / JCM 14847 / LMG 12228 / 1C / PRS 101 / PAO1
遺伝子: gyrB, PA0004 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌)
参照: UniProt: Q9I7C2, DNA topoisomerase (ATP-hydrolysing)
#2: 化合物 ChemComp-NOV / NOVOBIOCIN / 4-Hydroxy-3-[4-hydroxy-3-(3-methylbut-2-enyl)benzamido]-8-methylcoumarin-7-yl 3-O-carbamoyl-5,5-di-C-methyl-alpha-l-lyxofuranoside / U-6391


分子量: 612.624 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C31H36N2O11 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION / コメント: 抗生剤*YM
#3: 化合物 ChemComp-MRD / (4R)-2-METHYLPENTANE-2,4-DIOL / (4R)-2-メチル-2,4-ペンタンジオ-ル


分子量: 118.174 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H14O2 / コメント: 沈殿剤*YM
#4: 化合物 ChemComp-MES / 2-(N-MORPHOLINO)-ETHANESULFONIC ACID / 2-モルホリノエタンスルホン酸


分子量: 195.237 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C6H13NO4S / コメント: pH緩衝剤*YM
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 642 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 2.2 Å3/Da / 溶媒含有率: 44.2 % / 解説: NULL
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / 詳細: NULL

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I04-1 / 波長: 0.9126 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M-F / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年2月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9126 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.32→109.11 Å / Num. obs: 150584 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.5 % / Biso Wilson estimate: 15.1 Å2 / CC1/2: 0.999 / Rmerge(I) obs: 0.071 / Rpim(I) all: 0.03 / Rrim(I) all: 0.078 / Net I/σ(I): 9.9
反射 シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)冗長度 (%)Rmerge(I) obsNum. measured allNum. unique obsCC1/2Rpim(I) allRrim(I) allNet I/σ(I) obs% possible all
1.32-1.345.41.2493977273680.4740.591.386199.8
7.23-109.1170.025705410050.9990.010.02851.199.9

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
Aimless0.7.4データスケーリング
REFMAC5.8.0267精密化
PDB_EXTRACT3.27データ抽出
DIALSデータ削減
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 4XTJ

4xtj


解像度: 1.32→109.11 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.977 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.97 / SU B: 2.143 / SU ML: 0.038 / SU R Cruickshank DPI: 0.0518 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.052 / ESU R Free: 0.049 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD
詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.1766 7512 5 %RANDOM
Rwork0.1484 ---
obs0.1498 143035 99.93 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso max: 68.21 Å2 / Biso mean: 21.049 Å2 / Biso min: 9.5 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.34 Å20 Å2-0.14 Å2
2--0.41 Å2-0 Å2
3----0.67 Å2
精密化ステップサイクル: final / 解像度: 1.32→109.11 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4882 0 160 658 5700
Biso mean--18.88 34.44 -
残基数----629
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0080.0135498
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0155044
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.3131.6397508
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.4241.58311622
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg5.9455694
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg30.83321.176306
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg11.26115899
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg16.8311545
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0640.2693
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0060.026422
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.021277
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr1.139310542
Refine LS restraints NCS

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / タイプ: interatomic distance / Weight position: 0.05

Ens-IDDom-IDAuth asym-ID数Rms dev position (Å)
11A68940.12
12B68940.12
21A66470.13
22C66470.13
31B66190.12
32C66190.12
LS精密化 シェル解像度: 1.32→1.354 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.302 550 -
Rwork0.289 10554 -
all-11104 -
obs--99.75 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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