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- PDB-7psp: Crystal structure of S100A4 labeled with NU000846b. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7psp
タイトルCrystal structure of S100A4 labeled with NU000846b.
要素Protein S100-A4
キーワードCYTOSOLIC PROTEIN / Covalent inhibitor / Protein labeling / calcium-binding protein / S100-protein family.
機能・相同性
機能・相同性情報


RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm ...RAGE receptor binding / chemoattractant activity / transition metal ion binding / epithelial to mesenchymal transition / calcium-dependent protein binding / actin binding / positive regulation of canonical NF-kappaB signal transduction / collagen-containing extracellular matrix / calcium ion binding / perinuclear region of cytoplasm / RNA binding / extracellular space / extracellular exosome / extracellular region / nucleoplasm / identical protein binding / nucleus / cytosol
類似検索 - 分子機能
S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. ...S-100 / S-100/ICaBP type calcium binding protein signature. / S100/Calcium binding protein 7/8-like, conserved site / S100/CaBP-9k-type, calcium binding, subdomain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / S-100/ICaBP type calcium binding domain / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-85Q / Protein S100-A4
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.61 Å
データ登録者Giroud, C. / Szommer, T. / Coxon, C. / Monteiro, O. / Christott, T. / Bennett, J. / Aitmakhanova, K. / Raux, B. / Newman, J. / Elkins, J. ...Giroud, C. / Szommer, T. / Coxon, C. / Monteiro, O. / Christott, T. / Bennett, J. / Aitmakhanova, K. / Raux, B. / Newman, J. / Elkins, J. / Arruda Bezerra, G. / Krojer, T. / Koekemoer, L. / Von Delft, F. / Bountr, C. / Brennan, P. / Fedorov, O.
資金援助 スイス, 1件
組織認可番号国
Innovative Medicines Initiative115766 スイス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: Crystal structure of S100A4 labeled with NU000846b.
著者: Giroud, C.
履歴
登録2021年9月23日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年10月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Protein S100-A4
B: Protein S100-A4
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)29,5418
ポリマ－28,6262
非ポリマー9156
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: gel filtration
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area2650 Å2
ΔGint-53 kcal/mol
Surface area11500 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)109.540, 109.540, 89.870
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 120.000
Int Tables number181
Space group name H-MP6422
Space group name HallP642(x,y,z+1/6)
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: x-y,x,z+2/3
#3: y,-x+y,z+1/3
#4: -y,x-y,z+1/3
#5: -x+y,-x,z+2/3
#6: x-y,-y,-z
#7: -x,-x+y,-z+2/3
#8: -x,-y,z
#9: y,x,-z+1/3
#10: -y,-x,-z+1/3
#11: -x+y,y,-z
#12: x,x-y,-z+2/3

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要素

#1: タンパク質 Protein S100-A4 / Calvasculin / Metastasin / Placental calcium-binding protein / Protein Mts1 / S100 calcium-binding protein A4


分子量: 14313.247 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: S100A4, CAPL, MTS1
発現宿主: Escherichia coli 'BL21-Gold(DE3)pLysS AG' (大腸菌)
参照: UniProt: P26447
#2: 化合物 ChemComp-85Q / (2R,4R)-1-(2-chloranylethanoyl)-N-(3-chlorophenyl)-4-phenyl-pyrrolidine-2-carboxamide


分子量: 377.264 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: C19H18Cl2N2O2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物
ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
#4: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

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試料調製

結晶マシュー密度: 3 Å3/Da / 溶媒含有率: 59.02 %
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法
詳細: Labelled protein in 3M sodium chloride, 0.1M citrate, pH 3.5

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データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: Diamond / ビームライン: I03 / 波長: 0.979 Å
検出器タイプ: DECTRIS EIGER2 X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年11月24日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.979 Å / 相対比: 1
反射解像度: 2.61→65.2 Å / Num. obs: 18350 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 1.8 % / Biso Wilson estimate: 87.32 Å2 / CC1/2: 1 / Rmerge(I) obs: 0.074 / Rpim(I) all: 0.018 / Rrim(I) all: 0.076 / Net I/av σ(I): 1 / Net I/σ(I): 0.1467
反射 シェル解像度: 2.61→2.68 Å / Num. unique obs: 10160 / CC1/2: 1

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.18.2_3874精密化
PHENIX位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 3C1V

3c1v


解像度: 2.61→54.77 Å / SU ML: 0.3732 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 40.4193
立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2857 889 4.84 %
Rwork0.2453 17461 -
obs0.2473 18350 99.93 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 99.96 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 2.61→54.77 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数1483 0 67 2 1552
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00181586
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.51972139
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0342229
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.0017281
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d20.4269612
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
2.61-2.770.42351270.36962926X-RAY DIFFRACTION100
2.77-2.990.34281330.31332918X-RAY DIFFRACTION99.97
2.99-3.290.3971460.36332921X-RAY DIFFRACTION99.97
3.29-3.760.3061580.27182899X-RAY DIFFRACTION100
3.76-4.740.25231550.22772906X-RAY DIFFRACTION99.97
4.74-54.770.26881700.20712891X-RAY DIFFRACTION99.71

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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