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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7ps8 | ||||||||||||||||||||||||||||
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タイトル | NMR Structure of the U3 RNA G-quadruplex | ||||||||||||||||||||||||||||
要素 | RNA (5'-R(*キーワード | VIRUS / HIV-1 | 機能・相同性 | : / RNA / RNA (> 10) | 機能・相同性情報 生物種 | HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) | 手法 | 溶液NMR / simulated annealing | データ登録者 | Marquevielle, J. / Amrane, S. | 資金援助 | フランス, 1件 |
引用 | ジャーナル: To Be Published | タイトル: NMR Structure of the U3 RNA G-quadruplex 著者: Marquevielle, J. / Amrane, S. 履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7ps8.cif.gz | 153 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7ps8.ent.gz | 124.2 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7ps8.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7ps8_validation.pdf.gz | 360.9 KB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7ps8_full_validation.pdf.gz | 433.6 KB | 表示 | |
XML形式データ | 7ps8_validation.xml.gz | 11.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7ps8_validation.cif.gz | 16.8 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7ps8 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/ps/7ps8 | HTTPS FTP |
-関連構造データ
類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
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その他のデータベース |
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-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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NMR アンサンブル |
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-要素
#1: RNA鎖 | 分子量: 7585.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 由来: (合成) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス) |
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#2: 化合物 |
-実験情報
-実験
実験 | 手法: 溶液NMR | ||||||||||||||||||||||||||||||
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NMR実験 |
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-試料調製
詳細 | タイプ: solution / 内容: 1.5 mM 1H rHIVpro3, 90% H2O/10% D2O / Label: rHIVpro3 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O |
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試料 | 濃度: 1.5 mM / 構成要素: rHIVpro3 / Isotopic labeling: 1H |
試料状態 | イオン強度: 35 mM / Label: buffer 1X / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K |
-NMR測定
NMRスペクトロメーター |
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-解析
NMR software |
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精密化 | 手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4 | |||||||||||||||
代表構造 | 選択基準: lowest energy | |||||||||||||||
NMRアンサンブル | コンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy 計算したコンフォーマーの数: 750 / 登録したコンフォーマーの数: 10 |