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-基本情報
登録情報 | データベース: PDB / ID: 7pn4 | ||||||
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タイトル | Evolved unspecific peroxygenase with A77L mutation in complex with naphthalene | ||||||
要素 | Aromatic peroxygenaseUnspecific peroxygenase | ||||||
キーワード | OXIDOREDUCTASE (酸化還元酵素) / Naphthalene complex (ナフタレン) / peroxygenase / peroxidase (ペルオキシダーゼ) | ||||||
機能・相同性 | 機能・相同性情報 unspecific peroxygenase / hydrogen peroxide catabolic process / peroxidase activity / heme binding / metal ion binding 類似検索 - 分子機能 | ||||||
生物種 | Agrocybe aegerita (菌類) | ||||||
手法 | X線回折 / シンクロトロン / フーリエ合成 / 解像度: 2.05 Å | ||||||
データ登録者 | Fernandez-Garcia, A. / Sanz-Aparicio, J. | ||||||
資金援助 | スペイン, 1件
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引用 | ジャーナル: Angew.Chem.Int.Ed.Engl. / 年: 2023 タイトル: Engineering a Highly Regioselective Fungal Peroxygenase for the Synthesis of Hydroxy Fatty Acids. 著者: Gomez de Santos, P. / Gonzalez-Benjumea, A. / Fernandez-Garcia, A. / Aranda, C. / Wu, Y. / But, A. / Molina-Espeja, P. / Mate, D.M. / Gonzalez-Perez, D. / Zhang, W. / Kiebist, J. / Scheibner, ...著者: Gomez de Santos, P. / Gonzalez-Benjumea, A. / Fernandez-Garcia, A. / Aranda, C. / Wu, Y. / But, A. / Molina-Espeja, P. / Mate, D.M. / Gonzalez-Perez, D. / Zhang, W. / Kiebist, J. / Scheibner, K. / Hofrichter, M. / Swiderek, K. / Moliner, V. / Sanz-Aparicio, J. / Hollmann, F. / Gutierrez, A. / Alcalde, M. | ||||||
履歴 |
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-構造の表示
構造ビューア | 分子: MolmilJmol/JSmol |
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-ダウンロードとリンク
-ダウンロード
PDBx/mmCIF形式 | 7pn4.cif.gz | 87.2 KB | 表示 | PDBx/mmCIF形式 |
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PDB形式 | pdb7pn4.ent.gz | 62.8 KB | 表示 | PDB形式 |
PDBx/mmJSON形式 | 7pn4.json.gz | ツリー表示 | PDBx/mmJSON形式 | |
その他 | その他のダウンロード |
-検証レポート
アーカイブディレクトリ | https://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pn4 ftp://data.pdbj.org/pub/pdb/validation_reports/pn/7pn4 | HTTPS FTP |
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-関連構造データ
-リンク
-集合体
登録構造単位 |
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1 |
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単位格子 |
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-要素
-タンパク質 / 糖 , 2種, 5分子 A
#1: タンパク質 | 分子量: 35990.012 Da / 分子数: 1 / 変異: V57A, L67F, V75I, A77L, I248V, F311L / 由来タイプ: 組換発現 / 由来: (組換発現) Agrocybe aegerita (菌類) / 遺伝子: APO1 / 発現宿主: Komagataella phaffii CBS 7435 (菌類) / 参照: UniProt: B9W4V6, unspecific peroxygenase |
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#5: 糖 | ChemComp-NAG / |
-非ポリマー , 8種, 177分子
#2: 化合物 | ChemComp-HEM / | ||||
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#3: 化合物 | ChemComp-MG / | ||||
#4: 化合物 | ChemComp-CL / | ||||
#6: 化合物 | ChemComp-NPY / | ||||
#7: 化合物 | ChemComp-PO4 / | ||||
#8: 化合物 | #9: 化合物 | ChemComp-GOL / | #10: 水 | ChemComp-HOH / | |
-詳細
研究の焦点であるリガンドがあるか | Y |
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-実験情報
-実験
実験 | 手法: X線回折 / 使用した結晶の数: 1 |
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-試料調製
結晶 | マシュー密度: 2.33 Å3/Da / 溶媒含有率: 47.3 % |
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結晶化 | 温度: 291 K / 手法: 蒸気拡散法, シッティングドロップ法 / pH: 5.6 詳細: 1.6M sodium potassium phosphate pH 5.6, 5% MPD Soaking: 30 mM naphthalene, 2 hours, cryoprotected with 25% glycerol |
-データ収集
回折 | 平均測定温度: 100 K / Serial crystal experiment: N |
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放射光源 | 由来: シンクロトロン / サイト: ALBA / ビームライン: XALOC / 波長: 0.97926 Å |
検出器 | タイプ: DECTRIS PILATUS 6M / 検出器: PIXEL / 日付: 2020年6月3日 / 詳細: KB MIRRORS |
放射 | モノクロメーター: M / プロトコル: SINGLE WAVELENGTH / 単色(M)・ラウエ(L): M / 散乱光タイプ: x-ray |
放射波長 | 波長: 0.97926 Å / 相対比: 1 |
反射 | 解像度: 2.05→48.1 Å / Num. obs: 20970 / % possible obs: 100 % / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.17 / Rpim(I) all: 0.071 / Rrim(I) all: 0.185 / Χ2: 0.96 / Net I/σ(I): 9.7 |
反射 シェル | 解像度: 2.05→2.11 Å / 冗長度: 6.7 % / Rmerge(I) obs: 0.668 / Mean I/σ(I) obs: 3.8 / Num. unique obs: 1622 / Rpim(I) all: 0.281 / Rrim(I) all: 0.726 / Χ2: 1.06 / % possible all: 100 |
-解析
ソフトウェア |
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精密化 | 構造決定の手法: フーリエ合成 開始モデル: 5OXU 解像度: 2.05→48.1 Å / Cor.coef. Fo:Fc: 0.957 / Cor.coef. Fo:Fc free: 0.928 / SU B: 4.347 / SU ML: 0.117 / 交差検証法: THROUGHOUT / σ(F): 0 / ESU R: 0.204 / ESU R Free: 0.166 / 立体化学のターゲット値: MAXIMUM LIKELIHOOD 詳細: HYDROGENS HAVE BEEN ADDED IN THE RIDING POSITIONS U VALUES : REFINED INDIVIDUALLY
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溶媒の処理 | イオンプローブ半径: 0.8 Å / 減衰半径: 0.8 Å / VDWプローブ半径: 1.2 Å / 溶媒モデル: MASK | ||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||||
原子変位パラメータ | Biso max: 93.3 Å2 / Biso mean: 24.626 Å2 / Biso min: 14.39 Å2
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精密化ステップ | サイクル: final / 解像度: 2.05→48.1 Å
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拘束条件 |
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LS精密化 シェル | 解像度: 2.05→2.103 Å / Rfactor Rfree error: 0 / Total num. of bins used: 20
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