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- PDB-7pmk: S. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-strande... -

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基本情報

登録情報
データベース: PDB / ID: 7pmk
タイトルS. cerevisiae replisome-SCF(Dia2) complex bound to double-stranded DNA (conformation I)
要素
  • (DNA polymerase epsilon ...) x 2
  • (DNA replication complex GINS protein ...) x 4
  • (DNA replication licensing factor ...) x 5
  • Cell division control protein 45,Cell division control protein 45
  • Chromosome segregation in meiosis protein 3
  • DNA helicase
  • DNA polymerase alpha-binding protein
  • E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit
  • Lagging strand template DNA
  • Leading strand template DNA
  • Protein DIA2
  • Topoisomerase 1-associated factor 1
キーワードREPLICATION / Genome stability / DNA replication / Ubiquitination / termination / replisome / cryo-EM / CMG / SCF(Dia2)
機能・相同性
機能・相同性情報


: / cell cycle / mitotic DNA replication termination / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / maintenance of DNA repeat elements / invasive growth in response to glucose limitation / DNA replication initiation / replication fork arrest ...: / cell cycle / mitotic DNA replication termination / DNA-templated DNA replication maintenance of fidelity / gene conversion / Unwinding of DNA / maintenance of DNA repeat elements / invasive growth in response to glucose limitation / DNA replication initiation / replication fork arrest / meiotic chromosome segregation / protein-containing complex disassembly / epsilon DNA polymerase complex / MCM core complex / Assembly of the pre-replicative complex / Switching of origins to a post-replicative state / DNA strand elongation involved in mitotic DNA replication / GINS complex / MCM complex binding / mitotic DNA replication preinitiation complex assembly / nuclear DNA replication / premeiotic DNA replication / SUMO binding / pre-replicative complex assembly involved in nuclear cell cycle DNA replication / nucleotide-excision repair, DNA gap filling / mitotic DNA replication / Activation of the pre-replicative complex / DNA replication checkpoint signaling / CMG complex / establishment of mitotic sister chromatid cohesion / nuclear pre-replicative complex / DNA replication proofreading / Termination of translesion DNA synthesis / Activation of ATR in response to replication stress / DNA replication preinitiation complex / single-stranded DNA 3'-5' DNA exonuclease activity / MCM complex / replication fork protection complex / mitotic DNA replication checkpoint signaling / double-strand break repair via break-induced replication / single-stranded DNA helicase activity / mitotic DNA replication initiation / mitotic intra-S DNA damage checkpoint signaling / silent mating-type cassette heterochromatin formation / 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ / SCF ubiquitin ligase complex / 3'-5' DNA helicase activity / mitotic sister chromatid cohesion / SCF-dependent proteasomal ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA strand elongation involved in DNA replication / leading strand elongation / replication fork processing / nuclear replication fork / regulation of DNA replication / cullin family protein binding / DNA replication origin binding / Dual incision in TC-NER / DNA replication initiation / error-prone translesion synthesis / subtelomeric heterochromatin formation / DNA helicase activity / base-excision repair, gap-filling / replication fork / meiotic cell cycle / helicase activity / base-excision repair / double-strand break repair via nonhomologous end joining / DNA-templated DNA replication / double-strand break repair / mitotic cell cycle / single-stranded DNA binding / 4 iron, 4 sulfur cluster binding / double-stranded DNA binding / ubiquitin-dependent protein catabolic process / DNA helicase / DNA-directed DNA polymerase / forked DNA-dependent helicase activity / single-stranded 3'-5' DNA helicase activity / four-way junction helicase activity / double-stranded DNA helicase activity / DNA-directed DNA polymerase activity / chromosome, telomeric region / DNA replication / hydrolase activity / protein ubiquitination / DNA repair / nucleotide binding / mRNA binding / chromatin binding / ATP hydrolysis activity / DNA binding / zinc ion binding / nucleoplasm / ATP binding / metal ion binding / nucleus / cytosol / cytoplasm
類似検索 - 分子機能
F-box domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / DNA polymerase epsilon, subunit B / Timeless, N-terminal / Timeless / Timeless protein / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region ...F-box domain / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / TIPIN/Csm3/Swi3 / Replication Fork Protection Component Swi3 / DNA polymerase epsilon, subunit B / Timeless, N-terminal / Timeless / Timeless protein / Minichromosome loss protein Mcl1, middle region / Minichromosome loss protein, Mcl1, middle region / Leucine-rich repeat, cysteine-containing subtype / Leucine-rich repeat - CC (cysteine-containing) subfamily / : / : / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A, thumb domain / Zinc finger domain of DNA polymerase-epsilon / DNA polymerase epsilon, catalytic subunit A, C-terminal / DNA polymerase epsilon catalytic subunit / Domain of unknown function (DUF1744) / DUF1744 / CDC45 family / DNA replication complex GINS protein Psf2 / CDC45 / A Receptor for Ubiquitination Targets / GINS complex, subunit Psf3 / DNA replication complex GINS protein SLD5, C-terminal / GINS complex, subunit Psf3 superfamily / GINS complex protein Sld5, alpha-helical domain / DNA replication complex GINS protein SLD5 C-terminus / GINS complex subunit Sld5 / : / MCM3 winged helix domain / GINS subunit, domain A / GINS complex protein helical bundle domain / GINS complex, subunit Psf1 / GINS, helical bundle-like domain superfamily / F-box domain profile. / MCM4, winged helix domain / F-box-like domain superfamily / SKP1 component, dimerisation / S-phase kinase-associated protein 1 / SKP1-like, dimerisation domain superfamily / Skp1 family, dimerisation domain / DNA polymerase alpha/delta/epsilon, subunit B / DNA polymerase alpha/epsilon subunit B / F-box domain / DNA replication licensing factor Mcm5 / DNA replication licensing factor Mcm3 / Mini-chromosome maintenance complex protein 4 / MCM3-like, winged helix domain / DNA replication licensing factor Mcm6 / DNA replication licensing factor Mcm7 / Mcm6, C-terminal winged-helix domain / MCM6 C-terminal winged-helix domain / DNA replication licensing factor Mcm2 / Mini-chromosome maintenance protein 2 / Mini-chromosome maintenance, conserved site / MCM family signature. / MCM N-terminal domain / MCM N-terminal domain / MCM OB domain / MCM OB domain / Mini-chromosome maintenance protein / MCM, AAA-lid domain / MCM P-loop domain / MCM AAA-lid domain / MCM family domain profile. / minichromosome maintenance proteins / MCM domain / DNA polymerase family B, thumb domain / S-phase kinase-associated protein 1-like / SKP1 component, POZ domain / Skp1 family, tetramerisation domain / Found in Skp1 protein family / DNA polymerase family B, exonuclease domain / DNA-directed DNA polymerase, family B, exonuclease domain / DNA polymerase, palm domain superfamily / DNA polymerase type-B family / DNA-directed DNA polymerase, family B / TPR repeat region circular profile. / Leucine-rich repeat profile. / SKP1/BTB/POZ domain superfamily / Leucine-rich repeat / Leucine-rich repeat domain superfamily / Tetratricopeptide-like helical domain superfamily / Ribonuclease H superfamily / Ribonuclease H-like superfamily / WD40-repeat-containing domain superfamily / Winged helix-like DNA-binding domain superfamily / WD40/YVTN repeat-like-containing domain superfamily / Nucleic acid-binding, OB-fold / ATPases associated with a variety of cellular activities / AAA+ ATPase domain / DNA/RNA polymerase superfamily / P-loop containing nucleoside triphosphate hydrolase
類似検索 - ドメイン・相同性
PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit / DNA replication licensing factor MCM7 ...PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / DNA / DNA (> 10) / DNA (> 100) / DNA replication licensing factor MCM5 / DNA replication complex GINS protein PSF2 / DNA replication licensing factor MCM2 / DNA replication complex GINS protein PSF1 / E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit / DNA replication licensing factor MCM7 / DNA polymerase alpha-binding protein / DNA replication complex GINS protein PSF3 / DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / DNA replication licensing factor MCM3 / DNA polymerase epsilon subunit B / DNA replication licensing factor MCM4 / DNA replication licensing factor MCM6 / Topoisomerase 1-associated factor 1 / DNA replication complex GINS protein SLD5 / Chromosome segregation in meiosis protein 3 / Cell division control protein 45 / Protein DIA2
類似検索 - 構成要素
生物種Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
Synthetic construct (人工物)
手法電子顕微鏡法 / 単粒子再構成法 / クライオ電子顕微鏡法 / 解像度: 3.2 Å
データ登録者Jenkyn-Bedford, M. / Yeeles, J.T.P. / Deegan, T.D.
資金援助 英国, 3件
組織認可番号国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UP_1201/12 英国
Medical Research Council (MRC, United Kingdom)MC_UU_12016/13 英国
Wellcome Trust204678/Z/16/Z 英国
引用ジャーナル: Nature / 年: 2021
タイトル: A conserved mechanism for regulating replisome disassembly in eukaryotes.
著者: Michael Jenkyn-Bedford / Morgan L Jones / Yasemin Baris / Karim P M Labib / Giuseppe Cannone / Joseph T P Yeeles / Tom D Deegan /
要旨: Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily ...Replisome disassembly is the final step of eukaryotic DNA replication and is triggered by ubiquitylation of the CDC45-MCM-GINS (CMG) replicative helicase. Despite being driven by evolutionarily diverse E3 ubiquitin ligases in different eukaryotes (SCF in budding yeast, CUL2 in metazoa), replisome disassembly is governed by a common regulatory principle, in which ubiquitylation of CMG is suppressed before replication termination, to prevent replication fork collapse. Recent evidence suggests that this suppression is mediated by replication fork DNA. However, it is unknown how SCF and CUL2 discriminate terminated from elongating replisomes, to selectively ubiquitylate CMG only after termination. Here we used cryo-electron microscopy to solve high-resolution structures of budding yeast and human replisome-E3 ligase assemblies. Our structures show that the leucine-rich repeat domains of Dia2 and LRR1 are structurally distinct, but bind to a common site on CMG, including the MCM3 and MCM5 zinc-finger domains. The LRR-MCM interaction is essential for replisome disassembly and, crucially, is occluded by the excluded DNA strand at replication forks, establishing the structural basis for the suppression of CMG ubiquitylation before termination. Our results elucidate a conserved mechanism for the regulation of replisome disassembly in eukaryotes, and reveal a previously unanticipated role for DNA in preserving replisome integrity.
履歴
登録2021年9月2日登録サイト: PDBE / 処理サイト: PDBE
改定 1.02021年11月10日Provider: repository / タイプ: Initial release
改定 2.02021年11月17日Group: Atomic model / Data collection ...Atomic model / Data collection / Derived calculations / Other / Source and taxonomy
カテゴリ: atom_site / database_PDB_rev ...atom_site / database_PDB_rev / database_PDB_rev_record / em_admin / ndb_struct_na_base_pair / ndb_struct_na_base_pair_step / pdbx_data_processing_status / pdbx_database_proc / pdbx_database_status / pdbx_entity_src_syn / pdbx_nonpoly_scheme / pdbx_seq_map_depositor_info / pdbx_struct_sheet_hbond / struct_conf / struct_conf_type / struct_conn / struct_conn_type / struct_sheet / struct_sheet_order / struct_sheet_range
Item: _atom_site.auth_seq_id / _em_admin.last_update ..._atom_site.auth_seq_id / _em_admin.last_update / _pdbx_database_status.pdb_format_compatible / _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id / _pdbx_entity_src_syn.organism_scientific / _pdbx_nonpoly_scheme.pdb_seq_num / _pdbx_seq_map_depositor_info.one_letter_code_mod
改定 2.12022年1月5日Group: Database references / カテゴリ: citation / citation_author
Item: _citation.journal_volume / _citation.page_first ..._citation.journal_volume / _citation.page_first / _citation.page_last / _citation.title / _citation_author.identifier_ORCID
改定 2.22022年1月26日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: entity_src_gen
Item: _entity_src_gen.gene_src_strain / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_ncbi_taxonomy_id / _entity_src_gen.pdbx_gene_src_scientific_name
改定 2.32022年2月2日Group: Source and taxonomy / カテゴリ: pdbx_entity_src_syn / Item: _pdbx_entity_src_syn.ncbi_taxonomy_id
改定 2.42024年7月17日Group: Data collection / カテゴリ: chem_comp_atom / chem_comp_bond / em_admin / Item: _em_admin.last_update

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構造の表示

ムービー
  • 登録構造単位
  • Jmolによる作画
  • ダウンロード
  • EMマップとの重ね合わせ
  • マップデータ: EMDB-13537
  • UCSF Chimeraによる作画
  • ダウンロード
ムービービューア
構造ビューア分子:
MolmilJmol/JSmol

ダウンロードとリンク

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集合体

登録構造単位
2: DNA replication licensing factor MCM2
3: DNA replication licensing factor MCM3
4: DNA replication licensing factor MCM4
5: DNA helicase
6: DNA replication licensing factor MCM6
7: DNA replication licensing factor MCM7
A: DNA replication complex GINS protein PSF1
B: DNA replication complex GINS protein PSF2
C: DNA replication complex GINS protein PSF3
D: DNA replication complex GINS protein SLD5
E: Cell division control protein 45,Cell division control protein 45
F: DNA polymerase alpha-binding protein
G: DNA polymerase alpha-binding protein
H: DNA polymerase alpha-binding protein
I: Leading strand template DNA
J: Lagging strand template DNA
K: E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit
L: Protein DIA2
Q: DNA polymerase epsilon catalytic subunit A
R: DNA polymerase epsilon subunit B
X: Topoisomerase 1-associated factor 1
Y: Chromosome segregation in meiosis protein 3
ヘテロ分子


分子量 (理論値)分子数
合計 (水以外)1,811,92935
ポリマ－1,809,88022
非ポリマー2,04913
水00
1


  • 登録構造と同一
  • 登録者が定義した集合体
  • 根拠: equilibrium centrifugation
タイプ名称対称操作数
identity operation1_5551

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要素

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DNA replication licensing factor ... , 5種, 5分子 23467

#1: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM2 / Minichromosome maintenance protein 2


分子量: 98911.539 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS187, PACBIOSEQ_LOCUS193, PACBIOSEQ_LOCUS195, PACBIOSEQ_LOCUS196, SCNYR20_0007007400, SCP684_0007007100
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q1S9, DNA helicase
#2: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM3 / Minichromosome maintenance protein 3


分子量: 111987.562 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM3, YEL032W, SYGP-ORF23 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24279, DNA helicase
#3: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM4 / Cell division control protein 54


分子量: 105138.375 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM4, CDC54, HCD21, YPR019W, YP9531.13 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P30665, DNA helicase
#5: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM6 / Minichromosome maintenance protein 6


分子量: 113110.211 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM6, YGL201C / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53091, DNA helicase
#6: タンパク質 DNA replication licensing factor MCM7


分子量: 95049.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: MCM7, PACBIOSEQ_LOCUS429 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q4N0, DNA helicase

-
タンパク質 , 7種, 9分子 5EFGHKLXY

#4: タンパク質 DNA helicase


分子量: 86505.734 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS4054, PACBIOSEQ_LOCUS4112, PACBIOSEQ_LOCUS4129, PACBIOSEQ_LOCUS4153, PACBIOSEQ_LOCUS4202, SCNYR20_0004029000, SCP684_0004028600
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PUY8, DNA helicase
#11: タンパク質 Cell division control protein 45,Cell division control protein 45


分子量: 75154.703 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CDC45, SLD4, YLR103C, L8004.11 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08032
#12: タンパク質 DNA polymerase alpha-binding protein


分子量: 108610.148 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SCNYR20_0005036600 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q5Y5
#15: タンパク質 E3 ubiquitin ligase complex SCF subunit


分子量: 22357.270 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS1258, PACBIOSEQ_LOCUS1259, PACBIOSEQ_LOCUS1261, PACBIOSEQ_LOCUS1263, PACBIOSEQ_LOCUS1270, PACBIOSEQ_LOCUS1277, PACBIOSEQ_LOCUS1282, SCNYR20_0001050400, SCP684_0001049800
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q435
#16: タンパク質 Protein DIA2 / Digs into agar protein 2


分子量: 85368.844 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DIA2, YOR080W, YOR29-31 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q08496
#19: タンパク質 Topoisomerase 1-associated factor 1


分子量: 141296.875 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: TOF1, YNL273W, N0636 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P53840
#20: タンパク質 Chromosome segregation in meiosis protein 3


分子量: 36588.758 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: CSM3, YMR048W, YM9796.01 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q04659

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DNA replication complex GINS protein ... , 4種, 4分子 ABCD

#7: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF1


分子量: 24230.576 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS944, PACBIOSEQ_LOCUS956, PACBIOSEQ_LOCUS958, SCNYR20_0001022500, SCP684_0001022000
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5Q203
#8: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF2


分子量: 25096.807 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS3163, PACBIOSEQ_LOCUS3191, PACBIOSEQ_LOCUS3224, PACBIOSEQ_LOCUS3231, PACBIOSEQ_LOCUS3255, SCNYR20_0009012300, SCP684_0009011800
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6A5PX40
#9: タンパク質 DNA replication complex GINS protein PSF3


分子量: 22004.160 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: PACBIOSEQ_LOCUS5150, PACBIOSEQ_LOCUS5239, PACBIOSEQ_LOCUS5244, PACBIOSEQ_LOCUS5270, PACBIOSEQ_LOCUS5331
発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: A0A6L1BWJ4
#10: タンパク質 DNA replication complex GINS protein SLD5


分子量: 33983.617 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: SLD5, YDR489W / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: Q03406

-
DNA鎖 , 2種, 2分子 IJ

#13: DNA鎖 Leading strand template DNA


分子量: 37688.645 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)
#14: DNA鎖 Lagging strand template DNA


分子量: 35259.238 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 合成 / 由来: (合成) Synthetic construct (人工物)

-
DNA polymerase epsilon ... , 2種, 2分子 QR

#17: タンパク質 DNA polymerase epsilon catalytic subunit A / 3'-5' exodeoxyribonuclease / DNA polymerase II subunit A


分子量: 255890.422 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: POL2, DUN2, YNL262W, N0825 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
参照: UniProt: P21951, DNA-directed DNA polymerase, 加水分解酵素; エステル加水分解酵素; 5'-リン酸モノエステル産生エンドデオキシリボヌクレアーゼ
#18: タンパク質 DNA polymerase epsilon subunit B / DNA polymerase II subunit 2


分子量: 78425.852 Da / 分子数: 1 / 由来タイプ: 組換発現
由来: (組換発現) Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)
遺伝子: DPB2, YPR175W, P9705.7 / 発現宿主: Saccharomyces cerevisiae (パン酵母) / 参照: UniProt: P24482

-
非ポリマー , 3種, 13分子

#21: 化合物 ChemComp-ANP / PHOSPHOAMINOPHOSPHONIC ACID-ADENYLATE ESTER / AMP-PNP


分子量: 506.196 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: C10H17N6O12P3 / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
コメント: AMP-PNP, エネルギー貯蔵分子類似体*YM
#22: 化合物 ChemComp-MG / MAGNESIUM ION / マグネシウムジカチオン


分子量: 24.305 Da / 分子数: 3 / 由来タイプ: 合成 / 式: Mg / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION
#23: 化合物
ChemComp-ZN / ZINC ION


分子量: 65.409 Da / 分子数: 7 / 由来タイプ: 合成 / 式: Zn / タイプ: SUBJECT OF INVESTIGATION

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詳細

研究の焦点であるリガンドがあるかY

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実験情報

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実験

実験手法: 電子顕微鏡法
EM実験試料の集合状態: PARTICLE / ３次元再構成法: 単粒子再構成法

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試料調製

構成要素
ID名称タイプ詳細Entity IDParent-ID由来
1Budding yeast replisome on double-stranded DNA engaged with SCF(Dia2) (conformation I)COMPLEXComplex reconstituted in vitro from purified proteins and DNA#1-#200RECOMBINANT
2DNACOMPLEX#13-#141RECOMBINANT
3ReplisomeCOMPLEX#1-#12, #17-#201RECOMBINANT
分子量実験値: NO
由来(天然)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32DNA molecule (その他)2853804
由来(組換発現)
IDEntity assembly-ID生物種Ncbi tax-ID
23Saccharomyces cerevisiae (パン酵母)4932
32synthetic construct (人工物)32630
緩衝液pH: 7.6
試料包埋: NO / シャドウイング: NO / 染色: NO / 凍結: YES
試料支持詳細: 15 mA / グリッドの材料: COPPER / グリッドのサイズ: 400 divisions/in. / グリッドのタイプ: Quantifoil R2/2
急速凍結凍結剤: ETHANE / 詳細: Manual plunger

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電子顕微鏡撮影

実験機器
モデル: Titan Krios / 画像提供: FEI Company
顕微鏡モデル: FEI TITAN KRIOS
電子銃電子線源: FIELD EMISSION GUN / 加速電圧: 300 kV / 照射モード: FLOOD BEAM
電子レンズモード: BRIGHT FIELD / 倍率（公称値）: 81000 X / 最大 デフォーカス（公称値）: 2200 nm / 最小 デフォーカス（公称値）: 400 nm / アライメント法: COMA FREE
試料ホルダ凍結剤: NITROGEN
試料ホルダーモデル: FEI TITAN KRIOS AUTOGRID HOLDER
撮影平均露光時間: 4 sec. / 電子線照射量: 38.8 e/Å2
フィルム・検出器のモデル: GATAN K3 BIOQUANTUM (6k x 4k)
実像数: 12730
電子光学装置エネルギーフィルター名称: GIF Bioquantum / エネルギーフィルタースリット幅: 20 eV

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解析

EMソフトウェア
ID名称バージョンカテゴリ
2EPU2画像取得
4RELION3CTF補正
10RELION3初期オイラー角割当
11RELION3最終オイラー角割当
13RELION3３次元再構成
CTF補正タイプ: PHASE FLIPPING AND AMPLITUDE CORRECTION
粒子像の選択選択した粒子像数: 2160000
3次元再構成解像度: 3.2 Å / 解像度の算出法: FSC 0.143 CUT-OFF / 粒子像の数: 369254
詳細: Composite map produced from individual cryo-EM density maps (resolutions 3.2 - 4.0 A) using Phenix combine_focused_maps. See publication for details.
対称性のタイプ: POINT

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万見について

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お知らせ

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2022年2月9日: EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

EMDBエントリの付随情報ファイルのフォーマットが新しくなりました

  • EMDBのヘッダファイルのバージョン3が、公式のフォーマットとなりました。
  • これまでは公式だったバージョン1.9は、アーカイブから削除されます。

関連情報:EMDBヘッダ

外部リンク:wwPDBはEMDBデータモデルのバージョン3へ移行します

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2020年8月12日: 新型コロナ情報

新型コロナ情報

URL: https://pdbj.org/emnavi/covid19.php

新ページ: EM Navigatorに新型コロナウイルスの特設ページを開設しました。

関連情報:Covid-19情報 / 2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

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2020年3月5日: 新型コロナウイルスの構造データ

新型コロナウイルスの構造データ

関連情報:万見生物種 / 2020年8月12日: 新型コロナ情報

外部リンク:COVID-19特集ページ - PDBj / 今月の分子2020年2月：コロナウイルスプロテーアーゼ

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2019年1月31日: EMDBのIDの桁数の変更

EMDBのIDの桁数の変更

  • EMDBエントリに付与されているアクセスコード(EMDB-ID)は4桁の数字(例、EMD-1234)でしたが、間もなく枯渇します。これまでの4桁のID番号は4桁のまま変更されませんが、4桁の数字を使い切った後に発行されるIDは5桁以上の数字(例、EMD-12345)になります。5桁のIDは2019年の春頃から発行される見通しです。
  • EM Navigator/万見では、接頭語「EMD-」は省略されています。

関連情報:Q: 「EMD」とは何ですか？ / 万見/EM NavigatorにおけるID/アクセスコードの表記

外部リンク:EMDB Accession Codes are Changing Soon! / PDBjへお問い合わせ

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2017年7月12日: PDB大規模アップデート

PDB大規模アップデート

  • 新バージョンのPDBx/mmCIF辞書形式に基づくデータがリリースされました。
  • 今回の更新はバージョン番号が4から5になる大規模なもので、全エントリデータの書き換えが行われる「Remediation」というアップデートに該当します。
  • このバージョンアップで、電子顕微鏡の実験手法に関する多くの項目の書式が改定されました(例：em_softwareなど)。
  • EM NavigatorとYorodumiでも、この改定に基づいた表示内容になります。

外部リンク:wwPDB Remediation / OneDepデータ基準に準拠した、より強化された内容のモデル構造ファイルが、PDBアーカイブで公開されました。

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万見 (Yorodumi)

幾万の構造データを、幾万の視点から

  • 万見(Yorodumi)は、EMDB/PDB/SASBDBなどの構造データを閲覧するためのページです。
  • EM Navigatorの詳細ページの後継、Omokage検索のフロントエンドも兼ねています。

関連情報:EMDB / PDB / SASBDB / 3つのデータバンクの比較 / 万見検索 / 2016年8月31日: 新しいEM Navigatorと万見 / 万見文献 / Jmol/JSmol / 機能・相同性情報 / 新しいEM Navigatorと万見の変更点

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