PDB-7prp: Crystal Structure of the B subunit of heat labile enterotoxin LT-...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7prp

タイトル

Crystal Structure of the B subunit of heat labile enterotoxin LT-IIc from Escherichia coli in apo form

要素

Heat-labile enterotoxin IIA, B chain

キーワード

SUGAR BINDING PROTEIN / lectin / ganglioside / heat labile enterotoxin

機能・相同性

Type II heat-labile enterotoxin, B subunit / Type II heat-labile enterotoxin, B subunit superfamily / Type II heat-labile enterotoxin , B subunit (LT-IIB) / Enterotoxin / extracellular region / FORMIC ACID / Heat-labile enterotoxin IIA, B chain

機能・相同性情報

生物種

Escherichia coli (大腸菌)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.3 Å

データ登録者

Varrot, A.

資金援助

European Union, 1件

引用

ジャーナル: Glycobiology / 年: 2022
タイトル: Characterization of the ganglioside recognition profile of Escherichia coli heat-labile enterotoxin LT-IIc.
著者: Zalem, D. / Juhas, M. / Terrinoni, M. / King-Lyons, N. / Lebens, M. / Varrot, A. / Connell, T.D. / Teneberg, S.

履歴

登録	2021年9月22日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2021年12月8日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年2月2日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year
改定 1.2	2022年5月4日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.3	2024年1月31日	Group: Data collection / Derived calculations / Refinement description カテゴリ: atom_type / chem_comp_atom ...atom_type / chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z ..._atom_type.pdbx_N_electrons / _atom_type.pdbx_scat_Z / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.4	2024年11月6日	Group: Structure summary カテゴリ: pdbx_entry_details / pdbx_modification_feature Item: _pdbx_entry_details.has_protein_modification

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7prp.cif.gz	122.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7prp.ent.gz		表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7prp.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7prp_validation.pdf.gz	462.1 KB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7prp_full_validation.pdf.gz	464 KB	表示
XML形式データ	7prp_validation.xml.gz	22.3 KB	表示
CIF形式データ	7prp_validation.cif.gz	31.5 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7prp ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pr/7prp	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7prsC 5g3lS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	1po5-d 4nox-d 5a6r-d 3olb-4 3ol9-1 4k4z-4 5lzi-d 5wuf-1 Omokage検索で類似形状データを探す (詳細) 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#69 - 2005年9月コレラ毒素 (Cholera Toxin) 類似性 (1)

登録構造単位

DDD: Heat-labile enterotoxin IIA, B chain

EEE: Heat-labile enterotoxin IIA, B chain

FFF: Heat-labile enterotoxin IIA, B chain

GGG: Heat-labile enterotoxin IIA, B chain

HHH: Heat-labile enterotoxin IIA, B chain

ヘテロ分子

57.8 kDa, 5 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: gel filtration

単位格子

Length a, b, c (Å)	73.402, 73.688, 102.354
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:
NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: HIS / End label comp-ID: HIS / Auth seq-ID: 1 - 104 / Label seq-ID: 1 - 104

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12
7	Local NCS retraints between domains: 13 14
8	Local NCS retraints between domains: 15 16
9	Local NCS retraints between domains: 17 18
10	Local NCS retraints between domains: 19 20

#1: タンパク質	Heat-labile enterotoxin IIA, B chain / Heat-labile enterotoxin IIc B chain / Heat-labile enterotoxin type II B subunit 分子量: 11499.999 Da / 分子数: 5 / 由来タイプ: 組換発現詳細: Mature protein. numbering does not include peptide signal 由来: (組換発現) Escherichia coli (大腸菌) 遺伝子: LT-IIc1 B, GQM13_12885, HVV37_03950, HVV78_10285, HVW37_13205 プラスミド: pBC1 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 株 (発現宿主): DH5alpha / 参照: UniProt: H6W8F2
#2: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#3: 化合物	ChemComp-FMT / FORMIC ACID / ギ酸分子量: 46.025 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: CH₂O₂
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 231 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	N
Has protein modification	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.42 Å³/Da / 溶媒含有率: 49.1 % / 解説: needle
結晶化	温度: 292 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 2.4 sodium formation and 100 mM citric acid pH 4.0.

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: SOLEIL / ビームライン: PROXIMA 1 / 波長: 0.97857 Å
検出器	タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2017年12月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.97857 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.3→42 Å / Num. obs: 24817 / % possible obs: 99.6 % / 冗長度: 3.7 % / CC_1/2: 0.996 / R_merge(I) obs: 0.096 / R_pim(I) all: 0.079 / R_rim(I) all: 0.125 / Net I/σ(I): 8.1
反射シェル	解像度: 2.3→2.39 Å / 冗長度: 3.6 % / R_merge(I) obs: 0.455 / Mean I/σ(I) obs: 2.5 / Num. unique obs: 9279 / CC_1/2: 0.806 / R_pim(I) all: 0.382 / R_rim(I) all: 0.597 / % possible all: 97.2

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
XDS		データ削減
Aimless	0.5.032	データスケーリング
PHASER	2.8.2	位相決定

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 5G3L

5g3l

解像度: 2.3→41.981 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.945 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.913 / SU B: 7.87 / SU ML: 0.187 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.374 / ESU R Free: 0.246 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2448	1266	5.108 %
R_work	0.1958	23521	-
all	0.198	-	-
obs	-	24787	97.907 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 27.374 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.455 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	-0.059 Å²	-0 Å²
3-	-	-	0.514 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.3→41.981 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	4001	0	13	231	4245

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.015	0.013	4115
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	3700
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.599	1.627	5608
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.381	1.577	8519
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	6.857	5	515
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	39.413	23.514	185
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.751	15	631
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	9.194	15	10
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.075	0.2	550
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	4741
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	927
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.21	0.2	678
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.181	0.2	3271
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.159	0.2	1921
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	1972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.196	0.2	115
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.175	0.2	14
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.117	0.2	20
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.191	0.2	67
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.165	0.2	9
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.796	2.659	2075
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.796	2.658	2074
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.026	3.981	2585
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.025	3.982	2586
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.222	3.254	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.224	3.256	2040
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	6.358	4.658	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	6.358	4.66	3023
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	8.04	31.571	4321
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	8.01	31.513	4304
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.089	0.05	3059
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.081	0.05	3071
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.065	0.05	3096
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.08	0.05	3070
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.089	0.05	3090
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.09	0.05	3072
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_7	0.092	0.05	3075
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_8	0.08	0.05	3091
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_9	0.082	0.05	3089
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_10	0.074	0.05	3117

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08884	0.05009
1	2	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08884	0.05009
2	3	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08132	0.05009
2	4	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08132	0.05009
3	5	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06525	0.05009
3	6	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06525	0.05009
4	7	DDD	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08015	0.05009
4	8	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08015	0.05009
5	9	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0893	0.05009
5	10	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0893	0.05009
6	11	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09014	0.05009
6	12	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09014	0.05009
7	13	EEE	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09221	0.05009
7	14	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.09221	0.05009
8	15	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07989	0.05009
8	16	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07989	0.05009
9	17	FFF	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08175	0.05009
9	18	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08175	0.05009
10	19	GGG	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07446	0.05009
10	20	HHH	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07446	0.05009

LS精密化シェル

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	Refine-ID	% reflection obs (%)
2.3-2.36	0.307	88	0.245	1677	X-RAY DIFFRACTION	96.0806
2.36-2.424	0.27	95	0.246	1696	X-RAY DIFFRACTION	99.2244
2.424-2.494	0.335	79	0.238	1634	X-RAY DIFFRACTION	99.4196
2.494-2.571	0.26	71	0.233	1606	X-RAY DIFFRACTION	99.1721
2.571-2.655	0.324	99	0.226	1540	X-RAY DIFFRACTION	99.0931
2.655-2.747	0.243	68	0.2	1504	X-RAY DIFFRACTION	99.0548
2.747-2.851	0.225	81	0.191	1430	X-RAY DIFFRACTION	97.9896
2.851-2.966	0.227	65	0.185	1359	X-RAY DIFFRACTION	96.9367
2.966-3.098	0.259	75	0.209	1358	X-RAY DIFFRACTION	99.0325
3.098-3.248	0.276	79	0.201	1268	X-RAY DIFFRACTION	99.0441
3.248-3.422	0.197	64	0.184	1217	X-RAY DIFFRACTION	98.4627
3.422-3.629	0.196	67	0.164	1155	X-RAY DIFFRACTION	98.7076
3.629-3.877	0.246	47	0.171	1071	X-RAY DIFFRACTION	95.5556
3.877-4.185	0.225	68	0.152	997	X-RAY DIFFRACTION	97.7961
4.185-4.58	0.191	65	0.139	932	X-RAY DIFFRACTION	97.7451
4.58-5.113	0.216	43	0.153	833	X-RAY DIFFRACTION	95.9474
5.113-5.889	0.23	33	0.21	768	X-RAY DIFFRACTION	96.8561
5.889-7.177	0.349	31	0.279	651	X-RAY DIFFRACTION	95.6522
7.177-10	0.272	32	0.233	507	X-RAY DIFFRACTION	95.7371

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EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

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これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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