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万見
- PDB-7ps8: NMR Structure of the U3 RNA G-quadruplex -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ps8
タイトルNMR Structure of the U3 RNA G-quadruplex
要素RNA (5'-R(*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-3')
キーワードVIRUS / HIV-1
機能・相同性: / RNA / RNA (> 10)
機能・相同性情報
生物種HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
手法溶液NMR / simulated annealing
データ登録者Marquevielle, J. / Amrane, S.
資金援助 フランス, 1件
組織認可番号国
Agence Nationale de Recherches Sur le Sida et les Hepatites Virales (ANRS)ECTZ103899 フランス
引用ジャーナル: To Be Published
タイトル: NMR Structure of the U3 RNA G-quadruplex
著者: Marquevielle, J. / Amrane, S.
履歴
登録2021年9月22日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02023年4月5日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: RNA (5'-R(*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-3')
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)7,6643
ポリマ－7,5861
非ポリマー782
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: NMR Distance Restraints
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)10 / 750structures with the lowest energy
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: RNA鎖 RNA (5'-R(*CP*AP*GP*GP*GP*AP*GP*GP*UP*GP*UP*GP*GP*CP*CP*UP*GP*GP*GP*CP*GP*GP*G)-3')


分子量: 7585.560 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成
由来: (合成) HIV-1 06TG.HT008 (ヒト免疫不全ウイルス)
#2: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: K

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D NOESY
121isotropic32D 1H-1H TOCSY
131isotropic12D 1H-13C HSQC
141isotropic32D 1H-13C HMBC

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試料調製

詳細タイプ: solution / 内容: 1.5 mM 1H rHIVpro3, 90% H2O/10% D2O / Label: rHIVpro3 / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料濃度: 1.5 mM / 構成要素: rHIVpro3 / Isotopic labeling: 1H
試料状態イオン強度: 35 mM / Label: buffer 1X / pH: 6.9 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメーター
タイプ製造業者モデル磁場強度 (MHz)Spectrometer-ID
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO9501
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO7002
Bruker AVANCE NEOBrukerAVANCE NEO6003

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解析

NMR software
名称開発者分類
TopSpinBruker Biospinデータ解析
SparkyGoddardchemical shift assignment
ARIALinge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
AmberCase, Darden, Cheatham III, Simmerling, Wang, Duke, Luo, ... and Kollman精密化
精密化手法: simulated annealing / ソフトェア番号: 4
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: structures with the lowest energy
計算したコンフォーマーの数: 750 / 登録したコンフォーマーの数: 10

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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