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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pnc | ||||||
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タイトル | Dark state structure of Sensory Rhodopsin II solved by serial millisecond crystallography | ||||||
要素 | Sensory rhodopsin-2 | ||||||
キーワード | SIGNALING PROTEIN / SRII / serial millisecond crystallography / sensory rhodopsin / sensory rhodopsin II / SMX / SSX | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 phototransduction / photoreceptor activity / monoatomic ion channel activity / plasma membrane 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Natronomonas pharaonis (古細菌) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / 分子置換 / 解像度: 2.2 Å | ||||||
データ登録者 | Bosman, R. / Ortolani, G. / Branden, G. / Neutze, R. | ||||||
資金援助 | European Union, 1件
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引用 | ジャーナル: To Be Published タイトル: Structural basis of the prolonged photocycle of Sensory Rhodopsin II revealed by serial millisecond crystallography 著者: Bosman, R. / Ortolani, G. / Branden, G. / Neutze, R. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pnc.cif.gz | 193.3 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pnc.ent.gz | 133.3 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pnc.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
文書・要旨 | 7pnc_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | wwPDB検証レポート |
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文書・詳細版 | 7pnc_full_validation.pdf.gz | 2.7 MB | 表示 | |
XML形式データ | 7pnc_validation.xml.gz | 13.3 KB | 表示 | |
CIF形式データ | 7pnc_validation.cif.gz | 16.9 KB | 表示 | |
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnc ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pnc | HTTPS FTP |
-関連構造データ
関連構造データ | 8qqoC 1h68S S: 精密化の開始モデル C: 同じ文献を引用 (文献) |
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類似構造データ | 類似検索 - 機能・相同性F&H 検索 |
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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Components on special symmetry positions |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 9分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 26666.137 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Natronomonas pharaonis (古細菌) / 遺伝子: sop2, sopII / 発現宿主: Escherichia coli (大腸菌) / 参照: UniProt: P42196 |
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#4: 糖 | ChemComp-BOG / |
-非ポリマー , 4種, 47分子
#2: 化合物 | ChemComp-RET / | ||||
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#3: 化合物 | #5: 化合物 | ChemComp-MPG / [( #6: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.8 Å3/Da / 溶媒含有率: 56.04 % |
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結晶化 | 温度: 295 K / 手法: 脂質キュービック相法 / 詳細: CaCl 150mM, Glycine 100mM, 38%(v/v) PEG 400, pH 7.5 |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 298 K / Serial crystal experiment: Y |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: SLS / ビームライン: X06SA / 波長: 1.0000342 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS EIGER X 16M / 検出器: PIXEL / 日付: 2019年5月15日 |
放射 | プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 1.0000342 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.1→39.44 Å / Num. obs: 18087 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 242 % / Biso Wilson estimate: 33.33 Å2 / CC1/2: 0.991 / CC star: 0.998 / R split: 0.1399 / Net I/σ(I): 5.56 |
反射 シェル | 解像度: 2.11→2.14 Å / Num. unique obs: 1722 / CC1/2: 0.31 / CC star: 0.686 |
Serial crystallography sample delivery | 手法: injection |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: 分子置換 開始モデル: 1H68 解像度: 2.2→39.44 Å / SU ML: 0.1991 / 交差検証法: FREE R-VALUE / σ(F): 1.34 / 位相誤差: 21.5497 立体化学のターゲット値: GeoStd + Monomer Library + CDL v1.2
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溶媒の処理 | 減衰半径: 0.9 Å / VDWプローブ半径: 1.11 Å / 溶媒モデル: FLAT BULK SOLVENT MODEL | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso mean: 55.66 Å2 | |||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
精密化ステップ | サイクル: LAST / 解像度: 2.2→39.44 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル |
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精密化 TLS | 手法: refined / Origin x: 33.0000789233 Å / Origin y: 37.184319392 Å / Origin z: 2.1600188139 Å
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精密化 TLSグループ | Selection details: all |