PDB-7poc: An Irreversible, Promiscuous and Highly Thermostable Claisen-Cond...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7poc

タイトル

An Irreversible, Promiscuous and Highly Thermostable Claisen-Condensation Biocatalyst Drives the Synthesis of Substituted Pyrroles

要素

8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

キーワード

SYNTHASE / Biocatalyst / cascade / chemo-enzymatic / thermophilic / promiscuous / alpha-oxoamine synthase / pyrrole

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine C-acetyltransferase / glycine C-acetyltransferase activity / 8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2.6 Å

データ登録者

Basle, A. / Ashley, B. / Campopiano, D. / Marles-Wright, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2023
タイトル: Versatile Chemo-Biocatalytic Cascade Driven by a Thermophilic and Irreversible C-C Bond-Forming alpha-Oxoamine Synthase.
著者: Ashley, B. / Basle, A. / Sajjad, M. / El Ashram, A. / Kelis, P. / Marles-Wright, J. / Campopiano, D.J.

履歴

登録	2021年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7poc.cif.gz	595.2 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7poc.ent.gz	481.8 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7poc.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7poc_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7poc_full_validation.pdf.gz	1.5 MB	表示
XML形式データ	7poc_validation.xml.gz	55.3 KB	表示
CIF形式データ	7poc_validation.cif.gz	75.2 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7poc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7poc	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7poaC 7pobC 3tqxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

187 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

単位格子

Length a, b, c (Å)	57.040, 134.790, 184.020
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 90.000, 90.000
Int Tables number	19
Space group name H-M	P2₁2₁2₁

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Refine code: 1

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Beg auth comp-ID	Beg label comp-ID	End auth comp-ID	End label comp-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID	Auth seq-ID	Label seq-ID
1	1	1	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	5 - 394	30 - 419
2	1	1	ASP	ASP	ILE	ILE	B	B	5 - 394	30 - 419
3	2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	A	A	5 - 396	30 - 421
4	2	2	ASP	ASP	ARG	ARG	C	C	5 - 396	30 - 421
5	3	3	ASP	ASP	ILE	ILE	A	A	5 - 394	30 - 419
6	3	3	ASP	ASP	ILE	ILE	D	D	5 - 394	30 - 419
7	4	4	ASP	ASP	ILE	ILE	B	B	5 - 394	30 - 419
8	4	4	ASP	ASP	ILE	ILE	C	C	5 - 394	30 - 419
9	5	5	SER	SER	ILE	ILE	B	B	3 - 395	28 - 420
10	5	5	SER	SER	ILE	ILE	D	D	3 - 395	28 - 420
11	6	6	ASP	ASP	ILE	ILE	C	C	5 - 394	30 - 419
12	6	6	ASP	ASP	ILE	ILE	D	D	5 - 394	30 - 419

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / AONS/AKB ligase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8- ...AONS/AKB ligase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase / Alpha-oxoamine synthase / Glycine acetyltransferase 分子量: 46585.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: TTHA1582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SHZ8, glycine C-acetyltransferase, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 49 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM Tris/Bicine pH 8.5, 12.5 % (v/v) MPD, 12.5 % (w/v) PEG 1000 and 12.5 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS3 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2.6→54.483 Å / Num. obs: 44495 / % possible obs: 99.7 % / 冗長度: 21.8 % / CC_1/2: 0.999 / R_pim(I) all: 0.063 / R_rim(I) all: 0.215 / Net I/σ(I): 11.6

反射シェル

解像度 (Å)	冗長度 (%)	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all	Diffraction-ID
9.73-54.48	24	976	0.999	0.013	0.049	1
2.6-2.7	21.6	4583	0.775	0.703	2.368	1

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
pointless		データスケーリング
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
MolProbity		モデル構築
xia2		データスケーリング
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TQX

3tqx

解像度: 2.6→54.483 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.935 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.9 / WR_factor R_free: 0.279 / WR_factor R_work: 0.216 / SU B: 21.83 / SU ML: 0.437 / Average fsc free: 0.8069 / Average fsc work: 0.8427 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R Free: 0.444 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.3107	2229	5.017 %
R_work	0.2423	42198	-
all	0.246	-	-
obs	-	44427	99.655 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 59.424 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.188 Å²	0 Å²	0 Å²
2-	-	-2.166 Å²	0 Å²
3-	-	-	5.353 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2.6→54.483 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12178	0	60	49	12287

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.007	0.013	12482
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.015	12205
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.575	1.641	16894
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.195	1.579	28048
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.651	5	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.051	21.056	644
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	20.079	15	2148
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	21.628	15	102
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.067	0.2	1566
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.006	0.02	14012
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2813
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.217	0.2	2596
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.187	0.2	11516
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.16	0.2	5868
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.08	0.2	6447
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.164	0.2	292
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.033	0.2	2
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.224	0.2	34
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.314	0.2	90
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.242	0.2	3
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	5.261	6.098	6276
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	5.256	6.097	6275
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	7.72	9.143	7838
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	7.72	9.144	7839
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	4.877	6.518	6206
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	4.877	6.519	6203
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	7.425	9.59	9056
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	7.424	9.59	9057
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	10.282	71.326	13431
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	10.282	71.323	13431
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.076	0.05	11970
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.07	0.05	12284
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.087	0.05	11933
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.084	0.05	11923
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.079	0.05	12080
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.086	0.05	11905

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07632	0.05008
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07632	0.05008
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06996	0.05009
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.06996	0.05009
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08678	0.05008
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08678	0.05008
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08379	0.05008
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08379	0.05008
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0792	0.05008
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0792	0.05008
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08621	0.05008
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.08621	0.05008

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2.6-2.667	0.451	140	0.372	3060	0.375	3201	0.529	0.562	99.9688	0.348
2.667-2.74	0.396	177	0.327	3003	0.33	3180	0.664	0.712	100	0.303
2.74-2.82	0.369	162	0.313	2888	0.316	3056	0.706	0.754	99.8037	0.284
2.82-2.906	0.364	152	0.303	2835	0.306	2991	0.753	0.779	99.8663	0.273
2.906-3.001	0.398	155	0.294	2777	0.3	2934	0.75	0.788	99.9318	0.263
3.001-3.106	0.339	142	0.277	2631	0.28	2778	0.808	0.847	99.82	0.243
3.106-3.223	0.374	132	0.268	2575	0.274	2711	0.788	0.857	99.8525	0.236
3.223-3.354	0.31	126	0.233	2523	0.236	2652	0.837	0.899	99.8869	0.203
3.354-3.503	0.334	143	0.237	2339	0.243	2489	0.853	0.896	99.7188	0.206
3.503-3.673	0.289	119	0.217	2283	0.221	2413	0.884	0.915	99.5441	0.188
3.673-3.87	0.31	118	0.219	2166	0.223	2296	0.869	0.913	99.4773	0.191
3.87-4.104	0.276	119	0.204	2045	0.208	2184	0.911	0.931	99.0842	0.177
4.104-4.386	0.277	89	0.217	1964	0.22	2071	0.899	0.919	99.1309	0.194
4.386-4.734	0.272	87	0.211	1819	0.214	1926	0.92	0.937	98.9616	0.194
4.734-5.182	0.281	91	0.206	1682	0.209	1784	0.922	0.947	99.3834	0.193
5.182-5.787	0.265	71	0.229	1524	0.231	1603	0.908	0.926	99.5009	0.213
5.787-6.67	0.285	80	0.229	1361	0.232	1448	0.915	0.929	99.5166	0.214
6.67-8.139	0.324	55	0.24	1196	0.244	1254	0.906	0.926	99.7608	0.235
8.139-11.384	0.223	38	0.206	952	0.207	995	0.965	0.975	99.4975	0.214
11.384-54.483	0.271	33	0.284	574	0.283	608	0.957	0.953	99.8355	0.306

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