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万見
- PDB-7ppo: Structure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7ppo
タイトルStructure of SidJ/CaM bound to SdeA in pre-glutamylation state
要素
  • Calmodulin-dependent glutamylase SidJ
  • Calmodulinカルモジュリン
  • Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
キーワードLIGASE (リガーゼ) / Glutamylase / Pseudokinase / phosphoribosyl / ubiquitination (ユビキチン) / Complex
機能・相同性
機能・相同性情報


合成酵素 / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / 宿主 / K63-linked deubiquitinase activity / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane ...合成酵素 / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase / negative regulation of calcium ion transmembrane transporter activity / deNEDDylase activity / NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase activity / protein deneddylation / 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの / 宿主 / K63-linked deubiquitinase activity / negative regulation of calcium ion export across plasma membrane / positive regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cell communication by electrical coupling involved in cardiac conduction / negative regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / protein deubiquitination / protein phosphatase activator activity / positive regulation of cyclic-nucleotide phosphodiesterase activity / positive regulation of phosphoprotein phosphatase activity / ligase activity / adenylate cyclase binding / catalytic complex / detection of calcium ion / negative regulation of ryanodine-sensitive calcium-release channel activity / regulation of cardiac muscle contraction / calcium channel inhibitor activity / regulation of cardiac muscle contraction by regulation of the release of sequestered calcium ion / voltage-gated potassium channel complex / cysteine-type peptidase activity / regulation of release of sequestered calcium ion into cytosol by sarcoplasmic reticulum / regulation of calcium-mediated signaling / positive regulation of protein dephosphorylation / titin binding / positive regulation of protein autophosphorylation / sperm midpiece / calcium channel complex / substantia nigra development / adenylate cyclase activator activity / regulation of heart rate / nucleotidyltransferase activity / protein serine/threonine kinase activator activity / sarcomere / positive regulation of peptidyl-threonine phosphorylation / regulation of cytokinesis / spindle microtubule / positive regulation of protein serine/threonine kinase activity / 紡錘体 / response to calcium ion / calcium-dependent protein binding / G2/M transition of mitotic cell cycle / 髄鞘 / transferase activity / vesicle / transmembrane transporter binding / 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ / protein ubiquitination / G protein-coupled receptor signaling pathway / nucleotide binding / 中心体 / calcium ion binding / protein kinase binding / protein-containing complex / タンパク質分解 / extracellular region / 生体膜 / metal ion binding / 細胞核 / 細胞膜 / 細胞質
類似検索 - 分子機能
SidE, DUB domain / SidE, mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE DUB domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. ...SidE, DUB domain / SidE, mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE mono-ADP-ribosyltransferase domain / SidE DUB domain / SidE, PDE domain / SidE phosphodiesterase (PDE) domain / EF-hand domain pair / EF-hand, calcium binding motif / EF-Hand 1, calcium-binding site / EF-hand calcium-binding domain. / EF-hand calcium-binding domain profile. / EF-hand domain / EF-hand domain pair
類似検索 - ドメイン・相同性
Calmodulin-2 / Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA / Calmodulin-dependent glutamylase SidJ
類似検索 - 構成要素
生物種Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.91 Å
データ登録者Adams, M. / Bhogaraju, S.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Union (EU)European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2021
タイトル: Structural basis for protein glutamylation by the Legionella pseudokinase SidJ.
著者: Michael Adams / Rahul Sharma / Thomas Colby / Felix Weis / Ivan Matic / Sagar Bhogaraju /
要旨: Legionella pneumophila (LP) avoids phagocytosis by secreting nearly 300 effector proteins into the host cytosol. SidE family of effectors (SdeA, SdeB, SdeC and SidE) employ phosphoribosyl ...Legionella pneumophila (LP) avoids phagocytosis by secreting nearly 300 effector proteins into the host cytosol. SidE family of effectors (SdeA, SdeB, SdeC and SidE) employ phosphoribosyl ubiquitination to target multiple host Rab GTPases and innate immune factors. To suppress the deleterious toxicity of SidE enzymes in a timely manner, LP employs a metaeffector named SidJ. Upon activation by host Calmodulin (CaM), SidJ executes an ATP-dependent glutamylation to modify the catalytic residue Glu860 in the mono-ADP-ribosyl transferase (mART) domain of SdeA. SidJ is a unique glutamylase that adopts a kinase-like fold but contains two nucleotide-binding pockets. There is a lack of consensus about the substrate recognition and catalytic mechanism of SidJ. Here, we determined the cryo-EM structure of SidJ in complex with its substrate SdeA in two different states of catalysis. Our structures reveal that both phosphodiesterase (PDE) and mART domains of SdeA make extensive contacts with SidJ. In the pre-glutamylation state structure of the SidJ-SdeA complex, adenylylated E860 of SdeA is inserted into the non-canonical (migrated) nucleotide-binding pocket of SidJ. Structure-based mutational analysis indicates that SidJ employs its migrated pocket for the glutamylation of SdeA. Finally, using mass spectrometry, we identified several transient autoAMPylation sites close to both the catalytic pockets of SidJ. Our data provide unique insights into the substrate recognition and the mechanism of protein glutamylation by the pseudokinase SidJ.
履歴
登録2021年9月14日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年10月27日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12021年11月17日Group: Data collection / Database references
カテゴリ: citation / citation_author ...citation / citation_author / em_admin / pdbx_database_proc
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _citation_author.identifier_ORCID / _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13583
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA
C: Calmodulin-dependent glutamylase SidJ
B: Calmodulin
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)222,1585
ポリマ－222,0933
非ポリマー642
水0
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

#1: タンパク質 Ubiquitinating/deubiquitinating enzyme SdeA / Effector protein SdeA / Septation initiation protein


分子量: 111200.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
遺伝子: sdeA, lpg2157 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q5ZTK4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 転移酵素; アシル基を移すもの; ...参照: UniProt: Q5ZTK4, 加水分解酵素; プロテアーゼ; ペプチド結合加水分解酵素; システインプロテアーゼ, 転移酵素; アシル基を移すもの; アミノアシル基を移すもの, NAD+-protein-arginine ADP-ribosyltransferase
#2: タンパク質 Calmodulin-dependent glutamylase SidJ


分子量: 91826.992 Da / 分子数: 1 / Mutation: E565A / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
遺伝子: sidJ, lpg2155 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q5ZTK6, 合成酵素
#3: タンパク質 Calmodulin / カルモジュリン


分子量: 19066.006 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P0DP24
#4: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#5: 化合物 ChemComp-CA / CALCIUM ION / カルシウムジカチオン


分子量: 40.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Ca
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素名称: SidJ/CaM-SdeA / タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT
由来(天然)生物種: Legionella pneumophila (レジオネラ・ニューモフィラ)
由来(組換発現)生物種: Escherichia coli (大腸菌)
緩衝液pH: 7.5
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK I / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 4 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELDBright-field microscopy
撮影電子線照射量: 47.45 e/Å2 / フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 (6k x 4k)

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解析

ソフトウェア
名称バージョン分類NB
phenix.real_space_refine1.15.2_3472精密化
PHENIX1.15.2_3472精密化
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
3次元再構成解像度: 2.91 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 140022 / 対称性のタイプ: POINT
精密化立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
ELECTRON MICROSCOPYf_bond_d0.005611221
ELECTRON MICROSCOPYf_angle_d0.575615173
ELECTRON MICROSCOPYf_chiral_restr0.04291669
ELECTRON MICROSCOPYf_plane_restr0.00381965
ELECTRON MICROSCOPYf_dihedral_angle_d12.65096766

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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