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- PDB-7pnb: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament. -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pnb
タイトルSulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
要素Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
キーワードPROTEIN FIBRIL / cell surface appendage / beta-strand addition / isopeptide bond / N-glycosylation / beta-sandwich
機能・相同性Uncharacterized protein
機能・相同性情報
生物種Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
手法電子顕微鏡法 / らせん対称体再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.46 Å
データ登録者Isupov, M.N. / Gaines, M. / Daum, B.
資金援助European Union, 1件
組織認可番号国
European Research Council (ERC)109784European Union
引用ジャーナル: Nat Commun / 年: 2022
タイトル: Electron cryo-microscopy reveals the structure of the archaeal thread filament.
著者: Matthew C Gaines / Michail N Isupov / Shamphavi Sivabalasarma / Risat Ul Haque / Mathew McLaren / Clara L Mollat / Patrick Tripp / Alexander Neuhaus / Vicki A M Gold / Sonja-Verena Albers / Bertram Daum /
要旨: Pili are filamentous surface extensions that play roles in bacterial and archaeal cellular processes such as adhesion, biofilm formation, motility, cell-cell communication, DNA uptake and horizontal ...Pili are filamentous surface extensions that play roles in bacterial and archaeal cellular processes such as adhesion, biofilm formation, motility, cell-cell communication, DNA uptake and horizontal gene transfer. The model archaeaon Sulfolobus acidocaldarius assembles three filaments of the type-IV pilus superfamily (archaella, archaeal adhesion pili and UV-inducible pili), as well as a so-far uncharacterised fourth filament, named "thread". Here, we report on the cryo-EM structure of the archaeal thread. The filament is highly glycosylated and consists of subunits of the protein Saci_0406, arranged in a head-to-tail manner. Saci_0406 displays structural similarity, but low sequence homology, to bacterial type-I pilins. Thread subunits are interconnected via donor strand complementation, a feature reminiscent of bacterial chaperone-usher pili. However, despite these similarities in overall architecture, archaeal threads appear to have evolved independently and are likely assembled by a distinct mechanism.
履歴
登録2021年9月6日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02022年9月14日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 1.12023年3月29日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.country / _citation.journal_abbrev ..._citation.country / _citation.journal_abbrev / _citation.journal_id_CSD / _citation.journal_id_ISSN / _citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.pdbx_database_id_DOI / _citation.pdbx_database_id_PubMed / _citation.title / _citation.year

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構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

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集合体

登録構造単位
A: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
B: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
C: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
D: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
E: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
F: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
G: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
H: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
I: Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)248,87254
ポリマ－200,6249
非ポリマー48,24845
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: 電子顕微鏡法
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551
Buried area88960 Å2
ΔGint447 kcal/mol
Surface area79360 Å2

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要素

#1: タンパク質
Sulfolobus acidocaldarius 0406 filament.


分子量: 22291.539 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
遺伝子: ATZ20_07285
発現宿主: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
参照: UniProt: A0A0U2Y8S3
#2: 多糖...
beta-D-glucopyranose-(1-4)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)] ...beta-D-glucopyranose-(1-4)-6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)][alpha-D-mannopyranose-(1-6)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 1137.028 Da / 分子数: 36 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/4,6,5/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6*SO/2=O/2=O][a2122h-1b_1-5][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3-4-4/a4-b1_b3-c1_b4-e1_b6-f1_c4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{[(4+1)][b-D-Glcp]{}}[(4+1)][a-D-Manp]{}[(6+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
#3: 多糖
6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D- ...6-deoxy-6-sulfo-beta-D-glucopyranose-(1-3)-[alpha-D-mannopyranose-(1-4)]2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose-(1-4)-2-acetamido-2-deoxy-beta-D-glucopyranose


タイプ: oligosaccharide / 分子量: 812.746 Da / 分子数: 9 / 由来タイプ: 組換発現
記述子タイププログラム
WURCS=2.0/3,4,3/[a2122h-1b_1-5_2*NCC/3=O][a2122h-1b_1-5_6*SO/2=O/2=O][a1122h-1a_1-5]/1-1-2-3/a4-b1_b3-c1_b4-d1WURCSPDB2Glycan 1.1.0
[]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(4+1)][b-D-GlcpNAc]{[(3+1)][b-D-Glcp6SH]{}[(4+1)][a-D-Manp]{}}}}LINUCSPDB-CARE
研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: FILAMENT / ３次元再構成法: らせん対称体再構成法

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試料調製

構成要素名称: Filament / タイプ: ORGANELLE OR CELLULAR COMPONENT / Entity ID: #1 / 由来: NATURAL
分子量実験値: NO
由来(天然)生物種: Sulfolobus acidocaldarius (好気性・好酸性)
緩衝液pH: 3
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
詳細: Mixed population of filaments isolated from Sulfolobus acidocaldarius
急速凍結凍結剤: ETHANE

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD
撮影電子線照射量: 42.33 e/Å2 / 検出モード: COUNTING
フィルム・検出器のモデル: GATAN K2 SUMMIT (4k x 4k)
撮影したグリッド数: 1 / 実像数: 6272

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ詳細
1cryoSPARC3.2.0粒子像選択cryoSPARC filament tracer was used to automatically pick particles
4cryoSPARC3.2.0CTF補正
7Cootモデルフィッティング
8UCSF Chimeraモデルフィッティング
9UCSF ChimeraXモデルフィッティング
10MOLREPモデルフィッティング
12REFMACモデル精密化
13CCP4 packageモデル精密化
14cryoSPARC3.2.0初期オイラー角割当
15cryoSPARC3.2.0最終オイラー角割当
16cryoSPARC3.2.0分類
17cryoSPARC3.2.0３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
らせん対称回転角度/サブユニット: -103.234 ° / 軸方向距離/サブユニット: 31.649 Å / らせん対称軸の対称性: C1
粒子像の選択選択した粒子像数: 410270
3次元再構成解像度: 3.46 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 188620 / クラス平均像の数: 1 / 対称性のタイプ: HELICAL
原子モデル構築プロトコル: AB INITIO MODEL / 空間: RECIPROCAL
詳細: Jligand was used for preparing dictionaries for an unusual sugars and an isopeptide link beween main chain nitrogen of the N-terminal D25 and C gamma of N57 from N-2 monomer in the filament.

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbjlvh1.pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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