PDB-7pno: C terminal domain of Nipah Virus Phosphoprotein fused to the Ntai...

IDまたはキーワード:

登録情報

データベース: PDB / ID: 7pno

タイトル

C terminal domain of Nipah Virus Phosphoprotein fused to the Ntail alpha more of the Nucleoprotein.

要素

Phosphoprotein
alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

キーワード

VIRAL PROTEIN / NIPAH VIRUS / PHOSPHOPROTEIN / Polymerase cofactor

機能・相同性

機能・相同性情報

negative stranded viral RNA transcription / negative stranded viral RNA replication / virion component / molecular adaptor activity / host cell cytoplasm / symbiont-mediated suppression of host innate immune response
類似検索 - 分子機能

生物種

Nipah virus (ウイルス)

Nipah henipavirus (ウイルス)

手法

X線回折 /

シンクロトロン / AB INITIO PHASING / 解像度: 2.79 Å

データ登録者

Bourhis, J.M. / Yabukaski, F. / Tarbouriech, N. / Jamin, M.

資金援助

フランス, 3件

組織	認可番号	国
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR BSV8-2012-NNViPol	フランス
Agence Nationale de la Recherche (ANR)	ANR-18-CE11-0014-02	フランス
Foundation for Medical Research (France)	DEQ20170336754	フランス

引用

ジャーナル: J.Mol.Biol. / 年: 2022
タイトル: Structural Dynamics of the C-terminal X Domain of Nipah and Hendra Viruses Controls the Attachment to the C-terminal Tail of the Nucleocapsid Protein.
著者: Bourhis, J.M. / Yabukarski, F. / Communie, G. / Schneider, R. / Volchkova, V.A. / Freneat, M. / Gerard, F.C. / Ducournau, C. / Mas, C. / Tarbouriech, N. / Ringkjobing Jensen, M. / Volchkov, V. ...

履歴

登録	2021年9月7日	登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.0	2022年4月20日	Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.1	2022年4月27日	Group: Database references / カテゴリ: citation Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title
改定 1.2	2024年6月19日	Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond

構造ビューア	分子: MolmilJmol/JSmol

-
ダウンロード

PDBx/mmCIF形式	7pno.cif.gz	200.9 KB	表示	PDBx/mmCIF形式
PDB形式	pdb7pno.ent.gz	164 KB	表示	PDB形式
PDBx/mmJSON形式	7pno.json.gz		ツリー表示	PDBx/mmJSON形式
その他	その他のダウンロード

-
検証レポート

アーカイブディレクトリ	https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pno ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pno	HTTPS FTP

-
関連構造データ

関連構造データ	7ponC C: 同じ文献を引用 (文献)
類似構造データ	類似検索 - 機能・相同性F&H 検索類似検索 - 機能F&H 検索類似検索 - 相同性F&H 検索

-
リンク

PDBのページ	PDBj / wwPDB / NCBI
「今月の分子」の関連する項目	#231 - 2019年3月麻疹ウイルスタンパク質 (Measles Virus Proteins) 類似性 (4)

登録構造単位

A: Phosphoprotein

B: alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

C: Phosphoprotein

D: alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

E: Phosphoprotein

F: alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

G: Phosphoprotein

H: alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

I: Phosphoprotein

J: alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

K: Phosphoprotein

L: alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

M: Phosphoprotein

N: alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail

71.5 kDa, 14 ポリマー
Omokage検索でこの集合体の類似形状データを探す (詳細)

1

登録構造と同一
登録者が定義した集合体
根拠: SAXS, light scattering

単位格子

Length a, b, c (Å)	60.460, 131.970, 156.900
Angle α, β, γ (deg.)	90.00, 90.00, 90.00
Int Tables number	20
Space group name H-M	C222₁

#1: タンパク質	Phosphoprotein / Protein P 分子量: 6306.980 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah virus (ウイルス) / 遺伝子: P/V/C / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: Q9IK91
#2: タンパク質・ペプチド	alpha MoRE of Nipah virus Nucleoprotein tail 分子量: 3906.196 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Nipah henipavirus (ウイルス) / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌)
#3: 水	ChemComp-HOH / water 分子量: 18.015 Da / 分子数: 14 / 由来タイプ: 天然 / 式: H₂O

-
実験

実験	手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1

-
試料調製

結晶	マシュー密度: 2.19 Å³/Da / 溶媒含有率: 43.81 %
結晶化	温度: 293 K / 手法: 蒸気拡散法, ハンギングドロップ法 / pH: 4 / 詳細: 20% PEG 550, Sodium acetate 100 mM pH 4

-
データ収集

回折	平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N
放射光源	由来: シンクロトロン / サイト: ESRF / ビームライン: ID14-4 / 波長: 0.9394 Å
検出器	タイプ: ADSC QUANTUM 315r / 検出器: CCD / 日付: 2012年9月9日
放射	プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray
放射波長	波長: 0.9394 Å / 相対比: 1
反射	解像度: 2.8→78.45 Å / Num. obs: 16111 / % possible obs: 99.8 % / 冗長度: 8.9 % / R_merge(I) obs: 0.07 / Net I/σ(I): 17.1
反射シェル	解像度: 2.8→2.98 Å / R_merge(I) obs: 0.349 / Num. unique obs: 2844

-
解析

ソフトウェア

名称	バージョン	分類
REFMAC	5.7.0032	精密化
MOSFLM		データ削減
Aimless		データスケーリング
AMPLE		位相決定

精密化

構造決定の手法: AB INITIO PHASING / 解像度: 2.79→23.94 Å / Cor.coef. F_o:F_c: 0.943 / Cor.coef. F_o:F_c free: 0.903 / SU B: 24.726 / SU ML: 0.232 / 交差検証法: THROUGHOUT / ESU R: 5.123 / ESU R Free: 0.365 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD / 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS

	R_factor	反射数	%反射	Selection details
R_free	0.25743	808	5 %	RANDOM
R_work	0.2029	-	-	-
obs	0.20548	15240	99.49 %	-

溶媒の処理

イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK

原子変位パラメータ

B_iso mean: 64.275 Å²

	B_aniso -1	B_aniso -2	B_aniso -3
1-	-0.14 Å²	-0 Å²	-0 Å²
2-	-	0.08 Å²	0 Å²
3-	-	-	0.06 Å²

精密化ステップ

サイクル: 1 / 解像度: 2.79→23.94 Å

	タンパク質	核酸	リガンド	溶媒	全体
原子数	3784	0	0	14	3798

拘束条件

Refine-ID	タイプ	Dev ideal	Dev ideal target	数
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_refined_d	0.014	0.019	3784
X-RAY DIFFRACTION	r_bond_other_d	0.001	0.02	3840
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_refined_deg	1.561	1.979	5066
X-RAY DIFFRACTION	r_angle_other_deg	0.805	3	8799
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_1_deg	5.099	5	472
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_2_deg	37.974	24.759	187
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_3_deg	16.578	15	766
X-RAY DIFFRACTION	r_dihedral_angle_4_deg	19.314	15	42
X-RAY DIFFRACTION	r_chiral_restr	0.079	0.2	616
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_refined	0.004	0.02	4234
X-RAY DIFFRACTION	r_gen_planes_other	0.001	0.02	794
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_nbtor_other
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_xyhbond_nbd_other
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_vdw_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_hbond_other
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_refined
X-RAY DIFFRACTION	r_symmetry_metal_ion_other
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_it	2.322	3.719	1930
X-RAY DIFFRACTION	r_mcbond_other	2.32	3.718	1929
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_it	3.748	5.548	2388
X-RAY DIFFRACTION	r_mcangle_other	3.748	5.549	2389
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_it	3.236	4.041	1853
X-RAY DIFFRACTION	r_scbond_other	3.237	4.039	1851
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_it
X-RAY DIFFRACTION	r_scangle_other	5.271	5.886	2678
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_refined	6.81	28.12	4405
X-RAY DIFFRACTION	r_long_range_B_other	6.809	28.127	4406
X-RAY DIFFRACTION	r_rigid_bond_restr
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_free
X-RAY DIFFRACTION	r_sphericity_bonded

LS精密化シェル

解像度: 2.79→2.856 Å

	R_factor	反射数	%反射
R_free	0.295	42	-
R_work	0.306	1099	-
obs	-	-	98.96 %

精密化 TLS

手法: refined / Refine-ID: X-RAY DIFFRACTION

ID	L11 (°²)	L12 (°²)	L13 (°²)	L22 (°²)	L23 (°²)	L33 (°²)	S11 (Å °)	S12 (Å °)	S13 (Å °)	S21 (Å °)	S22 (Å °)	S23 (Å °)	S31 (Å °)	S32 (Å °)	S33 (Å °)	T11 (Å²)	T12 (Å²)	T13 (Å²)	T22 (Å²)	T23 (Å²)	T33 (Å²)	Origin x (Å)	Origin y (Å)	Origin z (Å)
1	4.6964	0.5404	1.5826	5.081	0.2057	3.0309	0.0836	0.2215	0.0886	-0.3335	-0.1009	0.394	-0.0392	-0.2573	0.0173	0.1903	-0.0944	0.0191	0.1529	0.0165	0.2343	-46.035	-20.229	10.936
2	6.3376	2.9045	5.2237	4.1588	-0.8581	8.6902	-0.6602	0.1225	0.8031	-0.5602	-0.1674	0.4388	-0.3508	-0.1309	0.8276	0.3096	0.0685	-0.077	0.4853	-0.0071	0.5251	-52.621	-10.596	5.537
3	4.9688	-0.4638	-0.62	2.9022	0.2954	4.9033	-0.0426	-0.063	-0.1198	0.0039	-0.1576	0.0251	0.0067	-0.2032	0.2002	0.1713	-0.0684	0.0226	0.046	-0.0176	0.0566	-27.125	16.946	23.612
4	13.0626	-3.0164	-7.9395	4.5617	0.5258	5.5032	0.3956	0.2452	-0.0799	-0.1549	-0.27	0.1304	-0.5164	-0.1004	-0.1255	0.3947	0.0023	0.0441	0.2826	-0.0455	0.1154	-28.325	24.511	34.149
5	4.8839	0.0671	-0.8081	4.893	1.3289	3.4228	0.0104	0.3751	-0.1567	-0.3886	-0.0739	-0.2044	0.0446	0.1714	0.0635	0.1962	-0.1006	-0.0027	0.1509	-0.0061	0.1211	-17.96	23.963	8.222
6	6.9549	-0.3414	-6.5096	2.059	3.5313	12.0468	-0.1802	0.2391	-0.2236	-0.4609	0.0284	0.0728	-0.4717	0.4474	0.1519	0.4853	-0.0024	-0.0398	0.4731	0.0691	0.3039	-15.955	29.481	-3.862
7	5.3979	-0.0116	-0.5221	4.1697	-0.7434	4.3494	0.0973	-0.4981	-0.2169	0.2265	-0.1831	-0.1059	0.0213	0.0245	0.0858	0.1552	-0.1095	-0.0154	0.1209	-0.0085	0.1675	-11.901	32.581	24.417
8	2.7284	0.9728	-1.3455	3.4787	-0.8884	13.544	-0.0313	-0.2491	-0.2443	0.3543	-0.3137	-0.1333	-0.4776	-0.2328	0.3451	0.3562	-0.0044	-0.0689	0.6005	0.0219	0.3562	-3.479	35.422	33.826
9	5.0457	-1.3681	1.1128	5.7387	-0.7093	3.3307	0.0139	-0.3014	-0.3826	0.0724	-0.1524	-0.2928	0.16	0.3119	0.1385	0.1775	-0.1113	0.0335	0.1665	0.0305	0.2271	-29.048	-16.576	19.241
10	17.4667	-1.4694	4.239	1.0708	1.2395	4.1424	0.0595	-0.0496	0.5793	0.219	-0.0424	-0.5108	0.3214	-0.2528	-0.0171	0.4138	-0.1939	-0.0685	0.6129	0.1642	0.845	-16.695	-15.21	18.621
11	5.2208	1.0687	0.602	4.9719	0.479	3.7302	0.0688	-0.1987	0.1682	0.1062	-0.2839	0.4184	0.1037	-0.3498	0.215	0.1501	-0.0717	0.0643	0.1029	-0.0438	0.2639	-39.41	-0.409	17.965
12	15.5288	-6.0612	-0.6704	4.5242	-1.089	0.8813	0.3546	0.2519	0.5627	-0.1482	-0.1015	0.2816	0.0292	-0.0294	-0.2531	0.554	0.0096	-0.001	0.6999	-0.109	0.6169	-45.376	9.104	23.473
13	4.8524	-0.6048	-0.6897	3.9395	1.7989	4.0977	0.0872	-0.1522	-0.0796	0.1354	-0.206	-0.0435	0.2133	0.1161	0.1188	0.1253	-0.0767	0.0099	0.0814	0.0003	0.103	-21.171	2.519	12.188
14	9.1972	-4.8286	-1.3162	11.5647	3.6435	1.3504	0.1323	-0.485	0.5994	-0.2968	0.1563	-0.8848	0.0715	0.33	-0.2886	0.3341	0.1144	0.0799	0.5665	0.0282	0.3407	-11.355	3.89	4.016

精密化 TLSグループ

ID	Refine-ID	Refine TLS-ID	Auth asym-ID	Auth seq-ID
1	X-RAY DIFFRACTION	1	A	659 - 707
2	X-RAY DIFFRACTION	2	B	469 - 491
3	X-RAY DIFFRACTION	3	C	659 - 707
4	X-RAY DIFFRACTION	4	D	469 - 492
5	X-RAY DIFFRACTION	5	E	659 - 707
6	X-RAY DIFFRACTION	6	F	470 - 492
7	X-RAY DIFFRACTION	7	G	659 - 707
8	X-RAY DIFFRACTION	8	H	470 - 490
9	X-RAY DIFFRACTION	9	I	659 - 707
10	X-RAY DIFFRACTION	10	J	473 - 486
11	X-RAY DIFFRACTION	11	K	659 - 707
12	X-RAY DIFFRACTION	12	L	471 - 488
13	X-RAY DIFFRACTION	13	M	659 - 707
14	X-RAY DIFFRACTION	14	N	471 - 490

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

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