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- PDB-7ptb: Crystal structure of the SPD-2 domain of human CEP192 -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ptb
タイトルCrystal structure of the SPD-2 domain of human CEP192
要素Centrosomal protein of 192 kDa
キーワードCELL CYCLE / Centriole / Centrosome / Cell-cycle / Pericentriolar material
機能・相同性
機能・相同性情報


centrosome-templated microtubule nucleation / procentriole / procentriole replication complex / protein localization to centrosome / centrosome cycle / pericentriolar material / centriole replication / mitotic spindle assembly / phosphatase binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes ...centrosome-templated microtubule nucleation / procentriole / procentriole replication complex / protein localization to centrosome / centrosome cycle / pericentriolar material / centriole replication / mitotic spindle assembly / phosphatase binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / centriole / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / AURKA Activation by TPX2 / response to bacterium / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / centrosome / cytoplasm / cytosol
類似検索 - 分子機能
Centrosomal protein Spd-2/CEP192 / : / : / : / : / : / Cep192 domain 1 / Cep192 domain 2 / Cep192 domain 7 / Cep192 domain 8 ...Centrosomal protein Spd-2/CEP192 / : / : / : / : / : / Cep192 domain 1 / Cep192 domain 2 / Cep192 domain 7 / Cep192 domain 8 / Cep192 domain 3 / : / : / : / Cep192 domain 4 / Cep192 domain 5 / Cep192 domain 6 / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
NITRATE ION / Centrosomal protein of 192 kDa
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å
データ登録者Rosa e Silva, I. / van Breugel, M.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MRC - MC_UP_1201/3 英国
引用ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022
タイトル: Structural validation and assessment of AlphaFold2 predictions for centrosomal and centriolar proteins and their complexes.
著者: van Breugel, M. / Rosa E Silva, I. / Andreeva, A.
履歴
登録2021年9月26日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年4月6日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年4月20日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年11月20日Group: Data collection / Structure summary
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature
Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Centrosomal protein of 192 kDa
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)39,5274
ポリマ－39,3411
非ポリマー1863
水2,882160
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: light scattering, SEC MALS suggests a monomeric protein
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area450 Å2
ΔGint3 kcal/mol
Surface area17790 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)104.588, 104.588, 90.214
Angle α, β, γ (deg.)90.00, 90.00, 120.00
Int Tables number169
Space group name H-MP61

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要素

#1: タンパク質 Centrosomal protein of 192 kDa / Cep192 / Cep192/SPD-2


分子量: 39340.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
詳細: The GP residues on the N-terminus were left after PreScission protease cleavage.
由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP192, KIAA1569, PP8407 / 細胞株 (発現宿主): Sf9
発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ)
参照: UniProt: Q8TEP8
#2: 化合物 ChemComp-NO3 / NITRATE ION


分子量: 62.005 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: NO3
#3: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 160 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかN
Has protein modificationY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 %
結晶化温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法
詳細: 100 nl protein solution and 100 nl of reservoir solution which was 0.1 M Na-Acetate pH 5.3, 3.9 M ammonium ni-trate. Crystals were mounted in 0.1 M Na-Acetate pH 4.6, 1 M ammonium nitrate, 30% glycerol.

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データ収集

回折平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97835 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.97835 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.08→90.6 Å / Num. obs: 33669 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 19.7
反射 シェル解像度: 2.08→2.14 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique obs: 32002 / Rpim(I) all: 0.357 / % possible all: 100

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
REFMAC5.8.0267精密化
PHENIX1.18精密化
iMOSFLMデータ削減
Aimlessデータスケーリング
CRANK2位相決定
精密化構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→90.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.086 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
Rfactor反射数%反射Selection details
Rfree0.22364 1629 4.8 %RANDOM
Rwork0.21197 ---
obs0.21252 32002 99.99 %-
溶媒の処理イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK
原子変位パラメータBiso mean: 45.671 Å2
Baniso -1Baniso -2Baniso -3
1-0.32 Å20.16 Å20 Å2
2--0.32 Å2-0 Å2
3----1.03 Å2
精密化ステップサイクル: 1 / 解像度: 2.08→90.58 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数2516 0 12 160 2688
拘束条件
Refine-IDタイプDev idealDev ideal target数
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_refined_d0.0020.0132626
X-RAY DIFFRACTIONr_bond_other_d0.0010.0172594
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_refined_deg1.1711.6483553
X-RAY DIFFRACTIONr_angle_other_deg1.0291.5795979
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_1_deg6.7025334
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_2_deg32.09721.857140
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_3_deg12.00915481
X-RAY DIFFRACTIONr_dihedral_angle_4_deg13.4371521
X-RAY DIFFRACTIONr_chiral_restr0.0360.2346
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_refined0.0020.022969
X-RAY DIFFRACTIONr_gen_planes_other0.0010.02621
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTIONr_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_it1.2634.7761285
X-RAY DIFFRACTIONr_mcbond_other1.2644.7731284
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_it2.3437.1551609
X-RAY DIFFRACTIONr_mcangle_other2.3437.1581610
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_it0.94.9491341
X-RAY DIFFRACTIONr_scbond_other0.8984.9481333
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_it
X-RAY DIFFRACTIONr_scangle_other1.6737.3581927
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_refined4.55253.6172654
X-RAY DIFFRACTIONr_long_range_B_other4.36753.4262624
X-RAY DIFFRACTIONr_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTIONr_sphericity_bonded
LS精密化 シェル解像度: 2.082→2.136 Å / Total num. of bins used: 20
Rfactor反射数%反射
Rfree0.311 103 -
Rwork0.287 2368 -
obs--99.92 %

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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