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基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7psu | ||||||
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タイトル | Structure of protein kinase CK2alpha mutant K198R associated with the Okur-Chung Neurodevelopmental Syndrome | ||||||
![]() | Casein kinase II subunit alpha | ||||||
![]() | TRANSFERASE / protein kinase CK2 / casein kinase 2 / CSNK2A1 mutant K198R / Okur-Chung Neurodevelopmental Syndrome | ||||||
機能・相同性 | ![]() regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known ...regulation of chromosome separation / positive regulation of aggrephagy / WNT mediated activation of DVL / Condensation of Prometaphase Chromosomes / protein kinase CK2 complex / symbiont-mediated disruption of host cell PML body / Receptor Mediated Mitophagy / Sin3-type complex / Synthesis of PC / RUNX1 interacts with co-factors whose precise effect on RUNX1 targets is not known / Maturation of hRSV A proteins / negative regulation of apoptotic signaling pathway / positive regulation of Wnt signaling pathway / negative regulation of double-strand break repair via homologous recombination / chaperone-mediated protein folding / negative regulation of ubiquitin-dependent protein catabolic process / Signal transduction by L1 / peptidyl-threonine phosphorylation / Hsp90 protein binding / negative regulation of cysteine-type endopeptidase activity involved in apoptotic process / PML body / Wnt signaling pathway / Regulation of PTEN stability and activity / positive regulation of protein catabolic process / Cooperation of PDCL (PhLP1) and TRiC/CCT in G-protein beta folding / KEAP1-NFE2L2 pathway / double-strand break repair / rhythmic process / kinase activity / positive regulation of cell growth / peptidyl-serine phosphorylation / Regulation of TP53 Activity through Phosphorylation / protein stabilization / negative regulation of translation / non-specific serine/threonine protein kinase / regulation of cell cycle / cell cycle / protein phosphorylation / protein serine kinase activity / protein serine/threonine kinase activity / apoptotic process / DNA damage response / positive regulation of cell population proliferation / signal transduction / nucleoplasm / ATP binding / identical protein binding / nucleus / plasma membrane / cytosol 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | ![]() | ||||||
手法 | ![]() ![]() ![]() | ||||||
![]() | Werner, C. / Gast, A. / Lindenblatt, D. / Nickelsen, K. / Niefind, K. / Jose, J. / Hochscherf, J. | ||||||
資金援助 | ![]()
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![]() | ![]() タイトル: Structural and Enzymological Evidence for an Altered Substrate Specificity in Okur-Chung Neurodevelopmental Syndrome Mutant CK2 alpha Lys198Arg. 著者: Werner, C. / Gast, A. / Lindenblatt, D. / Nickelsen, A. / Niefind, K. / Jose, J. / Hochscherf, J. | ||||||
履歴 |
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構造の表示
構造ビューア | 分子: ![]() ![]() |
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ダウンロードとリンク
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ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | ![]() | 368.7 KB | 表示 | ![]() |
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PDB形式 | ![]() | 248.1 KB | 表示 | ![]() |
PDBx/mmJSON形式 | ![]() | ツリー表示 | ![]() | |
その他 | ![]() |
-検証レポート
文書・要旨 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | ![]() |
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文書・詳細版 | ![]() | 3.9 MB | 表示 | |
XML形式データ | ![]() | 32.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | ![]() | 49.2 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | ![]() ![]() | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | ![]() 2pvrS S: 精密化の開始モデル |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性 ![]() |
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リンク
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集合体
登録構造単位 | ![]()
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1 | ![]()
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2 | ![]()
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単位格子 |
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非結晶学的対称性 (NCS) | NCSドメイン:
NCSドメイン領域:
NCS oper: (Code: givenMatrix: (0.008050919572, -0.997033362091, 0.0765484001891), (0.999967353957, 0.0080799830039, 6.99672190945E-5), (-0.000688269424194, 0.0765453378863, 0.99706586419)ベクター: ...NCS oper: (Code: given Matrix: (0.008050919572, -0.997033362091, 0.0765484001891), ベクター: |
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要素
#1: タンパク質 | 分子量: 47407.930 Da / 分子数: 2 / 変異: K198R / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) ![]() ![]() ![]() 参照: UniProt: P68400, non-specific serine/threonine protein kinase #2: 化合物 | ChemComp-EDO / #3: 化合物 | ChemComp-SO4 / #4: 化合物 | #5: 水 | ChemComp-HOH / | 研究の焦点であるリガンドがあるか | Y | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: ![]() |
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試料調製
結晶 | マシュー密度: 3.16 Å3/Da / 溶媒含有率: 61.11 % |
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結晶化 | 温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 詳細: The crystallization drops were composed of a 1:1 mix of the protein solution (5 mg/mL in 500 mM NaCl, 25 mM TRIS/HCl buffer, pH 8,5) and the reservoir solution containing [0.2 M lithium ...詳細: The crystallization drops were composed of a 1:1 mix of the protein solution (5 mg/mL in 500 mM NaCl, 25 mM TRIS/HCl buffer, pH 8,5) and the reservoir solution containing [0.2 M lithium sulfate, 25 % (w/v) PEG 3350 and 0.1 M Bis/TRIS/HCl, pH 6.5]. The crystals were optimized by macroseeding and transferred into a cryo-protectant solution composed of 70 microliter of the reservoir solution and 30 microliter ethylene glycol. |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: ![]() ![]() ![]() |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS3 X 2M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年4月10日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.87313 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 1.774→88.698 Å / Num. obs: 65649 / % possible obs: 66.5 % / 冗長度: 44.4 % / Biso Wilson estimate: 3.97 Å2 / CC1/2: 0.99 / Rmerge(I) obs: 0.587 / Rpim(I) all: 0.087 / Rrim(I) all: 0.594 / Rsym value: 0.587 / Net I/σ(I): 18.1 |
反射 シェル | 解像度: 1.774→1.98 Å / Rmerge(I) obs: 2.814 / Mean I/σ(I) obs: 1.8 / Num. unique obs: 3280 / CC1/2: 0.709 / Rpim(I) all: 0.448 / Rrim(I) all: 2.85 / Rsym value: 2.814 / % possible all: 12 |
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解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: ![]() 開始モデル: 2PVR 解像度: 1.77→50.9 Å / SU ML: 0.1676 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.35 / 位相誤差: 19.2961 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 20.22 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 1.77→50.9 Å
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拘束条件 |
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Refine LS restraints NCS | タイプ: Torsion NCS / Rms dev position: 2.60761872272 Å | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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精密化 TLSグループ | Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION
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