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- PDB-7psu: Structure of protein kinase CK2alpha mutant K198R associated with... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7psu
タイトルStructure of protein kinase CK2alpha mutant K198R associated with the Okur-Chung Neurodevelopmental Syndrome
要素Casein kinase II subunit alpha
キーワードTRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2 / CSNK2A1 mutant K198R / Okur-Chung Neurodevelopmental Syndrome
機能・相同性
機能・相同性情報


regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Synthesis of PC / Sin3-type complex / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / negative regulation of signal transduction by p53 class mediator / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / : / negative regulation of proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / Hsp90 protein binding / PML body / Regulation of PTEN stability and activity / Wnt signaling pathway / positive regulation of protein catabolic process / kinase activity / KEAP1-NFE2L2 pathway / rhythmic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / double-strand break repair / positive regulation of cell growth / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / negative regulation of translation / protein stabilization / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / positive regulation of cell population proliferation / apoptotic process / DNA damage response / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol
類似検索 - 分子機能
Casein Kinase 2, subunit alpha / Serine/threonine-protein kinase, active site / Serine/Threonine protein kinases active-site signature. / Protein kinase domain / Serine/Threonine protein kinases, catalytic domain / Protein kinase, ATP binding site / Protein kinases ATP-binding region signature. / Protein kinase domain profile. / Protein kinase domain / Protein kinase-like domain superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Casein kinase II subunit alpha
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 1.77 Å
データ登録者Werner, C. / Gast, A. / Lindenblatt, D. / Nickelsen, K. / Niefind, K. / Jose, J. / Hochscherf, J.
資金援助 ドイツ, 1件
組織認可番号国
German Research Foundation (DFG)NI 643/4-2 ドイツ
引用ジャーナル: Front Mol Biosci / 年: 2022
タイトル: Structural and Enzymological Evidence for an Altered Substrate Specificity in Okur-Chung Neurodevelopmental Syndrome Mutant CK2 alpha Lys198Arg.
著者: Werner, C. / Gast, A. / Lindenblatt, D. / Nickelsen, A. / Niefind, K. / Jose, J. / Hochscherf, J.
履歴
登録2021年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年3月23日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年5月4日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID / _citation_author.name
改定 1.22024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Casein kinase II subunit alpha
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)96,31022
ポリマ－94,8162
非ポリマー1,49420
水11,998666
1
A: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,23412
ポリマ－47,4081
非ポリマー82611
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
2
B: Casein kinase II subunit alpha
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)48,07610
ポリマ－47,4081
非ポリマー6689
水181
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
単位格子
Length a, b, c (Å)127.824, 127.824, 123.180
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number96
Space group name H-MP43212
Space group name HallP4nw2abw
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y+1/2,x+1/2,z+3/4
#3: y+1/2,-x+1/2,z+1/4
#4: x+1/2,-y+1/2,-z+1/4
#5: -x+1/2,y+1/2,-z+3/4
#6: -x,-y,z+1/2
#7: y,x,-z
#8: -y,-x,-z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID詳細
d_1ens_1(chain "A" and (resid 2 through 220 or resid 222 through 333 or resid 401 through 404))
d_2ens_1(chain "B" and (resid 2 through 220 or resid 222 through 333 or resid 402 through 405))

NCSドメイン領域:
Dom-IDComponent-IDEns-IDBeg label comp-IDEnd label comp-IDLabel asym-IDLabel seq-ID
d_11ens_1SERCYSA1 - 219
d_12ens_1LEUARGA221 - 332
d_13ens_1EDOEDOB
d_14ens_1EDOEDOC
d_15ens_1EDOEDOD
d_16ens_1EDOEDOE
d_21ens_1SERCYSG1 - 219
d_22ens_1LEUARGG221 - 332
d_23ens_1EDOEDOH
d_24ens_1EDOEDOI
d_25ens_1EDOEDOJ
d_26ens_1EDOEDOK

NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.008050919572, -0.997033362091, 0.0765484001891), (0.999967353957, 0.0080799830039, 6.99672190945E-5), (-0.000688269424194, 0.0765453378863, 0.99706586419)ベクター: ...NCS oper: (Code: given
Matrix: (0.008050919572, -0.997033362091, 0.0765484001891), (0.999967353957, 0.0080799830039, 6.99672190945E-5), (-0.000688269424194, 0.0765453378863, 0.99706586419)
ベクター: -64.513990966, -62.1681353152, 32.71122664)

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要素

#1: タンパク質 Casein kinase II subunit alpha / CK II alpha


分子量: 47407.930 Da / 分子数: 2 / 変異: K198R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: CSNK2A1, CK2A1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase
#2: 化合物
ChemComp-EDO / 1,2-ETHANEDIOL / ETHYLENE GLYCOL


分子量: 62.068 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: C2H6O2
#3: 化合物
ChemComp-SO4 / SULFATE ION


分子量: 96.063 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 合成 / 式: SO4 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#4: 化合物 ChemComp-CL / CHLORIDE ION


分子量: 35.453 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Cl
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 666 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: The crystallization drops were composed of a 1:1 mix of the protein solution (5 mg/mL in 500 mM NaCl, 25 mM TRIS/HCl buffer, pH 8,5) and the reservoir solution containing [0.2 M lithium ...詳細: The crystallization drops were composed of a 1:1 mix of the protein solution (5 mg/mL in 500 mM NaCl, 25 mM TRIS/HCl buffer, pH 8,5) and the reservoir solution containing [0.2 M lithium sulfate, 25 % (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis/TRIS/HCl, pH 6.5]. The crystals were optimized by macroseeding and transferred into a cryo-protectant solution composed of 70 microliter of the reservoir solution and 30 microliter ethylene glycol.

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID23-2 / 波長: 0.87313 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.87313 Å / 相対比: 1
反射解像度: 1.774→88.698 Å / Num. obs: 65649 / % possible obs: 66.5 % / 冗長度: 44.4 % / Biso Wilson estimate: 3.97 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.587 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.594 / Rsym value: 0.587 / Net I/σ(I): 18.1
反射 シェル解像度: 1.774→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 2.814 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3280 / CC1/2: 0.709 / Rpim(I) all: 0.448 / Rrim(I) all: 2.85 / Rsym value: 2.814 / % possible all: 12

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.19.2_4158精密化
autoPROCdata processing
autoPROCデータ削減
STARANISO2.3.73データスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 2PVR

2pvr


解像度: 1.77→50.9 Å / SU ML: 0.1676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.2961
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2183 1332 2.03 %
Rwork0.1802 64295 -
obs0.1809 65627 66.51 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 20.22 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 1.77→50.9 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数5612 0 83 666 6361
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00385834
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.64747877
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0465809
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00671008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d11.59782196
Refine LS restraints NCSタイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.60761872272 Å
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
1.77-1.8400.2662392X-RAY DIFFRACTION4.04
1.84-1.910.3267270.23451123X-RAY DIFFRACTION11.81
1.91-20.2389510.21852268X-RAY DIFFRACTION23.72
2-2.10.2662860.2054114X-RAY DIFFRACTION43.09
2.1-2.240.23541660.20267635X-RAY DIFFRACTION79.72
2.24-2.410.23711780.19279613X-RAY DIFFRACTION99.76
2.41-2.650.23632080.18519622X-RAY DIFFRACTION99.85
2.65-3.030.18932130.17499674X-RAY DIFFRACTION99.97
3.03-3.820.19861690.15619806X-RAY DIFFRACTION99.98
3.82-50.90.20342340.168910048X-RAY DIFFRACTION99.14
精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDL11 (°2)L12 (°2)L13 (°2)L22 (°2)L23 (°2)L33 (°2)S11 (Å °)S12 (Å °)S13 (Å °)S21 (Å °)S22 (Å °)S23 (Å °)S31 (Å °)S32 (Å °)S33 (Å °)T11 (Å2)T12 (Å2)T13 (Å2)T22 (Å2)T23 (Å2)T33 (Å2)Origin x (Å)Origin y (Å)Origin z (Å)
10.978606869786-0.3242977424420.1013180447470.658016039012-0.007354061615680.8952512251420.0449473286609-0.0569042709894-0.01045138101090.0100665744301-0.0324930803765-0.02910379609120.03841021526270.128342216626-0.01864435973650.06060607383930.02159431886020.007727260480530.0801683736042-0.03095268593360.05315229856951.83136200068-48.693962946815.1865270831
20.260133442392-0.595334177554-0.1446381347481.609848053580.3224553360770.080162990433-0.214695596733-0.5678770857040.1725280849740.905457656808-0.04111889036150.5214118298830.0429108133859-0.3008804696350.235158194410.4521905580060.07776111164880.04606971308440.537212360183-0.1630834844970.3010809137731.50389236304-39.050195897831.4402625826
30.152311851652-0.0504576598796-0.08575964097460.3439458046370.1103167232150.255660935253-0.00400568472036-0.1860273750050.1409416081050.135319747590.08092540965230.0591901183911-0.0563355699804-0.03833551394980.1842354607950.05341723007950.1411737730140.07456450073460.124237251755-0.09795401219640.0738794220237-17.5429612213-38.271704496125.5639532421
40.3231902063540.326222652030.03357255105950.7405918099970.5422222477640.965101891055-0.07342350009330.0556698008169-0.0239375252726-0.1112243043020.129762123309-0.133395861924-0.1259407395840.110938998762-0.03743329003330.126542928259-0.02283830125130.01003260613830.0763387577458-0.01143690853690.0500846869929-16.7696835475-66.166806328238.7995924552
53.93934623759-0.355377163375-0.6354100718453.838556316640.9497618641554.01829717402-0.0363061346909-0.1655869557050.06785118048240.181222573656-0.0381389562620.118545493631-0.0955756402302-0.1481700902720.0439986641460.0871020047686-0.0433833952337-0.0363611406140.0869541041365-0.02621387514220.0804625018118-12.4096489294-54.365102354453.2012230487
60.746768381627-0.297446357351-0.03034382756210.897029788995-0.03214606354840.665967349729-0.00409299336049-0.008978566278760.09862394136610.0142082537993-0.0122395778413-0.131829697181-0.09191144277610.1280914878370.01336697202040.048266451397-0.03474683436220.01777883488650.0329372917383-0.003706803281690.030777573818-14.3726512159-59.313940783643.588973868
70.5957339631260.426192711904-0.4580860090750.610932463662-0.4383783533970.3919078904960.141008472019-0.3431511299490.09021840578070.262531269597-0.099866580970.0451383831653-0.1362722733830.162593903226-0.03523366871130.100116315785-0.03726852059610.03942456633040.15884482416-0.01214830485560.0774435051774-28.1178226971-65.711826622457.0805856851
80.6482336796640.399874457803-0.04138189840490.690206250833-0.1700899799960.8340290477240.057888221682-0.103166867062-0.0507008979420.0961969118895-0.0351584479336-0.0485323286706-0.03373728121370.007841619462830.01450366167130.038187462722-0.0345949118877-9.74271816557E-50.04277830861790.008419908166310.0439672968666-20.4080146525-74.597250824151.3735025391
92.88645303261-0.9304970605382.325481704862.05534534666-0.5946411737223.59218906679-0.01844600932740.03177684726530.03088195597870.1420595200620.00478328554146-0.0944946513762-0.0512984983260.1645243892410.04029393718150.133331438554-0.0530302093602-0.0523145618140.1435057804360.05828057736940.075215090785-16.9018095347-84.362633540763.8093109208
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110.9083205672060.262283924023-0.639872472790.505387640249-0.3539781266881.119491339580.0625974454779-0.03538732034750.08774866560450.0968160882340.02887238832490.142653811455-0.0732687710786-0.0877614637755-0.1123065302730.106638520119-0.09174206209260.01636438219930.1258183535770.04832948249480.091540660355-34.7705942303-80.37969626558.3053528524
精密化 TLSグループ

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

IDRefine TLS-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11chain 'A' and (resid 2 through 108 )AA2 - 1081 - 107
22chain 'A' and (resid 109 through 129 )AA109 - 129108 - 128
33chain 'A' and (resid 130 through 333 )AA130 - 333129 - 332
44chain 'B' and (resid 2 through 44 )BG2 - 441 - 43
55chain 'B' and (resid 45 through 74 )BG45 - 7444 - 73
66chain 'B' and (resid 75 through 108 )BG75 - 10874 - 107
77chain 'B' and (resid 109 through 149 )BG109 - 149108 - 148
88chain 'B' and (resid 150 through 227 )BG150 - 227149 - 226
99chain 'B' and (resid 228 through 249 )BG228 - 249227 - 248
1010chain 'B' and (resid 250 through 280 )BG250 - 280249 - 279
1111chain 'B' and (resid 281 through 333 )BG281 - 333280 - 332

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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