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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pnm | |||||||||
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タイトル | Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 46C12 antibody Fab fragment | |||||||||
要素 |
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キーワード | VIRAL PROTEIN / Coronavirus / Glycoprotein / Antibody / Spike | |||||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 endocytosis involved in viral entry into host cell / host cell endoplasmic reticulum-Golgi intermediate compartment membrane / receptor-mediated virion attachment to host cell / fusion of virus membrane with host plasma membrane / fusion of virus membrane with host endosome membrane / viral envelope / host cell plasma membrane / virion membrane / membrane 類似検索 - 分子機能 | |||||||||
生物種 | Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) Homo sapiens (ヒト) | |||||||||
手法 | 電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.7 Å | |||||||||
データ登録者 | Hurdiss, D.L. | |||||||||
資金援助 | オランダ, 中国, 2件
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引用 | ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022 タイトル: Antigenic structure of the human coronavirus OC43 spike reveals exposed and occluded neutralizing epitopes. 著者: Chunyan Wang / Emma L Hesketh / Tatiana M Shamorkina / Wentao Li / Peter J Franken / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Sarah Townend / Frank J M van Kuppeveld / Frank Grosveld / Neil A ...著者: Chunyan Wang / Emma L Hesketh / Tatiana M Shamorkina / Wentao Li / Peter J Franken / Dubravka Drabek / Rien van Haperen / Sarah Townend / Frank J M van Kuppeveld / Frank Grosveld / Neil A Ranson / Joost Snijder / Raoul J de Groot / Daniel L Hurdiss / Berend-Jan Bosch / 要旨: Human coronavirus OC43 is a globally circulating common cold virus sustained by recurrent reinfections. How it persists in the population and defies existing herd immunity is unknown. Here we focus ...Human coronavirus OC43 is a globally circulating common cold virus sustained by recurrent reinfections. How it persists in the population and defies existing herd immunity is unknown. Here we focus on viral glycoprotein S, the target for neutralizing antibodies, and provide an in-depth analysis of its antigenic structure. Neutralizing antibodies are directed to the sialoglycan-receptor binding site in S1 domain, but, remarkably, also to S1. The latter block infection yet do not prevent sialoglycan binding. While two distinct neutralizing S1 epitopes are readily accessible in the prefusion S trimer, other sites are occluded such that their accessibility must be subject to conformational changes in S during cell-entry. While non-neutralizing antibodies were broadly reactive against a collection of natural OC43 variants, neutralizing antibodies generally displayed restricted binding breadth. Our data provide a structure-based understanding of protective immunity and adaptive evolution for this endemic coronavirus which emerged in humans long before SARS-CoV-2. | |||||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pnm.cif.gz | 764 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pnm.ent.gz | 609.7 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pnm.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnm ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnm | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
関連構造データ | 13549MC 7pnqC 7po5C M: このデータのモデリングに利用したマップデータ C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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-要素
#1: タンパク質 | 分子量: 146738.734 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 由来: (組換発現) Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) / 参照: UniProt: Q696P8 #2: 抗体 | 分子量: 12076.570 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 遺伝子: VL / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #3: 抗体 | 分子量: 13606.123 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Homo sapiens (ヒト) / 細胞株 (発現宿主): HEK-293T / 発現宿主: Homo sapiens (ヒト) #4: 多糖 | 2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose #5: 糖 | ChemComp-NAG / 研究の焦点であるリガンドがあるか | N | |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: 電子顕微鏡法 |
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EM実験 | 試料の集合状態: PARTICLE / 3次元再構成法: 単粒子再構成法 |
-試料調製
構成要素 | 名称: Human coronavirus OC43 spike glycoprotein ectodomain in complex with the 46C12 antibody Fab fragment タイプ: COMPLEX / Entity ID: #1-#3 / 由来: RECOMBINANT | |||||||||||||||
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分子量 | 値: 0.583 MDa / 実験値: NO | |||||||||||||||
由来(天然) | 生物種: Human coronavirus OC43 (ヒトコロナウイルス OC43) 株: USA/1967 | |||||||||||||||
由来(組換発現) | 生物種: Homo sapiens (ヒト) / 細胞: HEK293T | |||||||||||||||
緩衝液 | pH: 8 | |||||||||||||||
緩衝液成分 |
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試料 | 濃度: 1 mg/ml / 包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES 詳細: Purified OC43 spike ectodomain and the antibody Fab fragments were incubated together for 5 minutes at a 1:1 molar ratio | |||||||||||||||
試料支持 | グリッドの材料: COPPER / グリッドのタイプ: Quantifoil | |||||||||||||||
急速凍結 | 装置: FEI VITROBOT MARK IV / 凍結剤: ETHANE |
-電子顕微鏡撮影
実験機器 | モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company |
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顕微鏡 | モデル: TFS KRIOS 詳細: A 30 degree stage tilt was employed during data collection to increase the number of side views visualised due to preferential orientation. |
電子銃 | 電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM |
電子レンズ | モード: BRIGHT FIELD / 倍率(公称値): 75000 X / 最大 デフォーカス(公称値): 2600 nm / 最小 デフォーカス(公称値): 800 nm / Cs: 2.7 mm / C2レンズ絞り径: 70 µm |
試料ホルダ | 凍結剤: NITROGEN 試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER |
撮影 | 平均露光時間: 60 sec. / 電子線照射量: 52 e/Å2 / 検出モード: COUNTING フィルム・検出器のモデル: FEI FALCON III (4k x 4k) 撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 599 |
画像スキャン | 横: 4096 / 縦: 4096 |
-解析
ソフトウェア |
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EMソフトウェア |
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CTF補正 | タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
粒子像の選択 | 選択した粒子像数: 482742 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
対称性 | 点対称性: C3 (3回回転対称) | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
3次元再構成 | 解像度: 3.7 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 76638 / 対称性のタイプ: POINT | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子モデル構築 | PDB-ID: 6NZK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化 | 交差検証法: NONE 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 68.42 Å2 | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
拘束条件 |
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