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- PDB-7pnx: Assembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subun... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pnx
タイトルAssembly intermediate of human mitochondrial ribosome small subunit without mS37 in complex with RBFA and METTL15 conformation a
要素
  • (28S ribosomal protein ...) x 27
  • 12S mitochondrial rRNA
  • 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase
  • Aurora kinase A-interacting protein
  • Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
  • Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial
キーワードRIBOSOME / Small subunit / mitochondrion / biogenesis / maturation
機能・相同性
機能・相同性情報


rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / rRNA base methylation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial ribosome ...rRNA (cytosine-N4-)-methyltransferase activity / mitochondrial ribosome binding / mitochondrial ribosome assembly / positive regulation of mitochondrial translation / Mitochondrial translation elongation / Mitochondrial translation termination / Mitochondrial translation initiation / rRNA base methylation / negative regulation of mitotic nuclear division / mitochondrial ribosome / mitochondrial small ribosomal subunit / mitochondrial translation / positive regulation of proteolysis / ribosomal small subunit binding / Mitochondrial protein degradation / 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの / apoptotic signaling pathway / rRNA processing / small ribosomal subunit rRNA binding / cell junction / regulation of translation / ribosomal small subunit assembly / small ribosomal subunit / nuclear membrane / cell population proliferation / tRNA binding / mitochondrial inner membrane / rRNA binding / ribosome / structural constituent of ribosome / mitochondrial matrix / translation / protein domain specific binding / intracellular membrane-bounded organelle / mRNA binding / GTP binding / nucleolus / mitochondrion / RNA binding / nucleoplasm / nucleus / plasma membrane / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / 28S ribosomal protein S26 ...Ribosomal RNA small subunit methyltransferase H / S-adenosyl-L-methionine-dependent methyltransferase, MraW, recognition domain superfamily / MraW methylase family / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Ribosome-binding factor A, conserved site / Ribosome-binding factor A signature. / Ribosome-binding factor A / Ribosome-binding factor A domain superfamily / Ribosome-binding factor A / 28S ribosomal protein S26 / Mitochondrial ribosome subunit S26 / 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / MRPS27/PTCD2 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S27 / Ribosomal protein S22, mitochondrial / Ribosomal protein S23, mitochondrial / Ribosomal protein S23/S25, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / : / Mitochondrial 28S ribosomal protein S22 / Mitochondrial ribosomal protein S23 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S31 / Ribosomal protein S29, mitochondrial / Ribosomal protein S28, mitochondrial / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal protein MRP-S35 / Mitochondrial 28S ribosomal protein S34 / 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3 / 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / : / Mitochondrial ribosome subunit S24 / Small ribosomal subunit protein uS5m, N-terminal / Small ribosomal subunit protein mS39, PPR / 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / Pentatricopeptide repeat domain / Ribosomal protein S27/S33, mitochondrial / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal subunit S27 / Ribosomal protein S24/S35, mitochondrial, conserved domain / Mitochondrial ribosomal subunit protein / Pentatricopeptide (PPR) repeat profile. / Ribosomal protein S23/S29, mitochondrial / Mitochondrial ribosomal death-associated protein 3 / Pentatricopeptide repeat / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial mRNA-processing protein COX24, C-terminal / Mitochondrial domain of unknown function (DUF1713) / Ribosomal protein/NADH dehydrogenase domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Mitochondrial ribosomal protein L51 / S25 / CI-B8 domain / Ribosomal protein S21 superfamily / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S21 / Ribosomal protein S2, bacteria/mitochondria/plastid / Ribosomal protein S18, conserved site / Ribosomal protein S18 signature. / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S16 domain superfamily / Ribosomal protein S16 / Ribosomal protein S15, bacterial-type / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S6 superfamily / Ribosomal protein S12, bacterial-type / Translation elongation factor EF1B/ribosomal protein S6 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 / Ribosomal protein S18 superfamily / Ribosomal protein S2 signature 1. / Ribosomal protein S5, N-terminal, conserved site / Ribosomal protein S5 signature. / Ribosomal protein S2, conserved site / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S2, flavodoxin-like domain superfamily / Ribosomal protein S2 / Ribosomal protein S5 / S5 double stranded RNA-binding domain profile. / Ribosomal protein S5, N-terminal / Ribosomal protein S5, N-terminal domain / Ribosomal protein S5, C-terminal / Ribosomal protein S5, C-terminal domain / Ribosomal protein S14 / Ribosomal protein S14p/S29e / K homology domain-like, alpha/beta / Ribosomal S11, conserved site / Ribosomal protein S11 signature. / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S10 domain / Ribosomal protein S10 domain superfamily / Ribosomal protein S10p/S20e / Ribosomal protein S9, conserved site / Ribosomal protein S9 signature. / Ribosomal protein S11 / Ribosomal protein S12 signature. / Ribosomal protein S5/S7 / Ribosomal protein S7 domain
類似検索 - ドメイン・相同性
ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase ...ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / : / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / RNA / RNA (> 10) / RNA (> 100) / 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase / Small ribosomal subunit protein uS12m / Small ribosomal subunit protein uS14m / Small ribosomal subunit protein mS29 / Small ribosomal subunit protein mS22 / Small ribosomal subunit protein mS25 / Small ribosomal subunit protein uS10m / Small ribosomal subunit protein mS35 / Small ribosomal subunit protein uS5m / Small ribosomal subunit protein uS11m / Small ribosomal subunit protein uS15m / Small ribosomal subunit protein bS21m / Small ribosomal subunit protein mS34 / Small ribosomal subunit protein bS6m / Small ribosomal subunit protein uS9m / Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial / Small ribosomal subunit protein mS27 / Small ribosomal subunit protein mS31 / Small ribosomal subunit protein uS3m / Small ribosomal subunit protein mS39 / Small ribosomal subunit protein mS26 / Small ribosomal subunit protein mS38 / Small ribosomal subunit protein mS33 / Small ribosomal subunit protein bS1m / Small ribosomal subunit protein uS17m / Small ribosomal subunit protein uS7m / Small ribosomal subunit protein uS2m / Small ribosomal subunit protein bS16m / Small ribosomal subunit protein bS18m / Small ribosomal subunit protein mS23 / Small ribosomal subunit protein mS40
類似検索 - 構成要素
生物種Homo sapiens (ヒト)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 2.76 Å
データ登録者Itoh, Y. / Khawaja, A. / Rorbach, J. / Amunts, A.
資金援助European Union, 3件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)ERC-2018-StG-805230European Union
The Swedish Foundation for Strategic ResearchFFL15:0325European Union
European Commission799399-ItohriboEuropean Union
引用ジャーナル: Nature / 年: 2022
タイトル: Mechanism of mitoribosomal small subunit biogenesis and preinitiation.
著者: Yuzuru Itoh / Anas Khawaja / Ivan Laptev / Miriam Cipullo / Ilian Atanassov / Petr Sergiev / Joanna Rorbach / Alexey Amunts /
要旨: Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) ...Mitoribosomes are essential for the synthesis and maintenance of bioenergetic proteins. Here we use cryo-electron microscopy to determine a series of the small mitoribosomal subunit (SSU) intermediates in complex with auxiliary factors, revealing a sequential assembly mechanism. The methyltransferase TFB1M binds to partially unfolded rRNA h45 that is promoted by RBFA, while the mRNA channel is blocked. This enables binding of METTL15 that promotes further rRNA maturation and a large conformational change of RBFA. The new conformation allows initiation factor mtIF3 to already occupy the subunit interface during the assembly. Finally, the mitochondria-specific ribosomal protein mS37 (ref. ) outcompetes RBFA to complete the assembly with the SSU-mS37-mtIF3 complex that proceeds towards mtIF2 binding and translation initiation. Our results explain how the action of step-specific factors modulate the dynamic assembly of the SSU, and adaptation of a unique protein, mS37, links the assembly to initiation to establish the catalytic human mitoribosome.
履歴
登録2021年9月8日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年6月15日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12022年6月22日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 1.22022年6月29日Group: Database references / カテゴリ: citation
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last
改定 2.02023年11月15日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Refinement description
カテゴリ: atom_site / chem_comp_atom ...atom_site / chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_3d_fitting_list / pdbx_initial_refinement_model / pdbx_validate_main_chain_plane / pdbx_validate_rmsd_angle / pdbx_validate_torsion / struct_conn
Item: _atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id ..._atom_site.auth_atom_id / _atom_site.label_atom_id / _em_3d_fitting_list.accession_code / _em_3d_fitting_list.initial_refinement_model_id / _em_3d_fitting_list.source_name / _em_3d_fitting_list.type / _struct_conn.pdbx_leaving_atom_flag / _struct_conn.ptnr1_label_atom_id
改定 2.12024年1月17日Group: Structure summary / カテゴリ: chem_comp / Item: _chem_comp.pdbx_synonyms
改定 2.22024年4月24日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond
Item: _chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 ..._chem_comp_atom.atom_id / _chem_comp_bond.atom_id_1 / _chem_comp_bond.atom_id_2 / _chem_comp_bond.pdbx_aromatic_flag / _chem_comp_bond.value_order

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構造の表示

構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
A: 12S mitochondrial rRNA
B: 28S ribosomal protein S2, mitochondrial
C: 28S ribosomal protein S24, mitochondrial
D: 28S ribosomal protein S5, mitochondrial
E: 28S ribosomal protein S6, mitochondrial
F: 28S ribosomal protein S7, mitochondrial
G: 28S ribosomal protein S9, mitochondrial
H: 28S ribosomal protein S10, mitochondrial
I: 28S ribosomal protein S11, mitochondrial
J: 28S ribosomal protein S12, mitochondrial
K: 28S ribosomal protein S14, mitochondrial
L: 28S ribosomal protein S15, mitochondrial
M: 28S ribosomal protein S16, mitochondrial
N: 28S ribosomal protein S17, mitochondrial
O: 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial
P: 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial
Q: 28S ribosomal protein S21, mitochondrial
R: 28S ribosomal protein S22, mitochondrial
S: 28S ribosomal protein S23, mitochondrial
T: 28S ribosomal protein S25, mitochondrial
U: 28S ribosomal protein S26, mitochondrial
V: 28S ribosomal protein S27, mitochondrial
W: 28S ribosomal protein S28, mitochondrial
X: 28S ribosomal protein S29, mitochondrial
Y: 28S ribosomal protein S31, mitochondrial
Z: 28S ribosomal protein S33, mitochondrial
0: 28S ribosomal protein S34, mitochondrial
1: 28S ribosomal protein S35, mitochondrial
3: Aurora kinase A-interacting protein
4: Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial
a: Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial
b: 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,217,811119
ポリマ－1,213,21532
非ポリマー4,59687
水38,8402156
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: microscopy
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

-
要素

-
RNA鎖 , 1種, 1分子 A

#1: RNA鎖 12S mitochondrial rRNA


分子量: 306547.531 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)

+
28S ribosomal protein ... , 27種, 27分子 BCDEFGHIJKLMNOPQRSTUVWXYZ01

#2: タンパク質 28S ribosomal protein S2, mitochondrial / S2mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS2m


分子量: 33298.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y399
#3: タンパク質 28S ribosomal protein S24, mitochondrial / S24mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS3m / bMRP-47 / bMRP47


分子量: 19046.164 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EL2
#4: タンパク質 28S ribosomal protein S5, mitochondrial / S5mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS5m


分子量: 48094.594 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82675
#5: タンパク質 28S ribosomal protein S6, mitochondrial / S6mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS6m


分子量: 14250.588 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82932
#6: タンパク質 28S ribosomal protein S7, mitochondrial / S7mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS7m / bMRP-27a / bMRP27a


分子量: 28186.154 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R9
#7: タンパク質 28S ribosomal protein S9, mitochondrial / S9mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS9m


分子量: 45909.859 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82933
#8: タンパク質 28S ribosomal protein S10, mitochondrial / S10mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS10m


分子量: 23033.500 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82664
#9: タンパク質 28S ribosomal protein S11, mitochondrial / MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal ...MRP-S11 / S11mt / Cervical cancer proto-oncogene 2 protein / HCC-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS11m


分子量: 20663.805 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82912
#10: タンパク質 28S ribosomal protein S12, mitochondrial / S12mt / MT-RPS12 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS12m


分子量: 15200.947 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O15235
#11: タンパク質 28S ribosomal protein S14, mitochondrial / S14mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS14m


分子量: 15168.788 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: O60783
#12: タンパク質 28S ribosomal protein S15, mitochondrial / S15mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS15m


分子量: 29903.293 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82914
#13: タンパク質 28S ribosomal protein S16, mitochondrial / S16mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS16m


分子量: 15371.899 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D3
#14: タンパク質 28S ribosomal protein S17, mitochondrial / S17mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein uS17m


分子量: 14526.078 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2R5
#15: タンパク質 28S ribosomal protein S18b, mitochondrial / S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / Mitochondrial small ribosomal ...S18mt-b / 28S ribosomal protein S18-2 / mitochondrial / MRP-S18-2 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18b / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS40


分子量: 29440.629 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y676
#16: タンパク質 28S ribosomal protein S18c, mitochondrial / S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / Mitochondrial small ribosomal ...S18mt-c / 28S ribosomal protein S18-1 / mitochondrial / MRP-S18-1 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18c / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS18m


分子量: 15876.786 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D5
#17: タンパク質 28S ribosomal protein S21, mitochondrial / S21mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS21m


分子量: 10675.494 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82921
#18: タンパク質 28S ribosomal protein S22, mitochondrial / S22mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS22


分子量: 41337.316 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82650
#19: タンパク質 28S ribosomal protein S23, mitochondrial / S23mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS23


分子量: 21805.664 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y3D9
#20: タンパク質 28S ribosomal protein S25, mitochondrial / S25mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS25


分子量: 20146.428 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82663
#21: タンパク質 28S ribosomal protein S26, mitochondrial / S26mt / 28S ribosomal protein S13 / mitochondrial / S13mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS26


分子量: 24259.820 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9BYN8
#22: タンパク質 28S ribosomal protein S27, mitochondrial / S27mt / Mitochondrial ribosomal protein S27 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS27


分子量: 47669.262 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92552
#23: タンパク質 28S ribosomal protein S28, mitochondrial / S28mt / 28S ribosomal protein S35 / mitochondrial / S35mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein bS1m


分子量: 20878.846 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y2Q9
#24: タンパク質 28S ribosomal protein S29, mitochondrial / S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein / ...S29mt / Death-associated protein 3 / DAP-3 / Ionizing radiation resistance conferring protein / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS29


分子量: 45634.406 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P51398
#25: タンパク質 28S ribosomal protein S31, mitochondrial / S31mt / Imogen 38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS31


分子量: 45391.473 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q92665
#26: タンパク質 28S ribosomal protein S33, mitochondrial / S33mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS33


分子量: 12657.776 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9Y291
#27: タンパク質 28S ribosomal protein S34, mitochondrial / S34mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS34


分子量: 25695.549 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82930
#28: タンパク質 28S ribosomal protein S35, mitochondrial / S35mt / 28S ribosomal protein S28 / mitochondrial / S28mt / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS35


分子量: 36898.328 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: P82673

-
タンパク質 , 4種, 4分子 34ab

#29: タンパク質 Aurora kinase A-interacting protein / AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial ...AURKA-interacting protein / 28S ribosomal protein S38 / mitochondrial / MRP-S38 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS38


分子量: 22395.326 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q9NWT8
#30: タンパク質 Pentatricopeptide repeat domain-containing protein 3, mitochondrial / 28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein ...28S ribosomal protein S39 / mitochondrial / MRP-S39 / Mitochondrial small ribosomal subunit protein mS39 / Transformation-related gene 15 protein / TRG-15


分子量: 78648.547 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q96EY7
#31: タンパク質 Putative ribosome-binding factor A, mitochondrial


分子量: 38417.434 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q8N0V3
#32: タンパク質 12S rRNA N4-methylcytidine (m4C) methyltransferase / 12S rRNA m4C methyltransferase / Methyltransferase 5 domain-containing protein 1 / ...12S rRNA m4C methyltransferase / Methyltransferase 5 domain-containing protein 1 / Methyltransferase-like protein 15


分子量: 46184.020 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 天然 / 詳細: cell / 由来: (天然) Homo sapiens (ヒト)
参照: UniProt: A6NJ78, 転移酵素; 一炭素原子の基を移すもの; メチル基を移すもの

-
非ポリマー , 9種, 2243分子

#33: 化合物 ChemComp-NAD / NICOTINAMIDE-ADENINE-DINUCLEOTIDE


分子量: 663.425 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C21H27N7O14P2 / コメント: NAD*YM
#34: 化合物...
ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 64 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg
#35: 化合物
ChemComp-K / POTASSIUM ION / カリウムカチオン


分子量: 39.098 Da / 分子数: 16 / 由来タイプ: 合成 / 式: K
#36: 化合物 ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn
#37: 化合物 ChemComp-FES / FE2/S2 (INORGANIC) CLUSTER


分子量: 175.820 Da / 分子数: 2 / 由来タイプ: 合成 / 式: Fe2S2 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#38: 化合物 ChemComp-ATP / ADENOSINE-5'-TRIPHOSPHATE / ATP


分子量: 507.181 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H16N5O13P3 / コメント: ATP, エネルギー貯蔵分子*YM
#39: 化合物 ChemComp-GDP / GUANOSINE-5'-DIPHOSPHATE / GDP


タイプ: RNA linking / 分子量: 443.201 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H15N5O11P2 / コメント: GDP, エネルギー貯蔵分子*YM
#40: 化合物 ChemComp-SAH / S-ADENOSYL-L-HOMOCYSTEINE / S-アデノシルホモシステイン


タイプ: L-peptide linking / 分子量: 384.411 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 式: C14H20N6O5S
#41: 水 ChemComp-HOH / water


分子量: 18.015 Da / 分子数: 2156 / 由来タイプ: 天然 / 式: H2O

-
詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

-
実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

-
試料調製

構成要素名称: Assembly intermediate of small subunit of human mitochondrial ribosome
タイプ: RIBOSOME / Entity ID: #1-#32 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Homo sapiens (ヒト)
由来(組換発現)生物種: Homo sapiens (ヒト)
緩衝液pH: 7.5
緩衝液成分
ID濃度名称式Buffer-ID
10.20 Mpotassium chlorideKCl1
25.0 mMmagnesium acetateMg(CH3COO)21
325 mMHEPES-KOH buffer pH 7.51
40.05 % (w/v)n-dodecyl-beta-D-maltopyranosideC24H46O111
50.25 mM5'-guanylyl imidodiphosphateC10H17N6O13P31
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 300 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE / 湿度: 100 % / 凍結前の試料温度: 297 K

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 165000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 3000 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 1000 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 5 sec. / 電子線照射量: 31 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
実像数: 20583
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Quantum LS / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV
画像スキャン動画フレーム数/画像: 20 / 利用したフレーム数/画像: 1-20

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
1RELION3粒子像選択
2EPU画像取得
4Gctf1.06CTF補正
7Coot0.9モデルフィッティング
9PHENIX1.18モデル精密化
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3.1最終オイラー角割当
12RELION3.1分類
13RELION3.1３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 1469471
対称性点対称性: C1 (非対称)
3次元再構成解像度: 2.76 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 119673 / アルゴリズム: BACK PROJECTION / 対称性のタイプ: POINT
原子モデル構築空間: REAL
原子モデル構築PDB-ID: 6RW4

6rw4


Accession code: 6RW4 / Source name: PDB / タイプ: experimental model

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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