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万見
- PDB-7pq4: NMR Structure of RgpB C-terminal Domain -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pq4
タイトルNMR Structure of RgpB C-terminal Domain
要素Arginine-specific cysteine proteinase (Arg-gingipain)
キーワードPROTEIN TRANSPORT / T9SS / Ig-like / gingipain / CTD
機能・相同性
機能・相同性情報


cysteine-type endopeptidase activity / proteolysis / extracellular region / metal ion binding
類似検索 - 分子機能
Peptidase M60, C-terminal / Peptidase M60 C-terminal domain / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Gingipain, N-terminal superfamily ...Peptidase M60, C-terminal / Peptidase M60 C-terminal domain / Peptidase C25, Ig-like domain / Gingipain propeptide / Gingipain propeptide superfamily / Gingipain, N-terminal / Peptidase family C25, C terminal ig-like domain / Propeptide_C25 / Gingipain / Gingipain, N-terminal superfamily / Peptidase family C25 / Secretion system C-terminal sorting domain / Caspase-like domain superfamily / Immunoglobulin E-set / Immunoglobulin-like fold
類似検索 - ドメイン・相同性
Arginine-specific cysteine proteinase (Arg-gingipain)
類似検索 - 構成要素
生物種Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
手法溶液NMR / molecular dynamics
データ登録者Dorgan, B.J. / Curtis, M.A. / Garnett, J.A.
資金援助 英国, 1件
組織認可番号国
Queen Mary University of London 英国
引用ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Model of a Porphyromonas gingivalis type IX Secretion System Shuttle Complex.
著者: Dorgan, B. / Liu, Y. / Wang, S. / Aduse-Opoku, J. / Whittaker, S.B. / Roberts, M.A.J. / Lorenz, C.D. / Curtis, M.A. / Garnett, J.A.
履歴
登録2021年9月16日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月28日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年5月3日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_ASTM / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.title / _citation.year
改定 1.22023年5月10日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.name
改定 1.32024年6月19日Group: Data collection / Database references / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / database_2 / Item: _database_2.pdbx_DOI

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Arginine-specific cysteine proteinase (Arg-gingipain)


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)9,8541
ポリマ－9,8541
非ポリマー00
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area0 Å2
ΔGint0 kcal/mol
Surface area7100 Å2
手法PISA
NMR アンサンブル
データ基準
コンフォーマー数 (登録 / 計算)20 / 20all calculated structures submitted
代表モデルモデル #1lowest energy

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要素

#1: タンパク質 Arginine-specific cysteine proteinase (Arg-gingipain)


分子量: 9854.143 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Porphyromonas gingivalis (バクテリア)
プラスミド: pET46 / 発現宿主: Escherichia coli BL21(DE3) (大腸菌) / 参照: UniProt: Q51844

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実験情報

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実験

実験手法: 溶液NMR
NMR実験
Conditions-IDExperiment-IDSolution-IDSample stateSpectrometer-IDタイプ
111isotropic12D 1H-15N HSQC
121isotropic13D HNCO
131isotropic13D HN(CA)CO
141isotropic13D HN(CA)CB
151isotropic13D CBCA(CO)NH
161isotropic13D H(CCO)NH
171isotropic13D C(CO)NH
181isotropic13D (H)CCH-TOCSY
191isotropic13D CCH-TOCSY
1101isotropic1(HB)CB(CGCD)HD
1111isotropic1(HB)CB(CGCDCE)HE
1121isotropic13D 1H-13C NOESY
1131isotropic13D 1H-15N NOESY

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試料調製

詳細タイプ: solution
内容: 1 mM [U-13C; U-15N] RgpB-CTD (G662-K736), 20 mM sodium phosphate, 50 mM sodium chloride, 2 mM sodium azide, 90% H2O/10% D2O
Label: U-13C; U-15N / 溶媒系: 90% H2O/10% D2O
試料
濃度 (mg/ml)構成要素Isotopic labelingSolution-ID
1 mMRgpB-CTD (G662-K736)[U-13C; U-15N]1
20 mMsodium phosphatenatural abundance1
50 mMsodium chloridenatural abundance1
2 mMsodium azidenatural abundance1
試料状態イオン強度: 70 mM / Label: condtions_1 / pH: 6 / 圧: 1 atm / 温度: 310 K

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NMR測定

NMRスペクトロメータータイプ: Bruker AVANCE III HD / 製造業者: Bruker / モデル: AVANCE III HD / 磁場強度: 900 MHz

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解析

NMR software
名称バージョン開発者分類
CNS1.3Brunger, Adams, Clore, Gros, Nilges and Read精密化
ARIA2.3Linge, O'Donoghue and Nilgesstructure calculation
CcpNmr AnalysisCCPNchemical shift assignment
CcpNmr AnalysisCCPNpeak picking
DANGLE1.1.1Cheung, Maguire, Stevens and Broadhurstgeometry optimization
WHAT IFVriendデータ解析
NMRPipeDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
NMRDrawDelaglio, Grzesiek, Vuister, Zhu, Pfeifer and Bax解析
精密化手法: molecular dynamics / ソフトェア番号: 1
代表構造選択基準: lowest energy
NMRアンサンブルコンフォーマー選択の基準: all calculated structures submitted
計算したコンフォーマーの数: 20 / 登録したコンフォーマーの数: 20

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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