PDB-7pob: An Irreversible, Promiscuous and Highly Thermostable Claisen-Cond...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pob

タイトル

An Irreversible, Promiscuous and Highly Thermostable Claisen-Condensation Biocatalyst Drives the Synthesis of Substituted Pyrroles

要素

8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

キーワード

SYNTHASE / Biocatalyst / cascade / chemo-enzymatic / thermophilic / promiscuous / alpha-oxoamine synthase / pyrrole

機能・相同性

機能・相同性情報

glycine C-acetyltransferase / glycine C-acetyltransferase activity / 8-amino-7-oxononanoate synthase / 8-amino-7-oxononanoate synthase activity / biotin biosynthetic process / pyridoxal phosphate binding
類似検索 - 分子機能

生物種

Thermus thermophilus (バクテリア)

手法

X線回折 /

シンクロトロン /

分子置換 / 解像度: 2 Å

データ登録者

Basle, A. / Ashley, B. / Campopiano, D. / Marles-Wright, J.

資金援助

英国, 1件

引用

ジャーナル: Acs Sustain Chem Eng / 年: 2023
タイトル: Versatile Chemo-Biocatalytic Cascade Driven by a Thermophilic and Irreversible C-C Bond-Forming alpha-Oxoamine Synthase.
著者: Ashley, B. / Basle, A. / Sajjad, M. / El Ashram, A. / Kelis, P. / Marles-Wright, J. / Campopiano, D.J.

履歴

登録	2021年9月8日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年9月21日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2024年1月31日	Group: Data collection / Refinement description カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond ...chem_comp_atom / chem_comp_bond / pdbx_initial_refinement_model / struct_ncs_dom_lim Item: _struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id ..._struct_ncs_dom_lim.beg_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.beg_label_seq_id / _struct_ncs_dom_lim.end_auth_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_asym_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_comp_id / _struct_ncs_dom_lim.end_label_seq_id
改定 1.2	2024年2月28日	Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pob.cif.gz	607.1 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pob.ent.gz	486.5 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pob.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

文書・要旨	7pob_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示	wwPDB検証レポート
文書・詳細版	7pob_full_validation.pdf.gz	1.6 MB	表示
XML形式データ	7pob_validation.xml.gz	60.2 KB	表示
CIF形式データ	7pob_validation.cif.gz	84.7 KB	表示
アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7pob ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/po/7pob	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7poaC 7pocC 3tqxS S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#181 - 2015年1月カスケードとCRISPR (Cascade and CRISPR) 類似性 (1)

登録構造単位

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

187 kDa, 4 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

A: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

D: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

2

B: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

C: 8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase

ヘテロ分子

登録者・ソフトウェアが定義した集合体
93.7 kDa, 2 ポリマー
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単位格子

Length a, b, c (Å)	67.100, 57.135, 189.443
Angle α, β, γ (deg.)	90.000, 92.350, 90.000
Int Tables number	4
Space group name H-M	P12₁1

非結晶学的対称性 (NCS)

NCSドメイン:

ID	Ens-ID	詳細
1	1	A
2	1	B
3	2	A
4	2	C
5	3	A
6	3	D
7	4	B
8	4	C
9	5	B
10	5	D
11	6	C
12	6	D

NCSドメイン領域:

Beg auth comp-ID: GLY / Beg label comp-ID: GLY / End auth comp-ID: ARG / End label comp-ID: ARG / Refine code: 1 / Auth seq-ID: 2 - 396 / Label seq-ID: 27 - 421

Dom-ID	Component-ID	Ens-ID	Auth asym-ID	Label asym-ID
1	1	1	A	A
2	1	1	B	B
3	2	2	A	A
4	2	2	C	C
5	3	3	A	A
6	3	3	D	D
7	4	4	B	B
8	4	4	C	C
9	5	5	B	B
10	5	5	D	D
11	6	6	C	C
12	6	6	D	D

NCSアンサンブル:

ID	詳細
1	Local NCS retraints between domains: 1 2
2	Local NCS retraints between domains: 3 4
3	Local NCS retraints between domains: 5 6
4	Local NCS retraints between domains: 7 8
5	Local NCS retraints between domains: 9 10
6	Local NCS retraints between domains: 11 12

#1: タンパク質	8-amino-7-oxononanoate synthase/2-amino-3-ketobutyrate coenzyme A ligase / AONS/AKB ligase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8- ...AONS/AKB ligase / 7-keto-8-amino-pelargonic acid synthase / 7-KAP synthase / KAPA synthase / 8-amino-7-ketopelargonate synthase / Alpha-oxoamine synthase / Glycine acetyltransferase 分子量: 46585.145 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 組換発現由来: (組換発現) Thermus thermophilus (バクテリア) 遺伝子: TTHA1582 / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) 参照: UniProt: Q5SHZ8, glycine C-acetyltransferase, 8-amino-7-oxononanoate synthase
#2: 化合物	ChemComp-PLP / PYRIDOXAL-5'-PHOSPHATE / VITAMIN B6 Phosphate / ピリドキサ-ル5′-りん酸分子量: 247.142 Da / 分子数: 4 / 由来タイプ: 合成 / 式: C₈H₁₀NO₆P / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#3: 化合物	ChemComp-NA / SODIUM ION / ナトリウムカチオン分子量: 22.990 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Na
#4: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 493 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O
研究の焦点であるリガンドがあるか	Y

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 1.95 Å³/Da / 溶媒含有率: 36.83 %
結晶化	温度: 293.15 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法詳細: 30 mM magnesium chloride, 30 mM calcium chloride, 100 mM Hepes/MOPS pH 7.5, 12.5 % (v/v) MPD, 12.5 % (w/v) PEG 1000 and 12.5 % (w/v) PEG 3350

-
データ収集

回折

平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N

放射光源

由来:

シンクロトロン / サイト:

Diamond

/ ビームライン: I03 / 波長: 0.9796 Å

検出器

タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2021年5月5日

放射

プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray

放射波長

波長: 0.9796 Å / 相対比: 1

反射

解像度: 2→94.642 Å / Num. obs: 97294 / % possible obs: 99.9 % / 冗長度: 12.5 % / CC_1/2: 0.999 / R_merge(I) obs: 0.166 / R_pim(I) all: 0.071 / R_rim(I) all: 0.18 / Net I/σ(I): 11

反射シェル

Diffraction-ID: 1

解像度 (Å)	冗長度 (%)	R_merge(I) obs	Num. unique obs	CC_1/2	R_pim(I) all	R_rim(I) all
10.95-94.64	12.2	0.034	653	1	0.014	0.037
2-2.03	13	1.544	4797	0.739	0.642	1.674

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.8.0267	精密化
REFMAC	5.8.0267	精密化
Aimless		データスケーリング
pointless		データスケーリング
xia2		データスケーリング
PHASER		位相決定
Coot		モデル構築
BUCCANEER		モデル構築
MolProbity		モデル構築
autoPROC		データ削減

精密化

構造決定の手法:

分子置換
開始モデル: 3TQX

3tqx

解像度: 2→94.642 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.954 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.911 / WR_factor R_free: 0.237 / WR_factor R_work: 0.185 / SU B: 8.328 / SU ML: 0.206 / Average fsc free: 0.809 / Average fsc work: 0.8188 / 交差検証法: FREE R-VALUE / ESU R: 0.24 / ESU R Free: 0.198 / 詳細: Hydrogens have been added in their riding positions

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.2614	4850	4.988 %
R_work	0.2114	92378	-
all	0.214	-	-
obs	-	97228	99.745 %

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK BULK SOLVENT

原子変位パラメータ

B_iso mean: 35.896 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-3.061 Å²	0 Å²	-1.169 Å²
2-	-	-2.852 Å²	-0 Å²
3-	-	-	5.988 Å²

精密化ステップ

サイクル: LAST / 解像度: 2→94.642 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	12244	0	61	493	12798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.01	0.013	12548
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.017	12273
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.688	1.64	16972
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	1.354	1.579	28198
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	7.85	5	1576
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	29.396	20.988	648
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.131	15	2160
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	18.777	15	104
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.084	0.2	1572
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.008	0.02	14080
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	2829
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined	0.206	0.2	2608
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_other	0.183	0.2	11564
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined	0.162	0.2	6109
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbtor_other	0.082	0.2	5972
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined	0.158	0.2	573
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_other	0.191	0.2	4
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined	0.323	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_nbd_refined	0.192	0.2	29
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other	0.248	0.2	68
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_xyhbond_nbd_refined	0.268	0.2	12
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined	0.076	0.2	1
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	3.034	3.544	6316
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	3.031	3.544	6315
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	4.126	5.304	7888
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	4.126	5.304	7889
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.992	3.996	6232
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.993	3.996	6229
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it	5.901	5.811	9084
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.901	5.811	9085
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_it	7.187	41.862	13880
X-RAY DIFFRACTION	r_lrange_other	7.186	41.821	13810
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_1	0.034	0.05	12716
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_2	0.08	0.05	12311
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_3	0.076	0.05	12320
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_4	0.08	0.05	12329
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_5	0.077	0.05	12331
X-RAY DIFFRACTION	r_ncsr_local_group_6	0.05	0.05	12633

Refine LS restraints NCS

Ens-ID	Dom-ID	Auth asym-ID	Refine-ID	タイプ	Rms dev position (Å)	Weight position
1	1	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0337	0.05009
1	2	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.0337	0.05009
2	3	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07966	0.05007
2	4	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07966	0.05007
3	5	A	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07587	0.05007
3	6	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07587	0.05007
4	7	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07984	0.05007
4	8	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07984	0.05007
5	9	B	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07719	0.05007
5	10	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.07719	0.05007
6	11	C	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04997	0.05009
6	12	D	X-RAY DIFFRACTION	Local ncs	0.04997	0.05009

LS精密化シェル

Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION / Total num. of bins used: 20

解像度 (Å)	R_factor R_free	Num. reflection R_free	R_factor R_work	Num. reflection R_work	R_factor all	Num. reflection all	Fsc free	Fsc work	% reflection obs (%)	WR_factor R_work
2-2.052	0.355	349	0.354	6771	0.355	7163	0.453	0.458	99.3997	0.34
2.052-2.108	0.35	300	0.342	6653	0.343	6991	0.525	0.54	99.4564	0.326
2.108-2.169	0.33	289	0.309	6432	0.31	6752	0.662	0.677	99.5409	0.287
2.169-2.236	0.305	364	0.288	6188	0.289	6574	0.753	0.739	99.6654	0.261
2.236-2.309	0.3	323	0.261	6078	0.262	6419	0.789	0.81	99.7196	0.232
2.309-2.39	0.32	323	0.233	5886	0.237	6228	0.815	0.858	99.6949	0.205
2.39-2.48	0.31	283	0.242	5654	0.245	5949	0.832	0.85	99.7983	0.214
2.48-2.582	0.287	286	0.222	5466	0.225	5761	0.863	0.885	99.8438	0.192
2.582-2.696	0.287	274	0.219	5214	0.223	5491	0.868	0.897	99.9454	0.19
2.696-2.828	0.276	287	0.215	5033	0.219	5321	0.896	0.906	99.9812	0.185
2.828-2.981	0.269	286	0.198	4693	0.202	4981	0.91	0.925	99.9599	0.172
2.981-3.161	0.26	275	0.209	4557	0.212	4835	0.909	0.916	99.938	0.185
3.161-3.379	0.242	213	0.187	4250	0.189	4469	0.924	0.939	99.8657	0.167
3.379-3.65	0.221	191	0.185	3961	0.187	4157	0.938	0.946	99.8797	0.17
3.65-3.997	0.215	200	0.167	3656	0.17	3863	0.947	0.959	99.8188	0.155
3.997-4.468	0.228	157	0.149	3337	0.152	3503	0.941	0.967	99.7431	0.141
4.468-5.157	0.199	148	0.162	2974	0.163	3126	0.962	0.968	99.872	0.158
5.157-6.312	0.208	142	0.189	2492	0.19	2638	0.95	0.952	99.8484	0.185
6.312-8.907	0.217	98	0.183	1948	0.185	2052	0.954	0.96	99.7076	0.181
8.907-94.642	0.311	61	0.227	1135	0.231	1202	0.871	0.939	99.5008	0.228

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関連情報:EMDBヘッダ

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新型コロナ情報

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