[日本語] English
万見
- PDB-7poe: Phosphoglycolate Phosphatase with Inhibitor CP1 -

+
データを開く


IDまたはキーワード:

読み込み中...

-
基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7poe
タイトルPhosphoglycolate Phosphatase with Inhibitor CP1
要素Glycerol-3-phosphate phosphatase
キーワードHYDROLASE / PGP / Glycerol-3-phosphate phosphatase / AUM / Inhibitor
機能・相同性
機能・相同性情報


glycerol-1-phosphatase / sn-glycerol 3-phosphatase activity / sn-glycerol 1-phosphatase activity / glycerophospholipid metabolic process / ADP phosphatase activity / phosphoglycolate phosphatase activity / glycerol biosynthetic process / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity ...glycerol-1-phosphatase / sn-glycerol 3-phosphatase activity / sn-glycerol 1-phosphatase activity / glycerophospholipid metabolic process / ADP phosphatase activity / phosphoglycolate phosphatase activity / glycerol biosynthetic process / protein tyrosine phosphatase activity, metal-dependent / histone H2AXY142 phosphatase activity / non-membrane spanning protein tyrosine phosphatase activity / negative regulation of gluconeogenesis / protein-tyrosine-phosphatase / protein tyrosine phosphatase activity / magnesium ion binding
類似検索 - 分子機能
2-phosphoglycolate phosphatase, eukaryotic / HAD-superfamily hydrolase, subfamily IIA / Haloacid dehalogenase-like hydrolase / HAD-hyrolase-like / HAD superfamily / HAD-like superfamily
類似検索 - ドメイン・相同性
Chem-7VK / : / Glycerol-3-phosphate phosphatase
類似検索 - 構成要素
生物種Mus musculus (ハツカネズミ)
手法X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 3.16 Å
データ登録者Schloetzer, J. / Fratz, S. / Schindelin, H.
資金援助1件
組織認可番号国
Not funded
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Glycolytic flux control by drugging phosphoglycolate phosphatase.
著者: Jeanclos, E. / Schlotzer, J. / Hadamek, K. / Yuan-Chen, N. / Alwahsh, M. / Hollmann, R. / Fratz, S. / Yesilyurt-Gerhards, D. / Frankenbach, T. / Engelmann, D. / Keller, A. / Kaestner, A. / ...著者: Jeanclos, E. / Schlotzer, J. / Hadamek, K. / Yuan-Chen, N. / Alwahsh, M. / Hollmann, R. / Fratz, S. / Yesilyurt-Gerhards, D. / Frankenbach, T. / Engelmann, D. / Keller, A. / Kaestner, A. / Schmitz, W. / Neuenschwander, M. / Hergenroder, R. / Sotriffer, C. / von Kries, J.P. / Schindelin, H. / Gohla, A.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年12月21日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12024年1月31日Group: Data collection / Refinement description
カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model
改定 1.22024年7月3日Group: Database references / Refinement description
カテゴリ: citation / citation_author / struct_ncs_dom_lim
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id

-
構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

-
集合体

登録構造単位
A: Glycerol-3-phosphate phosphatase
B: Glycerol-3-phosphate phosphatase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)71,42210
ポリマ－69,1212
非ポリマー2,3018
水362
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者・ソフトウェアが定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_555x,y,z1
Buried area4840 Å2
ΔGint-27 kcal/mol
Surface area24740 Å2
手法PISA
単位格子
Length a, b, c (Å)105.902, 105.902, 83.260
Angle α, β, γ (deg.)90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number76
Space group name H-MP41
Space group name HallP4w
Symmetry operation#1: x,y,z
#2: -y,x,z+1/4
#3: y,-x,z+3/4
#4: -x,-y,z+1/2
非結晶学的対称性 (NCS)NCSドメイン:
IDEns-ID
11
21

NCSドメイン領域:

Ens-ID: 1

Dom-IDComponent-IDBeg auth comp-IDBeg label comp-IDEnd auth comp-IDEnd label comp-IDSelection detailsAuth asym-IDLabel asym-IDAuth seq-IDLabel seq-ID
11ALAALAGLYGLYchain 'A'AA11 - 32111 - 321
127VK7VK7VK7VKchain 'A'AC401
13GOLGOLGOLGOLchain 'A'AE403
21ALAALAGLYGLY(chain 'B' and (resid 11 through 321 or resid 401 or resid 403 or resid 601))BB11 - 32111 - 321
227VK7VK7VK7VK(chain 'B' and (resid 11 through 321 or resid 401 or resid 403 or resid 601))BF401
23GOLGOLGOLGOL(chain 'B' and (resid 11 through 321 or resid 401 or resid 403 or resid 601))BH403

-
要素

#1: タンパク質 Glycerol-3-phosphate phosphatase / G3PP / Aspartate-based ubiquitous Mg(2+)-dependent phosphatase / AUM / Phosphoglycolate phosphatase / PGP


分子量: 34560.559 Da / 分子数: 2 / 変異: D34N, C297S / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Mus musculus (ハツカネズミ) / 遺伝子: Pgp / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
参照: UniProt: Q8CHP8, glycerol-1-phosphatase, protein-tyrosine-phosphatase
#2: 化合物
ChemComp-7VK / 2-[[4-[4-[(2-carboxyphenyl)carbamoyl]phenoxy]phenyl]carbonylamino]benzoic acid


分子量: 496.468 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C28H20N2O7 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物 ChemComp-GOL / GLYCEROL / GLYCERIN / PROPANE-1,2,3-TRIOL / グリセロ-ル


分子量: 92.094 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C3H8O3
#4: 化合物 ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#5: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O
研究の焦点であるリガンドがあるかY

-
実験情報

-
実験

実験手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶マシュー密度: 3.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 63.14 % / 解説: Prism
結晶化温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 6.9 / 詳細: 0.49 M NaH2PO4 0.91 K2HPO4

-
データ収集

回折平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源由来: シンクロトロン / サイト: PETRA III, EMBL c/o DESY / ビームライン: P13 (MX1) / 波長: 0.9763 Å
検出器タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2018年9月11日
放射プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長波長: 0.9763 Å / 相対比: 1
反射解像度: 3.16→47.36 Å / Num. obs: 12387 / % possible obs: 82.19 % / 冗長度: 7.8 % / Biso Wilson estimate: 95.32 Å2 / CC1/2: 0.994 / Rmerge(I) obs: 0.216 / Rpim(I) all: 0.082 / Net I/σ(I): 7.94
反射 シェル解像度: 3.16→3.38 Å / Rmerge(I) obs: 2.334 / Mean I/σ(I) obs: 1.1 / Num. unique obs: 651 / CC1/2: 0.3022 / Rpim(I) all: 0.869

-
解析

ソフトウェア
名称バージョン分類
PHENIX1.14_3260精密化
XDSデータ削減
XDSデータスケーリング
PHASER位相決定
精密化構造決定の手法: 分子置換
開始モデル: 7PO7

7po7


解像度: 3.16→47.36 Å / SU ML: 0.3823 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 28.0923 / 立体化学のターゲット値: CDL v1.2
Rfactor反射数%反射
Rfree0.2449 609 4.69 %
Rwork0.2117 12377 -
obs0.2132 12986 81.67 %
溶媒の処理減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL
原子変位パラメータBiso mean: 89.74 Å2
精密化ステップサイクル: LAST / 解像度: 3.16→47.36 Å
タンパク質核酸リガンド溶媒全体
原子数4712 0 167 2 4881
拘束条件
Refine-IDタイプDev ideal数
X-RAY DIFFRACTIONf_bond_d0.00334971
X-RAY DIFFRACTIONf_angle_d0.73276743
X-RAY DIFFRACTIONf_chiral_restr0.0464752
X-RAY DIFFRACTIONf_plane_restr0.00461008
X-RAY DIFFRACTIONf_dihedral_angle_d19.25643066
LS精密化 シェル
解像度 (Å)Rfactor RfreeNum. reflection RfreeRfactor RworkNum. reflection RworkRefine-ID% reflection obs (%)
3.16-3.480.3623660.31051320X-RAY DIFFRACTION35.07
3.48-3.980.28971830.25763445X-RAY DIFFRACTION91.82
3.98-5.020.23211810.20653768X-RAY DIFFRACTION99.72
5.02-47.360.22081790.1883844X-RAY DIFFRACTION99.65

+
万見について

-
お知らせ

-
2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

-
2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

+
2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

+
2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

+
2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

-
万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

他の情報も見る