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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ptb | ||||||
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タイトル | Crystal structure of the SPD-2 domain of human CEP192 | ||||||
要素 | Centrosomal protein of 192 kDa | ||||||
キーワード | CELL CYCLE / Centriole / Centrosome / Cell-cycle / Pericentriolar material | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 centrosome-templated microtubule nucleation / procentriole / procentriole replication complex / protein localization to centrosome / pericentriolar material / centriole replication / mitotic spindle assembly / phosphatase binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome ...centrosome-templated microtubule nucleation / procentriole / procentriole replication complex / protein localization to centrosome / pericentriolar material / centriole replication / mitotic spindle assembly / phosphatase binding / Loss of Nlp from mitotic centrosomes / Loss of proteins required for interphase microtubule organization from the centrosome / Recruitment of mitotic centrosome proteins and complexes / Recruitment of NuMA to mitotic centrosomes / Anchoring of the basal body to the plasma membrane / centriole / AURKA Activation by TPX2 / response to bacterium / Regulation of PLK1 Activity at G2/M Transition / centrosome / protein kinase binding / cytosol / cytoplasm 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Homo sapiens (ヒト) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 単波長異常分散 / 解像度: 2.08 Å | ||||||
データ登録者 | Rosa e Silva, I. / van Breugel, M. | ||||||
資金援助 | 英国, 1件
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引用 | ジャーナル: Commun Biol / 年: 2022 タイトル: Structural validation and assessment of AlphaFold2 predictions for centrosomal and centriolar proteins and their complexes. 著者: van Breugel, M. / Rosa E Silva, I. / Andreeva, A. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ptb.cif.gz | 80.1 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ptb.ent.gz | 61.4 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ptb.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ptb_validation.pdf.gz | 438.4 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ptb_full_validation.pdf.gz | 440.9 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ptb_validation.xml.gz | 14.9 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ptb_validation.cif.gz | 20.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptb ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pt/7ptb | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 7pt5C C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 39340.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 詳細: The GP residues on the N-terminus were left after PreScission protease cleavage. 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CEP192, KIAA1569, PP8407 / 細胞株 (発現宿主): Sf9 発現宿主: Spodoptera frugiperda (ツマジロクサヨトウ) 参照: UniProt: Q8TEP8 | ||||
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#2: 化合物 | #3: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.64 Å3/Da / 溶媒含有率: 66.19 % |
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結晶化 | 温度: 292.15 K / 手法: 蒸気拡散法 詳細: 100 nl protein solution and 100 nl of reservoir solution which was 0.1 M Na-Acetate pH 5.3, 3.9 M ammonium ni-trate. Crystals were mounted in 0.1 M Na-Acetate pH 4.6, 1 M ammonium nitrate, 30% glycerol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 80 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I24 / 波長: 0.97835 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年5月9日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97835 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.08→90.6 Å / Num. obs: 33669 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 18.6 % / Rpim(I) all: 0.024 / Net I/σ(I): 19.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.08→2.14 Å / 冗長度: 2.5 % / Num. unique obs: 32002 / Rpim(I) all: 0.357 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 単波長異常分散 / 解像度: 2.08→90.58 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.948 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.946 / SU B: 4.086 / SU ML: 0.105 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 0.162 / ESU R Free: 0.138 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 45.671 Å2
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精密化ステップ | サイクル: 1 / 解像度: 2.08→90.58 Å
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拘束条件 |
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